攷教堂與修院之第三次重建工程，大部分由賈華奴神甫(Valentim de Carvalho)主持。從一六零二年起，至一六三七年止，歷時三十餘載，始克竣工。其取名為“聖保祿”，蓋用作紀念聖保祿，因他迺東方傳教之首者。此教堂雖被稱為聖保祿，但教堂內所供奉者，卻是聖母無原罪，據謂，澳葡王約翰，極寄信於此神者，故立聖母。聖保祿教堂和修院，擴建完成後，其建築之雄偉，修飭之華麗，設備之完善，皆堪稱為遠東教堂之冠。相傳謂只前門之石壁，即大三巴牌坊，其價值為三萬両銀云。因此，凡東來之傳教士，皆駐足於此。而東方各地之修道生，亦皆來此求學。當時之聖保祿教堂，實已成為天主教之東方總樞紐，經常與中國內地、日本、朝鮮、安南、呂宋之教會聯系。聞當一六四零年，日本仇殺天主教徒時，澳門派去之傳教士，及日本信徒，共有六十一人受刑而死，聖保祿教堂曾為之鳴鐘致哀，凡二十天始罷。在明末清初時期，中國名詩畫家吳漁山，亦嘗於他五十歲時(一六八一年)，來澳加入耶穌會，在聖保祿修院學道，甚一六八八年迺升為司鐸。其在澳時，曾著有《三巴集》詩稿，有澳門雜詠三十首。其中有云：“第二層樓三面聽，無風海浪似雷霆，去來畢竟輸鷗鳥，長保羣飛入畫屏”，其自註謂：“樓房概有三層，余眠食第二層樓上。”由此看來，重建後之聖保祿修院，是一所三層高洋樓也。聖保祿修院，是一座三層大洋樓，在聖保祿教堂之左側，與教堂相聯系，位於大炮台山麓。大炮台，保名為聖保祿炮台，本來亦屬耶穌會士所有。山上設有祭壇，下有隧道，可與聖保祿教堂相通。修院之前門，原在教堂之前方，即今之窮里口處，亦有石級可登。院內盡為修道生宿舍及研習室，一如今日之三巴仔修院焉。在聖保祿教堂門前之石階上，其左右兩傍，原來竪立圍杆一對，與中國之衙署或祠堂廟宇門前所豎立者無異，蓋中國舊日規例，要有高官顯爵，才準許在門前建堅圍杆，以炫耀其勳祿。聖保祿教堂亦然，因當時耶穌會之神甫，及其修院之畢業生等，多曾受到明清朝廷封官，到北京任欽天監之職。按照例規，聖保祿教堂門前，亦得豎立圍杆也。所以現在仍可看到其階前右方，尚遺留有一個石圍杆夾，但其左方之一個，則毀滅久矣。耶穌會士利瑪竇(Mateus Ricci)於一五八一年來到澳門，是時聖保祿教堂，尚未建築完成。只得暫住一時，便前往北京，將西方之天文，曆法，物理、數學，音樂，繪畫等學術，介紹與中國。嗣後，明臣禮部尚書徐光啟，採用其曆法，開局任用洋人，繙繹西洋學術。因而聖保祿之教士及畢業生等，迺得承襲中國欽天監職。如明末清初之湯若望(Joannes Adam Schall von Bell)，南懷仁(Ferdinandus Verbi-est)等，計數十人，皆曾榮膺中國官職。直至聖保祿再遭焚燒燬後三年(一八三八年)，中國才停止徵用保祿修院教士充當欽天監官職。攷當年天主教之來華傳教者，計有四個教會，屬耶穌會、多明我會、方濟各會及奧斯定會。澳門之聖保祿教堂和修院，即屬於耶穌會所辦者。蓋耶穌會士，最能瞭解中國人習慣，傳教工作無孔不入，如利瑪竇、湯若望等，改穿漢服儒冠，廣交文士大夫輩，故其傳教工作，得以深入內地。至於多明我會，及方濟各會等，在神學上，與耶穌會各存異見，常常發生爭執，互訴於羅馬教廷。但羅馬教廷不同意耶穌會，後來更謂其參加政治，遂被葡國政府解散。據“聖保祿”特刊(A Fachada de St. Paulo)載稱：“邦波盧侯爵 (Marques de Pombal)於一七五九年一月十九日及九月三日，命令將耶穌會解散，及將其在葡屬之物業財產沒收。