三巴仔，迺聖約瑟教堂及修道院之俗稱。攷“三巴”二字，本為St. Paul之譯音，即聖保祿教堂之原名，古稱三巴寺。十七世紀時，聖保祿教堂及聖約瑟教堂，先後在澳門建立教堂及修道院，同時進行宣傳天主教工作。因聖保祿教堂發起於先，聖約瑟教堂繼承於後，故當時澳中人遂稱聖保祿教堂為大三巴，而稱聖約瑟教堂為三巴仔，言其較大三巴後而小也。三巴仔，或稱之為小三巴寺。據《澳門紀略》嘗載云：“澳西有小三巴寺。規制差約，而軒豁過之，三巴之外庫也。”緣大三巴與三巴仔，初皆屬意大利之天主教耶穌會教士所創辦者，所以時人竟視三巴仔為大三巴之外庫也。當公元一六五七年時，澳門已建三巴仔矣。惟三巴仔之基石，竟刻一七四八年等字，想為該堂擴建時所置者；且聞其祭壇之第一次彌撒禮，更遲在一七五八年云。十八世紀中葉，天主教在遠東曾掀起一次改革，故一七六二年至一七八四年間，澳中之意大利耶穌會教士，均被驅逐離澳。斯時三巴仔整座建築物，曾一度重門深鎖，空無人跡，廢置達二十餘年之久。迨後，葡京命令將其交與葡國之神甫接管，興辦教育，研究神學，及教授葡文、英文、拉丁文等。直至一八九三年，迺再起用意大利耶穌會教士，以擔任教授及研究工作云。