天啟二年（1622年2月10日─1623年1月30日）在大廟頂（又稱大堂前地）建成新主教座堂，葡人稱聖伯多祿堂（Igreja de S.Pedro），華人稱為大堂（lgreja de Sé）或“大廟”。為澳門教區主教辦公之地，故陸希言稱：“聖安多尼、聖老楞佐，皆統於聖伯多祿。”先是，1576年澳門主教區初成立時，署理主教賈尼勞即以望德聖母堂為主教辦公之所，故在大堂修建之前，望德堂為澳門第一座主教座堂，據稱，當時的主教座堂是一座很小的木板搭建的小教堂。大堂建成後，新堂為磚石建構，正面為花崗石建造，上尚有凸型石刻拉丁文：SS.M.V.Mariae Nascenti，意為“獻給童貞瑪麗亞誕生”。該堂奉祀聖伯多祿，故又稱“聖伯多祿堂”。Maria Regina Valente, Igrejas de Macau, p.24. 陸希言：《澳門記》。王文達：《澳門掌故》，第113頁。林家駿：《澳門教區歷史掌故文摘》，第17頁。郭永亮：《澳門香港之早期關係》第5章《澳門早期教堂》，第44頁。印光任、張汝霖的《澳門記略》卷下《澳蕃篇》稱：“大廟者，夷人始至澳門所建也，在澳之東南。”此記錄為誤。葡人始至澳門時並無“大廟”。大廟實建於1622年。祝淮的《新修香山縣誌》卷4《海防附澳門》稱：大廟在澳東南，即望人寺。”祝淮修志時，這時的主教堂早已建成，不在望人寺（望德堂），以望人寺為主座教堂是1622年之前的事。

民國二十六年 (1937年1月1日-1937年12月31日)為堅固持久計，大堂 (即主教座堂)於本年開始重建，由木質改為三合土建築，共耗資10萬餘元，始形成富有西班牙宗教色彩莊嚴神聖的外觀。至翌年工程竣工。施白蒂：《澳門編年史：20世紀 (1900—1949)》，第278、281頁；李鵬翥：《澳門古今》，第140—141頁。

清乾隆四十五年（1780年2月5日─1781年1月23日）10月11日，位於澳門大廟頂的主教座堂開始重修，至翌年5月20日完工，耗時半年餘。這一期間主教堂的宗教活動均在仁慈堂進行。施白蒂：《澳門編年史：16—18世紀》，第178頁。