當時澳門兵頭李歐爾(António Corte Real)，亦奉到葡屬印度總督沙丹拿(Manvel da Saldanha)命令，暫守秘密，直至一七六二年七月五日，葡國軍隊抵達澳門後，始將聖保祿教堂及修院封閉。及逮捕所有耶穌會士，交與多明我會看管。常時三巴仔之同夥、赤同様受到拘留、交與方済各會看管。待至同年十一月五日，才由葡艦聖路義士號(St. Luis)載返葡國。盡囚於聖朱利亞(St.Julivs)塔內。嗣是，聖保祿修院便沒歸澳門議事公局掌管。至於耶穌會士之財產，則或沒入國庫，或分撥與主教，議事局員，及果亞之執政人等。”嗣後，聖保祿教堂，遂由主教委派其他神甫管理，曾有一個時期，作為法國之神甫修養所。當時法王路易第十四世(Louis XIV)，曾贈送一個堂皇華麗大鐘，歷來相沿用著。又當一七九八年時，該堂及修院，因閒置無用，遂被葡國王子騎兵團部徴作扎營所。不久該團部雖遷移到奧斯定堂去(The Covent of St. Augustine)。但至一八三一年四月十三日，經施路華神甫(Inacio da Silva)宣稱，奧斯定堂已殘舊不堪用矣。據傳謂：“聖保祿教堂及修院，自從沒收為政府產業後，將來用作駐扎軍隊，是最好不過者。”直到一八三五年一月二十六日。因軍隊在聖保祿修院廚內，存入大量柴薪，致使教堂及修院，又招來第三次之大火災，按海外殖民局(The Maritime and Colonial Office)曽記載稱：“時近黃昏，時鐘正報六點，火災便開始爆發。火勢非常迅速，僅至八時一刻，整座聖保祿教堂及修院，已蕩然盡燬無存矣。”又據《中西交通史》稱：“所謂三巴寺，即聖保祿教堂。興建於萬歷三十年(一六零二)、一八三五年一月二十六日燬於火。但其門坊、至今猶屹然獨存。按起火之日為道光十四年十二月二十七日。不知與舊歷過年，是否有關。”但據某英文禁本曾詳紀其事，據謂：聖保祿教堂之後方，多為農民田畝。當軍隊駐扎該堂時，難免有逸馬傷田事，故農民恨之。適歲晚該堂積薪，致得機以洩憤，效楚人一炬云云。所以梁哲士先生乃有“攷證於今闕禁書，燼餘憑吊認僧居”及“當年教禍屬強梁”等吟句也。攷此次大三巴火災，是在耶穌會士被逮離開澳門後七十餘年，正是軍隊駐紮修院作為兵營之時，於一八三五年一月二十六日(即道光十四年十二月二十七日)下午六點正，初由修院近廚房貯柴處起火。當時隆冬傍晚，猛吹東北風。因此風高物燥，一起火就烈焰衝霄，非常迅速延燒及左傍之教堂。今試研究牌坊上各窗戶，其門框上左方之石陣，尚斑爛剝蝕，足證當年風挾火勢，由東北方撲來者。因古時之教堂皆屬木材建築，易招火患。且救火設備簡陋，故焚燒僅兩個鐘頭，至八點十五分，就將整座巍峨大教堂付諸一炬，只賸前門殘關，徒供後人憑吊耳，聞當時搶救所得，只是一些“聖人”遺骨。蓋信徒視之如至寶。故將之移供於花王廟及大廟頂內，而聖方濟各沙勿略之遺骨，初則暫存花王廟，後再移置三巴仔教堂內云。至於現時里巷訛傳，有謂大三巴火災是天災節源始，與舊日澳門之一場大風災有關，均屬無據失實者。蓋澳門當年之一場大風災，媽祖閣與蓮溪廟皆受摧殘。廟碑皆有載明，按重修媽祖閣碑誌云：“迨至同治甲戌十三年八月，忽遭風颶為災。海水泛溢，門頭既已傾跌，牌坊亦復摧殘，瓦石飄零，旅杆斷折”。又按重修蓮溪廟碑誌云：“同治甲戌之秋八月，颱風陡作，沙石狂飛，庭楹為之而圯，裡祀莫得而陳”。準此推計，大風災是在同治十三年八月，即陽曆一八七四年九月。而大三巴火災是在一八三五年一月二十六日下午六點，即道光十四年十二月十七日，相差四十年。且在隆冬歲晚，安來颶風電火。足見天災節是另一件事，不能相混。深恐以訛傳訛，致失事實，故在此略作辯證。

