嘉靖四十四年(1565年2月1日─1566年1月20日)本年，戈伊斯使團文書若奧•埃斯科巴爾在澳門撰寫《關於至高至強之塞巴斯蒂昂國王派往中國使節團的述評》一書，記錄了1564年廣東副總兵湯克寬曾派官員到澳門與葡萄牙人洽商一事，其中還記錄了澳門媽閣廟：“事情至此，那位官員派人對唐•若奧(D. João)說，他將登岸到廟中與其會面，將事議妥。為不耽誤時間，請他也照做。唐•若奧認為此議甚好，前往該地會面。它位於村落的端點，面對大海。”這座位於澳門“村落的端點、面對大海”的廟就是媽閣廟(Templo de A-Má)。媽閣廟始建於何時，目前尚無明確的文獻證據，但這一條史料可以證明，嘉靖四十四年(1565)前澳門即有媽閣廟。而且，廣東官府利用這一廟宇作為與葡人首領會晤的地點，亦可說明當時的媽閣廟即已具備“官廟”的性質。林旭登《葡屬印度水路志》採用1587年以前的資料描寫澳門內港景象稱：從澳門啟航，你們在東北方向可以看見一座山(對面山)上有一白色標記。東邊還有兩個山丘。在第二座山丘(鳳凰山)與山之間的那個丘陵(青洲)完全禿裸。見到它後，你們要在位於水道中央的沙梨頭的岩石及礁石之間穿行。該水道位於當地最後一批大宅附近。一到這些房子處，你們可以看到第三座山崗(媽閣山)。靠近該地岬角處稱官廟(Verella dos Mandarins)。上述山丘幾乎完全禿裸。此處水深5托。往大海方向，水半深。過了這個岬角，水面加深，可至5或6托半。按此方法航行，你們可以見到馬騮洲對面隆起的陸地。林旭登所言之官廟亦應為媽閣廟。羅理路：《澳門尋根》附錄文獻之九若奧•德•埃斯科巴爾《評述》(澳門，1565年)，第112頁。此鳳凰山當指白鴿巢山，即鳳凰山南脈之餘緒。1托等於現在的2. 2米。林旭登：《葡屬印度水路志》第43章，第113頁，轉引自金國平、吳志良：《過十字門》，第79—80頁。關於媽閣廟的創建時間，學術界爭論甚大，也甚為激烈。大體來講分四種觀點：一是媽閣廟創建於景泰三年至天順二年(1452—1458)之間，由閩商嚴啟盛創建(徐曉望、陳衍德：《澳門媽祖文化研究》，第107—111頁；石奕龍：《關於澳門媽祖信仰形成問題的辨識》，載《文化雜誌》第49期，2003年)。二是媽閣廟創建於澳門開埠前，即弘治元年(1488)說，此說源於汪兆鏞的《澳門雜詩》中《媽閣》一詩之後語：“案：媽閣廟楹額，刻弘仁殿三字，上款弘治元年，辛亥冬，余初到尚見，今已毀。”於是澳中傳統學人名宦俱以弘治為媽閣廟的創建時間，即為創建500年之說(李鵬翥：《澳門古今》，第21—23頁)。三是媽閣廟創建於明萬曆三十三年(1605)之前說，其主要依據：1. 德禮賢：《利瑪竇全集》中記錄利瑪竇到澳門後(1582年)看到的。媽閣廟”；2. 戈伊斯使團評述一文中記錄了(澳門)村落頂端，面對大海有一座廟(1564)；3. 林旭登：《葡屬印度水路志》1587年以前資料記錄澳門半島南端的岬角有一座官廟。據此可將媽閣廟有確鑿文字的歷史上限推至1564年之前(金國平、吳志良：《澳門與媽祖信仰早期在西方世界的傳播》，載《過十字門》，第77—80頁)。四是媽閣廟創建於萬曆三十三年(1605)，其主要依據是在媽閣廟“神山第一亭”的神龕背面發現有“欽差總督兩廣珠池、市舶、稅務監管鹽法太監李鳳建”字樣；與原刻在“神山第一亭"門口石橫樑上“萬曆乙巳年(1605)德字街眾商建”字相配合為主要內證，再加印光任、張汝霖的《澳門記略》卷上《形勢篇》“相傳明萬歷時，閩賈巨舶被颶殆甚，俄見神女立於山側，一舟遂安，立廟祀天妃，名其地曰娘媽角”的記錄為旁證，證明神龕與“神山第一亭”是同時建於萬曆乙巳年即三十三年(1605)，並稱兩者同時構建而組成一座最原始簡單的小廟(譚世寶：《澳門媽閣廟的歷史考古研究新發現》，載《文化雜誌》第29期，1996年)。新發現的王廷鈐纂輯的《香山縣下恭常都十三鄉採訪冊》上卷《澳門纂略》，第28頁亦稱：“洋船石，在澳西南。相傳明萬歷時，閩賈巨舶被颶殆甚，俄見神女立於山側，一舟遂安，立廟祀天妃，名其廟日媽祖閣。於廟前石上鐫舟形及：利涉大川，四字，以昭神異。其廟創於萬曆乙巳，崇禎己巳重修，廟柱石刻可據。石室天生，重成殿宇。”以上四說，景泰、天順間說推論多於實證，其說欲立，尚需確鑿材料證明；弘治元年說應該說是沒有史料依據者，僅憑清末民初一學者並不可靠的記錄而定該廟創建於明孝宗弘治間是不足為憑的。第三說所徵引的葡萄牙文、法文及意大利文的原始資料記載如果不存在問題的話，應該可以相信，在1605年之前，媽閣廟已經出現，其有文字的曆史上限可推至1564年。第四種說法根據石刻考古資料及清人的記錄力圖確證“神山第一亭”及“神龕”建於1605年，然陳樹榮又公佈媽閣廟石殿嵌鑲在神龕的石碑上有“四街重修”四字，上款為“萬曆乙巳歲”，下款為“仲夏吉日立”等字樣(陳樹榮：《澳門媽祖文化的形成及發展——從媽閣廟石殿神龕“萬曆乙巳四街重修”碑記談起》，載《媽祖文化研究》，第35—53頁)，與大門木橫樑上“萬曆乙巳年德字街眾商建”相呼應。可證該殿並非乙巳年(1605)創建，而是重修。

