19世紀初，海盜紅旗幫在張保仔的糾合下，隊伍不斷擴大，已擁有600多艘帆船，8萬餘人。廣東官兵屢次出戰，常被打得大敗。兩廣總督百齡與澳葡當局都有合作消滅海盜的意願。1809年（清嘉慶十四年）11月23日，百齡派3名官員前往澳門，與澳葡地方長官亞利鴉架（Miguel Arriaga）會商。雙方訂立臨時協議，決定由澳葡當局派出6艘100噸以上的武裝船，在澳門至虎門一帶配合中國水師圍剿海盜，為期6個月；中國政府提供8萬兩銀子作為裝備澳葡艦隊的經費。協議訂立後，澳葡當局很快即組建一支由6艘武裝船組成的澳門艦隊。艦隊司令阿爾科弗雷多上校乘坐的旗艦排水量達400噸，載有26門火炮，160名船員。其餘5艘武裝船共有150多門火炮，近600名船員。英國東印度公司澳門公司還免費為該艦隊提供了大量武器和彈藥。這支澳葡艦隊遂成為一支戰鬥力相當強的海上力量。

繼西、葡、荷之後，英國成為最強盛的殖民國家。雖然葡、英間早於1661年訂有《梅吐英條約》，但這並未能避免這兩個盟國在歐洲以外的競爭、衝突。英國以履行條約之名，藉口幫助葡人守衛澳門，行圖佔之實。自1600年英國東印度公司成立之後，對葡萄牙人租佔下的澳門覬覦不斷。據統計，從1623年至1840年間曾發生10餘起英人圖佔澳門事件。其中以1808年事件最為嚴重。1807“半島戰爭”中，法軍破里斯本，葡萄牙本土淪陷，王室出逃巴西避難。1808年8月，英印總督援引兩國間的攻守盟約，要求澳督同意英軍進駐澳門，以防法軍的可能進攻。此議遭澳門當時總督花利亞（Bernardo Aleixo de Lemose Faria）拒絕後，英軍強行登陸並佔據砲台多座。

葡萄牙在1974年“四•二五”革命成功後，新政府宣佈實行“非殖民化政策”，承認澳門是中國的領土，並向中華人民共和國表明態度，即承認只有一個中國，且於1975年1月宣佈與台灣國民黨政權斷交。同年，澳葡當局也開始在澳門進行一系列行政改革，葡萄牙撤走了駐澳門的軍隊，解散了陸軍司令部與海防司令部。為加強內部治安力量，另組織包括治安警察廳、水警稽查隊等在內的保安部隊。這些措施改善了澳門與內地，葡萄牙政府與中國政府的關係。1979年2月8日，中國政府與葡萄牙政府在法國巴黎簽署了兩國正式建立外交關係的聯合公報。公報宣稱：“兩國政府將根據互相尊重主權和領土完整、互不干涉內政和平等互利的原則維持其外交關係。”並決定自當日起建立大使級外交關係，在3個月內互派大使。關於澳門問題，葡萄牙政府承認，澳門是中國領土，目前由葡萄牙政府管理，澳門問題是歷史遺留下來的問題，在適當的時期，中葡兩國政府將通過友好協商來解決。中葡兩國建交在歷史上有着重要意義，它為最後和平解決歷史遺留的澳門問題打下了基礎。

1913年，孫中山領導的“討袁之役”失敗後，不少同盟會員、會黨領袖避居澳門，曾任瓊崖安撫使、老同盟會員、著名會黨領袖黃明堂也在其中。廣東都督龍濟光恨黃明堂不為己用，遂拉攏澳葡當局，對其加以迫害。1914年，龍濟光派遣的密探偵知黃明堂在澳門住址，即誣其為匪首，帶領葡萄牙警察將其逮捕，還企圖引渡回粵，加以殺害。幸孫中山及時獲悉，多方設法營救，使澳葡當局未便引渡。1916年夏，黃明堂被囚禁一年多後，始獲釋放。

19世紀中葉澳葡藉機向清守軍報復並襲擊關閘的事件。1849年（清道光二十九年）的“關閘事件”，是關閘第二次遭受大規模進犯，且是遭受英、葡的水、陸夾攻。此次事件的引發，導火線是極力推行殖民擴張的澳督亞馬留（João Maria Ferreira do Amaral）被望廈龍田村民沈志亮等人刺殺。1849年8月22日，亞馬留被刺殺後，澳葡當局在英、美、法列強支持下，有恃無恐，藉此挑起事端，於8月28日早晨，由炮兵軍曹米士打基打率領100多名正規軍和20名志願軍，攜三門大炮，在快艇炮火支持下，對關閘發動進攻，戰事擴展到拱北北嶺，古關閘城樓被炮火轟毀。駐守關閘汛營的清軍兵力薄弱，由於援兵未到，面對來勢洶洶的葡兵，措手不及，不戰而退，關閘為葡兵佔據。在關閘事件中，葡兵1名重傷，清軍4人死亡，葡兵且將戰死的1名清兵的手臂和1名軍官首級砍下，作為戰利品，掛在竹竿上，帶返澳門，遊街示眾。經此一役，清軍退守前山寨。這是清王朝在澳門的主權地位受到嚴重挑戰的一次重大事件。