萬曆三十一年（1603年2月11日─1604年1月30日）12月24日，新聖保祿教堂正式落成。教堂有160掌長，84掌寬。正面3座大門朝南洞開。石砌牆壁約50掌。堂身依三路伸展構成3個祭堂，即一個主堂及兩個側堂。數個祭堂沿教堂兩側排列，後部左右兩翼各有一祭壇：聖靈壇與聖米格爾堂。聖堂供奉《聖母瑪利亞升天圖》。主堂長62掌，寬44掌，唱詩壇旁擺放兩台風琴。教堂旁還建有一座鐘樓，其大鐘是由後來法王路易十四（Louis ⅩⅣ）贈送。1637年到澳門的英國旅行家彼特•芒迪（Peter Mundy）參觀該教堂後稱：“教堂屋頂是我見過最漂亮的拱形建築。中國人巧奪天工，木制雕刻以新奇古怪的紅、藍等色彩勾畫得美輪美奐。整個穹窿為若干四面體，而每個四方形之間以巨大玫瑰花和綠葉重疊相連。”教堂工程由瓦倫廷•卡瓦略神父主持，設計師為卡羅斯•斯皮諾拉（Carlos Spinola），但斯皮諾拉卻未看到自己設計的成果，於1602年7月就已經赴日傳教，他在澳門停留僅1年10個月。Maria Regina Valente, Igrejas de Macau, pp.15—17.Domingos Maurício Comes dos Santos, Macau, Primeira Universidade Ocidental do Extremo-Oriente, pp.14—15.梅迪納：《澳門大三巴教堂建築師》，載《文化雜誌》第21期，1994年。

聖保祿教堂，原乃葡國天主教之耶穌會(Jesuits)教士來澳所築者。其初只建一小修院，不久又增設一小教堂，及後再擴大，遂成為後來之聖保祿教堂及修院，茲將從西文典籍所搜得之歷史記載，詳為譯述於後。攷葡萄牙人之東來。其所到各地，必有天主教教士，接踵隨來者。自從一五一四年，葡人初到中國之上川島後，不久，就有耶穌會始創人，葡屬果亞之天主教方濟各沙勿略(Francisco Xavier)，於一五五零年來到上川島，但謀入廣州不遂，殁於島上。迨至一五五七年，葡人入居澳門後，接著又有耶穌會教士彼利士（皮雷斯） (Francísco Peres)神甫，爹利亞(泰瑪諾)(Manuel Tiexeira)神甫，及品度（平托）(Andre Pinto) 修士等三人，於一五六二年七月廿六日，來到澳門，籌劃樹立天主教之遠東基礎。此即聖保祿教堂之創辦人也。據一五六三年爹利亞神甫，向葡國之耶穌會報告有云：“……蓋澳中已有三百葡人，需要耶穌會建立教堂。”於此可見，當時耶穌會已立意興建聖保祿教堂矣。至一五六五年十一月廿一日，耶穌會教士，實行在小丘山傍，用木板土石等，築成一座棧倉型小室。此等棧倉房，葡人慣常用作創辦傳教基地。如在巴西及其他各處殖民地，亦都如是創立者。在一五七二年時，該室遂被擴充為研習拉丁語文，及神學等之潛修所。當時由主管人安東尼華士(António Vaz)主持，另有耶穌會神甫八人助理之。作為培養天主教傳教士之遠東中心基地也。自從一五七二年，耶穌會在澳門建立起該所傳教基地後，大得葡國舍巴施鶯葡王(D. Sebastião)之讚許，並獲諭令，由麻六甲（馬六甲）海關稅項下，每年撥助一千元，充作該所經費。