查善主教過身後，葡國本土醞釀仇教。1834年，政府下令驅逐所有會士離開澳門，沒收會產，主教職空缺十三年之久。1841年，教庭委任栢主教接掌澳門教務。栢主教是遣使會士，早於1802年來澳傳教，曾任聖若瑟修院院長。1845年卒於任內，任澳門主教僅四年。

明德祿早於1872年來澳工作，曾任修院院長及副主教，專責統管帝汶島教務，後於1884年被委為澳門教區主教。1885年創辦育嬰院。1886年起草葡萄牙與教廷之協定。1889年嘉諾撒修女接手管理聖羅撒學校。1890年，獲政府批准，重新聘請耶穌會士來澳，掌理聖若瑟修院。1897年，在帝汶島巡視教務時逝世。

羅主教為方濟各小兄弟會士，於1739年被委為澳門主教，1742年來澳門履新。任內修葺主教座堂，設立紅衣會（教區參議會）基金，諭禁教友買賣奴婢。1750年回葡退隱，後於1764年逝於葡京。羅主教一生清廉，安貧樂道，死時身無長物。

李斌生主教自2016年1月起擔任澳門教區主教， 李斌生主教於1956年11月10日在香港出生。1988年8月20日在西班牙晉鐸。1989年返回香港，開始他的牧靈工作。於2012年被主業團主教監督委任為東亞區區代表。同時，他仍然繼續為主業團、教區、堂區及不同團體主持每月退省講道、指導避靜、講授教理等。 2014年7月11日他被教宗方濟各委任為香港教區輔理主教。並於同年8月30日被祝聖為主教。當澳門教區主教黎鴻昇獲准請辭後，教宗方濟各於2016年1月16日委任李斌生主教為澳門教區主教。

祁主教於1772年被委為主教。1774年來澳就職。他對耶穌會士不甚友善，曾上書清帝乾隆，詆毀耶穌會士。1778年要求政府驅逐法籍傳教士離澳未遂。1780年奉召回葡述職，留葡不返。1782年辭職，1789年獲准，後逝於葡國。

羅主教為耶穌會士。1924年來澳。兩年後，往肇慶傳教，並曾任副主教。1942年太平洋戰爭時期，被委為澳門教區主教。任內特別照顧來自鄰近地區的難民，同時收容逃難來澳的司鐸及修女，亦分別創建會院、多所社會服務機構、重建修院新舍、購置南灣街屋宇為聖若瑟中學校舍。1954年辭職回葡退隱，1958年逝世，享年六十八歲。

黎鴻昇主教在澳門出生。於2001年3月20獲教宗若望保祿二世委任為澳門教區助理主教。同年6月2日（聖神降臨節前夕），在澳門主教座堂領受主教祝聖禮。2003年6月30林家駿主教獲准退休，按教會法典規定，由助理主教黎鴻昇接掌教區教務，成為澳門教區首牧。上任後，黎主教首先關注善用資源、培育信眾、神職人員與教友的緊密合作，繼續為人服務，並宣揚天國福音。

孟主教於1752年被委為澳門主教。1754年來澳履新。任內適逢葡國龐培首相仇教，政府下令驅逐耶穌會士，沒收教產，教區損失重大，主教憤然於1765年離澳回葡。1772年調任為巴西瑪利安納教區主教。1779年辭職退隱，1799年逝世於里斯本。

1873年，蘇主教被委為澳門教區首牧，僅於1877年，到任視事。任內曾任修院院長，委任明德祿神父為副主教，管理帝汶島教務，並妥善安頓於1873年應邀來澳開辦社會服務之嘉諾撒會修女。1883年轉任葡國布拉干薩主教，逝於1887年。