媽祖閣（又稱媽閣廟）是一座供奉天后的廟宇。同類型的廟宇，遍佈南中國東南沿海各地。然而，澳門媽祖閣的出衆之處，不僅在於景致的奇麗，香火的鼎盛，尤以其人文的薈萃，身世的不凡，而引人矚目、蜚聲四海。

清道光二十七年（1847年2月15日─1848年2月4日）5—6月，在澳閩潮商人於媽祖閣正覺禪林內立《香山濠鏡澳媽祖閣溫陵泉敬堂碑》，立碑人為溫陵泉敬堂董事王紹雲、陳源和、沈天奎等16 人，撰碑人為廣東提刑按察使督糧道調任雷瓊兵備道黃宗漢。碑文稱：“天后廟者，相傳明時，有一老嫗自閩駕舟一夜至澳，化身於此。閩潮之人商於澳者，為之塐像立廟，並繪船形，勒石紀事。迄今閩之泉漳、粵之潮州飄海市舶，相與禱祈，報賽為會於此。”報導了天后廟創建原始。道光二十七年《香山濠鏡澳媽祖閣溫陵泉敬堂碑記》，轉引自譚世寶：《金石銘刻的澳門史：明清澳門廟宇碑刻鐘銘集錄研究》，第68—70頁。

同治八年（1869年2月11日─1870年1月30日）1—2月，溫陵泉敬堂再次在媽祖閣正覺禪林內立碑以頌天后聖母之聖德神功，碑仍名《香山濠鏡澳媽祖閣溫陵泉敬堂碑記》，撰碑人為羅定直隸州知州壬子年廣東同考試官及新安縣知縣黃光周。碑文稱：“凡吾泉郡之貿易於澳者，前後共叨惠澤。彼此均沐恩波。今泉敬堂既置業之嘗，為春秋祀典，統計共捐洋銀2318元，非是以答神靈而酬聖德也。”同治七年《香山濠鏡澳媽祖閣溫陵泉敬堂碑記》，轉引自譚世寶：《金石銘刻的澳門史：明清澳門廟宇碑刻鐘銘集錄研究》，第74—78頁。奇怪的是郭永亮《澳門香港之早期關係》第16—18頁及林子升《16—18世紀澳門與中國之關係》第29—30頁均將此碑題為《媽祖閣𤍤興堂碑記》，譚世寶先生已進行了批判，但未指出為什麼會出現這種不可思議的錯誤，是否另有《媽祖閣𤍤興堂碑記》而使郭、林誤錄？如沒有，這種錯誤的來源又在何處，平白無故捏造出一個“𤍤興堂”？俟考。

1988年2月8日，媽閣廟凌晨失火，有200多年歷史的天后大殿全部焚毀。大殿的主樑未被完全燒毀，沒有塌下。供奉在大殿正中央的木製天后娘娘神像，雖被燒焦，但沒有倒下。

清道光九年（1829年2月4日─1830年1月24日）本年，媽閣廟重修完工。此次重修，由媽閣廟執事趙允菁、謝懷德、林欽懷等30人發起，得到廣東水師提督李增楷、香山協鎮將徐世雄、澳門同知鹿亢宗、香山知縣劉開域及粵海關澳門總口、各稅口省城謝東裕行、伍治光堂、潘同孚行等官商支持。合共收到捐銀7000餘兩。其中，澳門士商捐銀3674兩8錢3分5厘。重修工程始於道光九年（1829）仲夏，至季冬已告完工，道光十年（1830）又增修客堂僧舍。“至是，隘者拓之，崎嶇者曲折平之，天光水影，瑞石交輝，棟壁堅牢，美輪美奐。規模式煥，旁為之翼蓋。至是而朝暉夕陰，氣象一新。”道光乙丑的《重修媽祖閣碑誌》，轉自譚世寶：《金石銘刻的澳門史——明清澳門廟宇碑刻鐘銘集錄研究》，第50—59頁。

1989年2月5日，媽閣廟天后大殿重修落成。