至一五七九年，葡國紅衣主教殷利基(Cardial D. Henrique)承襲王位後，每年增撥一千元。該所由於得到充裕補助，逐漸改建成為一間設備稍具完善之修院矣。此項補助經費，直至葡王約翰四世(D. Joáo IV)時，即一六三九年才停止供給。一五八零年，羅明堅神甫(Miguel Ruggieri)到澳門後，更於該修院之山傍，增建一座小教堂，以為華人祀奉聖母者。現時大三巴之遺址，即聖保祿教堂之前身也。後來，教廷於一五九四年十二月，委范禮安神甫(Fr. Alexandre Valignano)到澳視察，後者奉命將該修院及小教堂，分為兩部管理，並令加授法律一科。但不數年，兩部又復合併為一。統由洗尼拿神甫(Manuel Dias Senior)總理之。且又加授一科藝術。嗣後，天主教徒，遂認為該修院與教堂，是一間純粹屬於聖母無原罪之神聖教堂與學府矣。該學府，後來竟擴展為一間遠東聞名之聖保祿修院。由該院出身之學徒，皆具有大學程度。又因當時西方之學者，東來中國後，多聚居於此，故該院所存之圖書，實為一時最完美之寶藏也。據賈典神甫(Fr.Cardim)一六四四年所著之記載有云“耶穌會於澳門高處，建此修院，經常可容六十人。其所授科學，由文法以至神學，皆有可得博士學位之程度者云。” 自從一五八零年，羅明堅神甫在澳門奠定此一間教堂聯同修院，作為遠東傳教基地後，十餘年間，設備已臻完善，而蓄積及藏書，亦漸豐富，但在一五九五年，一場火災，將整座教堂，聯同修院，完全焚毀。所有積蓄及藏書，亦難倖免。據前澳門代權官傅列打士(Guimaraés Freitas)所著之《澳門憶述》，其中曾記述該教堂修院之圖書室云：“其藏書室真是神奇詭秘，傳說埋藏在隧道中之密窟內，豐富珍貴，及寶藏甚多，但為火災焚毀，損失無餘。因此澳門之古典文獻及紀錄，所遺無幾矣。” 該教堂及修院，自經過此第一次火災後，耶穌會以傳教之需要，不容緩置，故不久又復照樣建回一所小型之教堂及修院。不料至一六零一年，又遭第二場火災，只燒賸修院之一個講堂，權作教堂用耳。按爹利亞神甫所記“……在一六零零至一六零一年間，未到日本前，此教堂和修院，實為在中日兩國傳教之樞紐，故修院內，設有研習神道學，拉丁文學，及藝術等三科，但已無地方供作研究聖經之用矣。當火警發生時，居民奮力汲水灌救。因人多擠擁，幾連聖體也找不到出路搬走。起火時，由教堂蔓延，烈焰衝天，整座教堂盡艘，只餘殘壁。幸修院之講堂無恙，火焰越過講堂，燃燒三科研究室，無一倖免。所以事後，只得暫將焚餘之講堂，權作教堂，以待將來籌得款後，再謀重建耳。” 該教堂和修院，自遭遇第二次火災後，本澳之葡商及市民，甚望作第三次重建。故對籌劃捐款，皆甚踴躍贊助。其詳情據花奴基利刺年報(Annual Report of Fr.Fernão Guerreiras，1601 — 1602)載稱： “教堂既受上帝光榮之火洗禮，當時有三大火頭焚燒，全澳市民，不論男女，皆來幫助灌救，事後，全市民商，齊集甲必丹前開會，討論籌款重建辦法，蓋當時有一葡國商船，載貨往日本銷售，在歸程中，半途失踪，倘該貨船遭遇不測，則全澳葡商將會破產，若能平安獲利歸來，各商人均願將該船貨物所值百分之點五金錢，捐作重建教堂之用。果然不久之後，該失踪貨船，竟由日本獲得厚利歸澳，因此耶穌會迺籌得不少捐款。計有三千一百三十巴度金元云云。”(每一巴度金元，約值現時港幣一百元) 是次籌款重建教堂和修院，獲得全市葡商熱烈支持，捐得巨額金元。