鴉片戰爭後，葡萄牙政府和澳葡當局加緊對澳門地區的殖民擴張。亞馬留於1846年（清道光二十六年）4月21日抵澳門任總督，更加肆意踐踏中國政府在澳門的主權，拒交商税和地租，關閉中國在澳門的官署和驅趕中國在澳門的官員，強行拆屋挖墳，引起了中國人民的無比憤慨。香山望廈龍田村民沈志亮等人因先人骨殖被毁，於1849年8月22日與郭金堂、李寶、張根、郭洪、周玉和陳發等人經過周密的計劃，趁亞馬留於傍晚到望廈龍田村騎馬打鳥取樂之機，埋伏在距離關閘300米處，對其實施突襲，致其當場斃命。亞馬留的隨行副官也被砍傷，倉惶逃回澳門。沈志亮等人的英雄行動震撼了葡萄牙當局，他們立即對望廈等地居民採取報復，同時照會廣東政府嚴懲兇手。英、美、西等國領事館發表聲明支持澳葡當局。在帝國主義列強的壓力下，清政府屈膝妥協，將沈志亮殺害於前山，郭金堂發配充軍，並把亞馬留的殘肢交還葡方。香山和澳門人民厚葬沈志亮於前山寨城西門山坡（今前山鎮西門大街，山坡已毁），立碑“義士沈志亮之墓”，以誌欽敬追懷。

18世紀80年代葡萄牙王室強化對澳門直接管治權的行為。1784年（清乾隆四十九年），澳葡當局根據葡萄牙殖民大臣卡斯特羅（Martinho do Melo e Castro）的指令（即王室制誥），在澳門進行了一場“政治改革”。主要內容包括：首先是加強總督的權力，總督不僅是作為澳門的軍事首領，而且可以干預當地的日常政務，否決議事局的一切提案，成為澳門的最高首長；其次是解散過去的市政衛隊，組成一支由100名火槍兵和50名炮兵組成的印度兵衛隊，增強澳門的警衛力量；再次是確立由總督和王家法官審計國庫收支，取消議事局代營的制度。

1850年（道光三十年），葡萄牙力圖仿效英國侵略者，以武力來迫使清政府承認澳門為葡萄牙的殖民地。特任海軍上校官也，即庫尼亞（Pedro Alexandrino da Cunha）為澳門總督，派遣巡洋艦“瑪麗亞二世”（D. Maria II）號及2艘海防艦前往澳門，加強軍事力量。10月29日，為了慶祝葡萄牙女王的誕辰，裝飾華麗的“瑪麗亞二世”號巡洋艦鳴放禮炮，意外發生爆炸，艦船炸毀沉沒，炸死船長及船員191人，還炸死約40名在船上觀禮的中國人。這一突發事件，使澳葡當局的殖民擴張計劃和野心遭到打擊。

澳葡當局鎮壓澳門居民事件。1966年11月，澳門氹仔居民自籌經費興建坊眾小學，因事先未向澳葡當局申請而自行架搭竹棚架，澳門市政當局派人強迫停工，當地居民不服，雙方對峙。11月15日，澳葡當局出動軍警毆打民眾，打傷34人。氹仔居民對此表示抗議，並提出5項要求。澳門各界代表亦支持氹仔居民的要求。12月3日，澳門各界代表為氹仔事件赴澳督府請願，澳葡當局派軍警毆打請願代表，致使45人受傷，激起澳門人民極大的憤慨，紛紛走上街頭，抗議當局的暴行，市內發生騷動，而澳葡當局不顧一切地鎮壓群眾，又造成3人死亡，63人受傷，製造了“一二•三”血案。事後，澳門各界舉行罷工罷市，憤怒群眾將紀念曾於1849年率葡軍侵略中國“有功”而豎立於市政廳前地美士基打（Vicente Nicolau de Mesquita）銅像拖倒，以表示強烈抗議。但澳葡當局無視群眾的抗議行動，繼續大規模鎮壓，在兩天內又打死8人，打傷107人。12月5日，澳門中華學生聯合會向澳葡當局提出5項嚴正要求，遭到拒絕。澳門人民的抗議行動，得到中國內地人民的支持。12月9日，廣東省人民政府外事處向澳葡當局提出4項嚴正要求，包括接受氹仔居民的5項要求和中華學生聯合會的5項要求，嚴懲兇手、賠償損失、不許蔣介石特務在澳門活動等等。12月11日，《人民日報》發表了題為《嚴厲警告澳門葡萄牙當局》的評論員文章。1967年1月29日，澳葡當局被迫宣佈無條件接受所有要求，事件遂告平息。