19世紀初，海盜紅旗幫在張保仔的糾合下，隊伍不斷擴大，已擁有600多艘帆船，8萬餘人。廣東官兵屢次出戰，常被打得大敗。兩廣總督百齡與澳葡當局都有合作消滅海盜的意願。1809年（清嘉慶十四年）11月23日，百齡派3名官員前往澳門，與澳葡地方長官亞利鴉架（Miguel Arriaga）會商。雙方訂立臨時協議，決定由澳葡當局派出6艘100噸以上的武裝船，在澳門至虎門一帶配合中國水師圍剿海盜，為期6個月；中國政府提供8萬兩銀子作為裝備澳葡艦隊的經費。協議訂立後，澳葡當局很快即組建一支由6艘武裝船組成的澳門艦隊。艦隊司令阿爾科弗雷多上校乘坐的旗艦排水量達400噸，載有26門火炮，160名船員。其餘5艘武裝船共有150多門火炮，近600名船員。英國東印度公司澳門公司還免費為該艦隊提供了大量武器和彈藥。這支澳葡艦隊遂成為一支戰鬥力相當強的海上力量。

1840年（清道光二十年）8月19日，英軍對澳門地區的中國駐軍發動進攻，他們進攻的目標是控制葡萄牙出入的關閘。中午，英軍3艘軍艦和運輸船逼近蓮花莖，向關閘和關閘附近的炮台猛烈開火。守衛關閘內外的軍隊除有近幾個月內進駐的1300人外，還有臨時趕來增援的督標參將波啟善、署肇慶協副將多隆武、署撫標守備程步韓等率領的兩標官兵及升任南澳鎮總兵暫留香山協的惠昌耀指揮的水師，水陸官兵共達2000人左右。面對英軍的攻擊，中國駐軍一齊出動。新授廣東高廉道台暫駐澳門的易中孚率兵從澳門一帶北進，多隆武、波啟善等率兵自北山一帶南進。惠昌耀的水師駛抵青洲海面，隔着蓮花莖向英船開炮。雙方展開激戰，葡萄牙人按兵不動，以示中立。由於英軍在武器技術方面明顯佔有優勢，經過約1小時戰鬥，英軍擊毀關閘的界牆及附近的炮台，擊敗中國軍隊，參將波啟善、守備陳宏光等負傷。接着，300名英印士兵登上蓮花莖，佔領關閘，並升起了英國國旗，還用關閘上的大炮轟擊望廈等處的中國官兵。最後，他們搬走架設在關閘等處的20餘門大炮，堵塞其餘大炮的火門，放火燒毀中國軍隊的棚房，才登船撤離。關閘之役以中國軍隊的失敗而告終。

18世紀80年代葡萄牙王室強化對澳門直接管治權的行為。1784年（清乾隆四十九年），澳葡當局根據葡萄牙殖民大臣卡斯特羅（Martinho do Melo e Castro）的指令（即王室制誥），在澳門進行了一場“政治改革”。主要內容包括：首先是加強總督的權力，總督不僅是作為澳門的軍事首領，而且可以干預當地的日常政務，否決議事局的一切提案，成為澳門的最高首長；其次是解散過去的市政衛隊，組成一支由100名火槍兵和50名炮兵組成的印度兵衛隊，增強澳門的警衛力量；再次是確立由總督和王家法官審計國庫收支，取消議事局代營的制度。

為確定澳門界址舉行的重要談判。1887年（清光緒十三年）的《中葡和好通商條約》訂明，澳門界址未劃定，要俟兩國派員妥為會訂，再行特立專約。1888年底，中葡政府曾舉行劃界談判，未有結果。1909年（清宣統元年），中葡於香港再次會談，中方代表為中法雲南交涉使高而謙，葡方代表為葡屬東非殖民地總督馬沙度。葡方提出將北山嶺、內港、對面山、氹仔、路環及大小橫琴島，總共326平方公里面積歸屬澳門的無理要求，引起廣東和中國內地各界人士的強烈反對。香山、廣州等地以及世界各國僑社均成立勘界維持會，怒斥澳葡侵略行徑。高而謙故意拖延，會談僵持數月。馬沙度提出將澳門問題提交海牙國際法庭裁處，遭清政府拒絕。香港會談於同年11月13日結束，後到北京會談，均無結果。辛亥革命後葡萄牙政府多次照會中國政府要求重開劃界談判，因葡方仍持原有立場，故未重開，澳門界址也一直未被劃定，懸而未決。