所以耶穌會士加意設計重建，築成如是魁宏瑰麗之教堂，致令今人見到其遺留下來之前門石壁，即大三巴牌坊，猶驚嘆讚美。當時重建教堂之圖則，是由士扁奴刺神甫(Carlos Spinola)設計。約在一六零二年興工。故今在大三巴牌坊右側墻腳處，尚可見到當年興工奠基時所置之石牌， 石上刻著之拉丁文(Virgin Magnae Matri Civitas Macaensis Libensposvit.an. 1602)，意即“澳門市供獻與至崇之聖母，一六零二年”。 此次重建教堂，自従於一六零二年奠基後，最先在後面建成一所教堂，暫作應用。所以其始初之門面，不似現在牌坊之美麗，且是次重建工程，著重堅固精美，故費時頗久，後來得到日本教徒參加工作，始克完成。蓋天主教在十六世紀時期，流傳於日本長崎一帶地方，當時日本人稱之為“切支丹”。後來因為日本政府嚴禁奉教，致許多日本天主教徒，都受到迫害。尤其是在一六二二年九月十日之一次大事變後，日本之天主教徒，紛紛逃來澳門，藉國外宗教庇蔭，來三巴門附近一帶匿居。其中不少是建築家及藝術家者。因此，耶穌會士認為是一好機會。利用以工代賑方法，招集此等日本教徒，來建築教堂，及宏麗之前門石壁。且如此辦法，工資廉宜，慳回不少經費，因為此次工程，歷時長久，經費浩大。而前時所籌得之捐款，雖不算少，但仍感不數。故建築方式不得不採取逐步完成辦法，隨時徵求募款。迄至一六三七年，前門石壁之工程始告竣。斯時彼得文地神甫(Peter Mundy) 適來澳巡視，迺令將教堂與宏麗之前門聯合起來，蓋此種聯併建築法，頗屬出於勉強者。致人今仍可從其遺跡看到。因現時牌坊之背後，尚留有舊日教堂聯併時，其屋頂之磚痕，殊非出於自然建築者。至於教堂門前之許多石級，更為後來一六四零年始添築者。攷其初時，想仍未有建築石級之意，故其建修院時，尚無預留建石級之位置。致令後來所建之石級，偏側一便，不能正對前門。此等逐步添築痕跡，至今仍斑斑可攷。

大三巴牌坊屹立在空中，俯視着澳門的土地。它是一座教堂的前壁，青蒼斑駁，巍峨壯觀。歷史的風雲從它身上掠過，東西的文明流經這裡匯合。滄桑巨變，歲月流痕，然而，它身軀猶健，神采依然，以無可質疑的資格，向世人展示着這座東方小城四個世紀的傳奇、風貌和精神。

大三巴牌坊，即聖保祿教堂燬後所遺留之門闕，其造型為意大利教堂格式，迺歐洲中世紀盛行之建築樣式，與西班牙型接近，是文藝復興時期之建築，和東方藝術混合構成者。故其絕不類似葡萄牙之建築物，而多仿巴西及葡屬各殖民地之建築形式。聖保祿教堂之建築設計者，迺士扁奴刺神甫。來自意大利，曾認識羅馬之耶穌會教堂“謝薩”(The Church Gesu)。其或以謝薩堂之圖則為藍本，配合當年逃難來澳之日本教徒中建築家、藝術家等意見，參雜多少日本色彩，遂建成此一座東方之天主教代表建築物。該牌坊之門面，是一幅具有雕刻裝飾，可分為五層圖案建築面。完全為花岡巖砌成，有四種不同式之石柱，用幾何式長方形石礎互相支撐，並嵌以各聖神之銅像。各銅像及頂層之銅鴿，皆為當時澳門有名之波加勞鑄炮廠所造，門前有石級一幅，亦可分為六層，每層有十一級，連上下合共有六十八級。兩傍有石欄干，其最上層和最下層皆作平台，用長石鋪砌。門前有中國式之石圍杆夾一對，現已失其一矣。整個牌坊分作五層，茲逐層分述於下。牌坊之底層，為入門處。有門一道。間以較粗大之伊安匿式(愛奧尼亞式)(Ionic)石柱，分作四排。