雍正六年（1728年2月10日－1729年1月28日）2月23日，據耶穌會劉易斯．塞蓋拉神父記載，聖若瑟修道院於本日正式成立。耶穌會秉多（Manuel Pinto）神父成為聖若瑟修道院第一任院長。根據省區副主教楊若望神父、省區總務長劉易斯．塞蓋拉的命令，（中國）副教區各神父從聖保祿教堂遷往聖若瑟修道院。此堂在澳門崗頂，聖老楞佐堂附近。先是1622年，商人米格爾．科爾代羅（Jorge Miguel Cordeiro）先生在崗頂建有三間房子，他死後，將房屋產權贈給了耶穌會。耶穌會遂在這一基礎上創立聖若瑟修道院。由於該院規模小於聖保祿學院（大三巴），故人們又稱為“小三巴”或“三巴仔”。聖若瑟修道院成立的主要目的就是為中國天主教培養傳教士。聖若瑟修道院成立後，中國副省的耶穌會士便離開聖保祿學院進入聖若瑟修道院。 關於聖若瑟修道院創辦的時間，各種著作分歧較大，有1672年說，1732年說，1762年說，甚至有1630年說，等等，不一而足，但真正注明原始資料出處的僅潘日明神父，參見潘日明：《殊途同歸：澳門的文化交融》，第122頁注24，潘神父在1960年《宗教與祖國》雜誌上發表了很多有關聖若瑟修道院成立的第一手資料；潘日明提出的證據稱：“今天，1728年2月23日，（中國）副省的神父接副省長楊若望簽名的命令，由聖保祿遷往聖若瑟新舍，塞蓋拉（Luís de Segueira）副省管賬。”榮振華：《在華耶穌會士列傳及書目補編》，第510頁；據林家駿主教稱：1722年喬治先生在崗頂蓋了兩所房子，1727年喬治先生去世，將房子捐給耶穌會，故於次年耶穌會在這一基礎上正式創辦聖若瑟修道院。林家駿：《澳門教區歷史掌故文摘》之《聖若瑟修院簡史》，第21頁。然據文德泉：《耶穌會士於澳門開教四百周年》，第27—28頁稱建立修院的是Jorge Miguel，他於1622年在小山上奧斯定會院旁為他自己和他兄弟蓋一所房子，按照證書：“已故的Jorge Miguel建立的會院，他供給房子和一片土地，離奧斯定會很近，外加400帕塔卡，他於1622年為他自己和兄弟蓋的。當時耶穌會管賬的是加戈（Mareus Gago）神父。我們所知道的都根據亡者遺囑，並根據它作今天2月25日的證書。”文德泉：《澳門及其教區》第8卷第244頁稱，亦作1622年。一是1722年，一是1622年，相差100年，查加戈神父死於1634年，故知林家駿為誤。 林家駿：《澳門教區歷史掌故文摘》，第16頁；Manuel Teixeira, Macau e a Sua Diocese, Vol.3, p.382. 湯開建：《明清之際澳門與中國內地天主教傳播之關係》，載《漢學研究》第20卷第2期，2002年，第43頁。

三巴仔，迺聖約瑟教堂及修道院之俗稱。攷“三巴”二字，本為St. Paul之譯音，即聖保祿教堂之原名，古稱三巴寺。十七世紀時，聖保祿教堂及聖約瑟教堂，先後在澳門建立教堂及修道院，同時進行宣傳天主教工作。因聖保祿教堂發起於先，聖約瑟教堂繼承於後，故當時澳中人遂稱聖保祿教堂為大三巴，而稱聖約瑟教堂為三巴仔，言其較大三巴後而小也。三巴仔，或稱之為小三巴寺。據《澳門紀略》嘗載云：“澳西有小三巴寺。規制差約，而軒豁過之，三巴之外庫也。”緣大三巴與三巴仔，初皆屬意大利之天主教耶穌會教士所創辦者，所以時人竟視三巴仔為大三巴之外庫也。當公元一六五七年時，澳門已建三巴仔矣。惟三巴仔之基石，竟刻一七四八年等字，想為該堂擴建時所置者；且聞其祭壇之第一次彌撒禮，更遲在一七五八年云。十八世紀中葉，天主教在遠東曾掀起一次改革，故一七六二年至一七八四年間，澳中之意大利耶穌會教士，均被驅逐離澳。斯時三巴仔整座建築物，曾一度重門深鎖，空無人跡，廢置達二十餘年之久。迨後，葡京命令將其交與葡國之神甫接管，興辦教育，研究神學，及教授葡文、英文、拉丁文等。直至一八九三年，迺再起用意大利耶穌會教士，以擔任教授及研究工作云。