澳葡當局鎮壓澳門居民事件。1966年11月，澳門氹仔居民自籌經費興建坊眾小學，因事先未向澳葡當局申請而自行架搭竹棚架，澳門市政當局派人強迫停工，當地居民不服，雙方對峙。11月15日，澳葡當局出動軍警毆打民眾，打傷34人。氹仔居民對此表示抗議，並提出5項要求。澳門各界代表亦支持氹仔居民的要求。12月3日，澳門各界代表為氹仔事件赴澳督府請願，澳葡當局派軍警毆打請願代表，致使45人受傷，激起澳門人民極大的憤慨，紛紛走上街頭，抗議當局的暴行，市內發生騷動，而澳葡當局不顧一切地鎮壓群眾，又造成3人死亡，63人受傷，製造了“一二•三”血案。事後，澳門各界舉行罷工罷市，憤怒群眾將紀念曾於1849年率葡軍侵略中國“有功”而豎立於市政廳前地美士基打（Vicente Nicolau de Mesquita）銅像拖倒，以表示強烈抗議。但澳葡當局無視群眾的抗議行動，繼續大規模鎮壓，在兩天內又打死8人，打傷107人。12月5日，澳門中華學生聯合會向澳葡當局提出5項嚴正要求，遭到拒絕。澳門人民的抗議行動，得到中國內地人民的支持。12月9日，廣東省人民政府外事處向澳葡當局提出4項嚴正要求，包括接受氹仔居民的5項要求和中華學生聯合會的5項要求，嚴懲兇手、賠償損失、不許蔣介石特務在澳門活動等等。12月11日，《人民日報》發表了題為《嚴厲警告澳門葡萄牙當局》的評論員文章。1967年1月29日，澳葡當局被迫宣佈無條件接受所有要求，事件遂告平息。

1913年，孫中山領導的“討袁之役”失敗後，不少同盟會員、會黨領袖避居澳門，曾任瓊崖安撫使、老同盟會員、著名會黨領袖黃明堂也在其中。廣東都督龍濟光恨黃明堂不為己用，遂拉攏澳葡當局，對其加以迫害。1914年，龍濟光派遣的密探偵知黃明堂在澳門住址，即誣其為匪首，帶領葡萄牙警察將其逮捕，還企圖引渡回粵，加以殺害。幸孫中山及時獲悉，多方設法營救，使澳葡當局未便引渡。1916年夏，黃明堂被囚禁一年多後，始獲釋放。

英國人司各脱因殺人被清朝地方政府處決一案。1772年（清乾隆三十七年）12月14日，在商船上當舵工的英國人司各脱（Francis Scott），與由他僱請來澳門工作的華人劉亞米鬥毆，劉亞米被司各脱用刀砍傷致死。澳葡當局逮捕、審訊司各脱後，由於他拒不認罪，即認為他無罪，並拒絕把司各脱依法送往香山縣丞衙署受審。廣東當局遂關閉關閘，停止對澳門的糧食供應，澳葡當局被迫交出罪犯。中國官員對司各脱進行審訊，司各脱起初繼續抵賴，後因有人出庭作證，才供認不諱。經廣東大吏覆核，司各脱罪行確鑿。1773年2月23日，廣州知府到澳門與澳葡當局一起處死了司各脱，結束了這一場衝突。居澳的各國人士包括葡人，都進一步認清了當時葡萄牙在澳門的地位，澳門的真正長官，是駐紮澳門的香山縣丞。

鴉片戰爭後，葡萄牙政府和澳葡當局加緊對澳門地區的殖民擴張。亞馬留於1846年（清道光二十六年）4月21日抵澳門任總督，更加肆意踐踏中國政府在澳門的主權，拒交商税和地租，關閉中國在澳門的官署和驅趕中國在澳門的官員，強行拆屋挖墳，引起了中國人民的無比憤慨。香山望廈龍田村民沈志亮等人因先人骨殖被毁，於1849年8月22日與郭金堂、李寶、張根、郭洪、周玉和陳發等人經過周密的計劃，趁亞馬留於傍晚到望廈龍田村騎馬打鳥取樂之機，埋伏在距離關閘300米處，對其實施突襲，致其當場斃命。亞馬留的隨行副官也被砍傷，倉惶逃回澳門。沈志亮等人的英雄行動震撼了葡萄牙當局，他們立即對望廈等地居民採取報復，同時照會廣東政府嚴懲兇手。英、美、西等國領事館發表聲明支持澳葡當局。在帝國主義列強的壓力下，清政府屈膝妥協，將沈志亮殺害於前山，郭金堂發配充軍，並把亞馬留的殘肢交還葡方。香山和澳門人民厚葬沈志亮於前山寨城西門山坡（今前山鎮西門大街，山坡已毁），立碑“義士沈志亮之墓”，以誌欽敬追懷。

1850年（道光三十年），葡萄牙力圖仿效英國侵略者，以武力來迫使清政府承認澳門為葡萄牙的殖民地。特任海軍上校官也，即庫尼亞（Pedro Alexandrino da Cunha）為澳門總督，派遣巡洋艦“瑪麗亞二世”（D. Maria II）號及2艘海防艦前往澳門，加強軍事力量。10月29日，為了慶祝葡萄牙女王的誕辰，裝飾華麗的“瑪麗亞二世”號巡洋艦鳴放禮炮，意外發生爆炸，艦船炸毀沉沒，炸死船長及船員191人，還炸死約40名在船上觀禮的中國人。這一突發事件，使澳葡當局的殖民擴張計劃和野心遭到打擊。