正中門較闊大，門楣上刻有聖母(Mater Dei)二字，兩旁之門，其門楣亦刻有耶穌會簡寫之(I.H.S)三字母。[1] 牌坊之第二層，亦有石柱十枝，皆作羅馬建築藝術之可連特式的(科林斯柱式)(Corinthian)，與底層之石柱相連系，但較為幼小耳。互相間隔，有窗戶三，居中者較大，但各窗框，已燬滅無存矣。另有石龕四個，各立耶穌會之聖人銅像一尊。但根據羅馬教堂慣例，其教會之首創人像，應立於入門之上方處，故該堂初建原意，本欲鑄聖保祿(St. Paul)及聖彼得(St. Peter)二人之銅像，置於第三層之突出處者。後因當時欠缺經費，致未能照辦。牌坊第三層之正中石龕內，置有聖母銅像一尊。兩傍有石柱六枝，皆屬聯合式(Composite)雕逐工精。其餘竪立堂頂者，皆為多力式(多拉克)(Doric)之簡單石柱也。牌坊之第四層，亦有聯合式石柱四枝，柱身較為粗壯，蓋所以支撐頂層也。正中石龕內，立耶穌基督銅像。兩傍另有聖保祿及聖彼得二人石刻浮雕，此二像本該用銅鑄成，置於第二層之重要地位者，但為節省金錢計，故改用石刻浮雕而置於第四層。其二人拉丁文名聖保祿(St. Pavlo)及聖彼得(St. Pedro)兩字，則分刻於兩傍最開之柱躉上，此顯然出於勉強。牌坊之頂層，為一二等邊三角形面。邊沿作歌匿士式(Cornice)之線條。正中鑲銅鴿，頂端堅一十字架，兩傍各立飭柱兩枝，狀頗巍峨。牌坊由第三層至第四層之內壁，有一暗道相通，可達頂端者，作為清潔各層時之通路。其暗道在聖母像和耶穌像之後側，不易被人發現。牌坊之地底，築有隧道兩條。一條上達大炮台，另一條下通至關前街之李家圍內。現今該隧道之出口，仍然存在。但已被封閉，不得進內耳。蓋當時澳門治安不足靠，搶劫者有之，仇教者有之，故耶穌會士，築此隧道以防不虞，收藏財寶，及遇有意外時，預作逃避後路也。查該隧道，早在小型教堂時期已設備。當一五九五年第一次火災後，澳門代權官傳列打士所著之《澳門憶述》中，曾紀錄其事。不過當年之隧道，只屬略具規模，後再擴大，竟通至李家圍耳。惟後世一般謠傳，更誇大其說，或言該隧道可通至東望洋燈塔；或謂其可通至青洲教堂；更有說其可達對海氹仔路環者，此皆不足信也。又傳其中藏寶甚夥，都屬憶說，蓋無人能進內探其究竟，至今尚屬一個謎。據葡人蒙特托朱沙士之“澳門史”所載：“當一七六二年耶穌會士被逮解離澳門時，皆是孤身無物。想其財寶早已安排處置妥當者。假使果真埋藏隧道內，亦當被其後來遷徙耳。蓋事後之耶穌會士有化裝潛逃返澳者，且其中一人竟於一七七五年被選為議事局員，雖然後卒敗露被斥。”大三巴牌坊，無論其傳說如何神秘，建築如何危岸，而香港大學工程科之師生和職員，曾於一九五二年六月同到澳門，對此大三巴牌坊，作過一番精密之測繪研究，當時搭棚探討，攝影製圖，對其建築，已有詳明之理解。

崇禎十年（1637年1月26日─1638年2月13日）聖保祿教堂正面石壁（俗稱大三巴牌坊）建成。該石壁全部以花崗石建造，並以耶穌式的畫面展現出時代風格，其裝飾手法相當古樸且具有一種協調有序的想像力和象徵力，包含有西方巴洛克（Baroque）風格與東方形象技巧相結合的種種成分，從而在外來與原有的結合之中，使葡萄牙、中國及日本的各種風格相互交融。該石壁無塔樓，由三排立柱將整個牆壁以縱列分為三塊。中間部分最高，且分為四層，另外兩部分分列兩旁。四層石柱呈疊式排列，底層為愛奧尼亞（Ionic）式結構，其他為混合式。上部正中哥林多（Corinthian）式柱漸縮成一三角形塔狀牆。