天啟二年（1622年2月10日─1623年1月30日）在大廟頂（又稱大堂前地）建成新主教座堂，葡人稱聖伯多祿堂（Igreja de S.Pedro），華人稱為大堂（lgreja de Sé）或“大廟”。為澳門教區主教辦公之地，故陸希言稱：“聖安多尼、聖老楞佐，皆統於聖伯多祿。”先是，1576年澳門主教區初成立時，署理主教賈尼勞即以望德聖母堂為主教辦公之所，故在大堂修建之前，望德堂為澳門第一座主教座堂，據稱，當時的主教座堂是一座很小的木板搭建的小教堂。大堂建成後，新堂為磚石建構，正面為花崗石建造，上尚有凸型石刻拉丁文：SS.M.V.Mariae Nascenti，意為“獻給童貞瑪麗亞誕生”。該堂奉祀聖伯多祿，故又稱“聖伯多祿堂”。Maria Regina Valente, Igrejas de Macau, p.24. 陸希言：《澳門記》。王文達：《澳門掌故》，第113頁。林家駿：《澳門教區歷史掌故文摘》，第17頁。郭永亮：《澳門香港之早期關係》第5章《澳門早期教堂》，第44頁。印光任、張汝霖的《澳門記略》卷下《澳蕃篇》稱：“大廟者，夷人始至澳門所建也，在澳之東南。”此記錄為誤。葡人始至澳門時並無“大廟”。大廟實建於1622年。祝淮的《新修香山縣誌》卷4《海防附澳門》稱：大廟在澳東南，即望人寺。”祝淮修志時，這時的主教堂早已建成，不在望人寺（望德堂），以望人寺為主座教堂是1622年之前的事。

民國二十六年 (1937年1月1日-1937年12月31日)為堅固持久計，大堂 (即主教座堂)於本年開始重建，由木質改為三合土建築，共耗資10萬餘元，始形成富有西班牙宗教色彩莊嚴神聖的外觀。至翌年工程竣工。施白蒂：《澳門編年史：20世紀 (1900—1949)》，第278、281頁；李鵬翥：《澳門古今》，第140—141頁。

大廟，又稱大堂，原名Se Cathedral，中國之《香山縣誌》舊稱之為望人寺、 據“祝誌”載稱：“大廟在澳東南，即望人寺。夷人始至澳所建也。”該廟在大廟頂之崗上，昔日崗前未有崇樓巨廈，阻其視線，南灣海面，可以一目瞭然，市舶出入皆得而見之也。夷婦常陟彼高崗，目盼其良人之歸也，故稱望人寺。大廟舊本澳門天主教會之中樞，嘗作為天主教澳門教區主教座堂，其後座曾闢作主教之居所，但現已遷往西望洋山上耳。大廟之始建歷史，已年湮代遠，實不可攷。約在十七世紀初期，澳中已有大廟之設矣。殆經二百餘年後，風霜雨露之剝蝕，其建築日漸殘破。直至一八四九年時，天主教徒為安全計，迺即集衆捐資，從新將其改建，使成現狀。於一八五零年二月十四日，由澳門主教馬大主教Dom J.da Matta主持初祀典禮。可惜當時建築，仍是沿用木料，難以耐久。廷至一九三七年，廟貌復感頹廢，迺不得不改為三合土築。從此鐘樓對峙，十字高支，堂皇矞麗，聞是次建築費曾耗去十萬零九千元云。《澳門雜詩》中，有詠大廟者云：“大廟最始建，歲首迎耶穌，前導十字架，僧徒持咒珠。”大廟，在澳門各天主教堂中，雖非最大，所以被稱為大廟者，以奉祀之神為赫赫有名之聖彼得也。且該廟曾被視作澳中天主教之中樞，故有是稱。據傳該堂初時存有不少天主教遺物及古蹟，如大三巴寺火燒時，被教徒歷盡艱苦搶救出來之各聖人遺骨；如方濟各沙勿略之臂骨等，均曾暫供祀於大廟內。後大廟重修，迺移往三巴仔教堂保存。攷大廟之建築，富有西班牙宗教色彩。外形簡樸而純潔，內部則精巧奇趣。崇偉之祭壇下，掩埋看許多古墓，如澳中之第十二任主教俾利喇波治之靈機，亦埋葬於其間。聞俾利喇波治生前，曾為重建大廟而竭盡畢生精力云。古時天主教堂之牆壁，每有埋葬之墳墓，大都是神甫主教之遺骸，惟近來此風已變。聞數十年前，一次大風竟掀起大廟傍之一株巨榕，致大廟之傍壁為之傾倒，牆內無數白骨及骷髏頓現，後隨移葬於西洋墳場內。近讀商衍鎏探花之詩書畫集，內有詠大廟詩云：“學道三巴吳墨井，樓居望海世同危。遙聞大廟留遺畫，魚作清齋教律奇。”按大廟內尚保存有名畫多幀：如聖約翰受洗圖，及日本天主教徒在長崎被釘十字架圖，皆宗教畫中之名作也。

清道光三十年（1850年2月12日─1851年1月31日）2月14日，澳門主教熱羅尼莫．馬塔主持重建主教座堂（大堂）的啟用儀式。主教座堂的重建工程始於1845年，竣工於1849年12月。重建後的主教座堂寬敞明亮，裝飾華麗，美輪美奐。被稱為澳門建築史上最富麗堂皇的教堂。施白蒂：《澳門編年史：19世紀》，第104頁。Manuel Teixeira, A Voz das Pedras de Macau, p. 22.