有一銅柱鴿形物象徵聖靈。周圍四星環繞。右邊為太陽，左邊為月亮。石柱完整而與牆壁脫離，僅起裝飾作用。下部幾幅浮雕和壁龕擺放著塔瓦列斯•布拉嘉（Tavares Braga）設計的銅像，構成石壁裝飾的組成部分。整個建築整體頂部有一方尖物，中間石砌托座上豎有拉丁十字架。聖保祿教堂正面牆壁由三大部分決定了它的整體構成。第三層為聖母瑪利亞雕像。她站立在壁龕內，四周被玫瑰和百合花環繞，象徵純潔，六個天使分列兩旁對聖母表示無限崇敬。再向兩邊，左面是生命之樹，一條七頭龍被踩在聖母腳下，一幅骷髏及一柄劍，象徵死亡；右面三個天使身後是生命之泉，一艘迎風破浪的船在海上幸運之神的保護下航行。一個被征服的魔鬼頭顱及一個女人身體。正門上方是關於聖母的石刻題字“MATERDEI”，其周圍有花環繞。正門第二層及第四層還展示了其他一些雕塑品。如就置於中部壁龕的基督像，周圍環以百合花和菊花及其喜愛的器具。第四層是耶穌會的一組聖像。右邊是耶穌會的締造者聖依納爵（S. Inácio）和聖德波雅（S. Deborjal）；左邊是聖沙勿略和聖劉易斯•貢沙加（S. Luís Gonzaga）。嘉爾定（António Francisco Cartim）神父於1644年寫的著作中還提到另外兩座塑像，即聖彼得和聖保祿（S. Paulo）。這兩座雕像可能列入該石壁的最初修建計劃，但始終沒有付諸實現，僅僅是把他們的姓名刻於第二層兩側方尖形石壁銜接處，這表明當時確有將該聖像納入石壁裝飾的設想。教堂門外是一意大利石砌台階，寬8. 1米，共68級，以精心雕琢的石條整齊有致地鋪設於教堂前地。Maria Regina Valente, Igrejas de Macau, pp. 12—19. 很多學者認為石壁前的石階為1640年建，然1637年在澳門的芒迪稱：“教堂有一個新的美麗的前壁，通過許多台階可以登上它寬大的斜坡。”（Peter Mundy, The Travels of Peter Mundy in Europe and Asia: 1608—1667, Vol. 3, pp. 162—163）.

萬曆三十年（1602年1月23日─1603年2月10日）聖保祿教堂重建奠基，由佩德羅•卡瓦略神父主持。這次重建的奠基石碑至今猶存：Virgini Magnae Marti Civitas Macaensis Libens posuit An. 1602. 意思是：1602年澳門市民為童貞天主聖母所建。聖保祿教堂1602年奠基碑文，轉自郭永亮：《澳門香港之早期關係》，第55頁。

攷證於今闕禁書，燼餘憑吊認僧居。故宮一樣今禾黍，壁影斜陽落廢墟。大三巴牌坊，為澳門有名古蹟。其初本為舊日聖保祿教堂之前門石壁。在明朝末季，吾國人稱聖保祿教堂為“三巴寺”。“三”者，為(San)聖字譯音，“巴”者，為(Paul)保祿合併譯音。又因當時澳門，另有三巴仔教堂，故以“大”字區別之。合稱為“大三巴”。後來三巴遭火焚燬，只留得前門石壁，巋然屼立，有如一座牌坊，故人遂稱之為“大三巴牌坊”。大三巴牌坊，具有悠久歷史，其年代之邃古，建築之瑰麗，傳說之神異，皆足供後世宗教家之景仰，藝術家之讚羡，歷史家之研究。所以古今圖畫，中西典籍，都每有記載。中國古籍中，如《香山縣誌》、《澳門紀略》以及一些名人筆記等，均常記述之。但惜略而不詳，或記其建成之外貌，或述其燬後之殘跡。而對其歷史內容，成燬原因等，皆少述及。致令後人對忖測臆造，說成神秘。信徒教友，更誇稱聖靈。傳說謬誤，甚至以訛傳訛，像煞有介事者。攷其原因，所以致是者，良以當時中葡言語文字之差異，感情又猜忌隔膜，所以無從探討紀述耳。例如葡人蒙特托朱薩士著之《澳門史(Historico de Macau)》曾載稱：“當聖保祿教堂興建時，四週圍以木板，務使外人不能窺見其中建築情況，致中國人，皆疑葡人有秘密建築炮台情事”。又如某英文書本，嘗詳述聖保祿教堂被焚實情，致遭禁售。是以昔日梁哲士先生嘗賦《大三巴牌坊懷古》詩云：“攷證於今闕禁書，燼餘憑吊認僧居。故宮一樣今禾泰，壁影斜陽落廢墟。”蓋亦有感而作也。吾人苟欲攷察大三巴牌坊。首先要研究聖保祿教堂之歷史，蓋聖保祿教堂之歷史，即大三巴牌坊之歷史也。吾人既因中葡語言文字之隔垓，又因猜疑禁忌所阻撓，故對其歷史始末，難得其詳。如中國古籍中之《香山縣誌》、《澳門紀略》及《帝京景物略》等，皆只作如下之簡略記述：“寺為三巴，在澳東北，依山為之。高數尋，屋側啟門，制狹長。石作雕鏤，金碧照耀。上如覆幔，旁綺旒瑰麗，所奉曰天母，名瑪利亞，貌如少女，抱一嬰兒，曰天主耶穌，衣拜縫製，自頂被體，皆采飾平畫，障以琉璃，望之如塑。旁貌三十許人，左手執渾天儀，右叉指，若方論說狀。鬚眉竪者如怒，揚者如喜。耳重輪，鼻隆準，目若矚，口若聲。上有樓，藏諸樂器。有定時台，巨鐘覆其下。立飛仙台隅，為擊撞形，以機轉之，按時發響。僧寮百十區，蕃僧充斥其中”。又古來名人筆記中，所述亦大略如是，最著名者如龔翔麟《珠江奉使記》，其中有云：“其寺曰三巴，高十餘丈。於屋側例啟門戶。石作彫鏤，金碧照耀。寺僧曰法王，以時集男女禮拜。其所奉曰天母，名瑪利亞，抱一嬰兒，曰天主耶穌。被服珍怪，障以琉璃，望之毛髮生動，云漢平帝時人也。寺有風琴，其琴鋼弦，彈之以和經頌。並管蕭諸樂器，藏機木櫃，聯以絲繩，輪牙相錯，一人轉機，則諸音並奏，有定時台，巨鐘其下，立飛仙台隅，為擊撞形，亦以機轉之，按時發響，起子末一聲，至午初十二聲。復起午末一聲，至子初十二聲，晝夜循環無爽。前揭圓盤，晝十二辰，俟某時鐘動，則蟾蜍移籌指某位。”中國古籍中之地方誌書，及名人筆記，其對聖保祿教堂之敘述，大概有如上述，都略而不詳，難供歷史研究佐證。茲試再將古今詩人墨客，對三巴寺有關之題詠，選錄數首於下，俾資欣賞，或作史料研究如何？跡珊詩：“暫別殊方物色新，短衣長帔稱文身。相逢十字街頭客，盡是三巴寺裡 人。箬葉編成誇皀蓋，檻輿乘出比朱輪。年來吾道荒涼甚，翻羡侏儒禮拜頻。”屈大均詩：“禮拜三巴寺，蕃官是法王。花襔紅鬼子，寶鬘白蠻娘。鸚鵡含春思，鯨鯢吐夜光。銀錢么鳳買，十字備圓方。”鍾鳳石詩：“插漢三巴寺，耶穌律自持，占星亦有術，重女卻奚為。踐土封無外，通商政不私，羈縻原勿絕，他族爾毋滋。”金采香詩：“三巴門內瑞雲開，夷婦殷勤禮拜來。席地跌跏忘永日，氲氤人氣繞樓台。”丘滄海詩：“天主堂高十字支，築從新教未行時。嵌空萬石玲瓏甚，獨少流傳景教碑。”梁哲士詩：“魏峨可是魯靈光，屹立千尋賸古坊。劫後紅羊傷逝者，當年教禍屬強梁。”汪慵叟詩：“乾隆全盛時，禁封唐人廟。畏懷豈無術，所貴樹聲教。一廢不復興，綠蕪黯斜照。堂陊門猶存，雕石彌晃耀。鞾帕迎漢官，故事足憑吊。”以上各詩，都是古雅鏗鏘，對三巴寺之史實，感懷興嘆備至，但惜事實仍欠詳盡，未足供歷史參攷。現只得從西文典藉探索，史料較多。故不惴冒味，將三巴寺歷史，劃作三個時期，研究分述於後。即，籌建時期；建成時期；及燬後時期。