攷教堂與修院之第三次重建工程，大部分由賈華奴神甫(Valentim de Carvalho)主持。從一六零二年起，至一六三七年止，歷時三十餘載，始克竣工。其取名為“聖保祿”，蓋用作紀念聖保祿，因他迺東方傳教之首者。此教堂雖被稱為聖保祿，但教堂內所供奉者，卻是聖母無原罪，據謂，澳葡王約翰，極寄信於此神者，故立聖母。聖保祿教堂和修院，擴建完成後，其建築之雄偉，修飭之華麗，設備之完善，皆堪稱為遠東教堂之冠。相傳謂只前門之石壁，即大三巴牌坊，其價值為三萬両銀云。因此，凡東來之傳教士，皆駐足於此。而東方各地之修道生，亦皆來此求學。當時之聖保祿教堂，實已成為天主教之東方總樞紐，經常與中國內地、日本、朝鮮、安南、呂宋之教會聯系。聞當一六四零年，日本仇殺天主教徒時，澳門派去之傳教士，及日本信徒，共有六十一人受刑而死，聖保祿教堂曾為之鳴鐘致哀，凡二十天始罷。在明末清初時期，中國名詩畫家吳漁山，亦嘗於他五十歲時(一六八一年)，來澳加入耶穌會，在聖保祿修院學道，甚一六八八年迺升為司鐸。其在澳時，曾著有《三巴集》詩稿，有澳門雜詠三十首。其中有云：“第二層樓三面聽，無風海浪似雷霆，去來畢竟輸鷗鳥，長保羣飛入畫屏”，其自註謂：“樓房概有三層，余眠食第二層樓上。”由此看來，重建後之聖保祿修院，是一所三層高洋樓也。聖保祿修院，是一座三層大洋樓，在聖保祿教堂之左側，與教堂相聯系，位於大炮台山麓。大炮台，保名為聖保祿炮台，本來亦屬耶穌會士所有。山上設有祭壇，下有隧道，可與聖保祿教堂相通。修院之前門，原在教堂之前方，即今之窮里口處，亦有石級可登。院內盡為修道生宿舍及研習室，一如今日之三巴仔修院焉。在聖保祿教堂門前之石階上，其左右兩傍，原來竪立圍杆一對，與中國之衙署或祠堂廟宇門前所豎立者無異，蓋中國舊日規例，要有高官顯爵，才準許在門前建堅圍杆，以炫耀其勳祿。聖保祿教堂亦然，因當時耶穌會之神甫，及其修院之畢業生等，多曾受到明清朝廷封官，到北京任欽天監之職。按照例規，聖保祿教堂門前，亦得豎立圍杆也。所以現在仍可看到其階前右方，尚遺留有一個石圍杆夾，但其左方之一個，則毀滅久矣。耶穌會士利瑪竇(Mateus Ricci)於一五八一年來到澳門，是時聖保祿教堂，尚未建築完成。只得暫住一時，便前往北京，將西方之天文，曆法，物理、數學，音樂，繪畫等學術，介紹與中國。嗣後，明臣禮部尚書徐光啟，採用其曆法，開局任用洋人，繙繹西洋學術。因而聖保祿之教士及畢業生等，迺得承襲中國欽天監職。如明末清初之湯若望(Joannes Adam Schall von Bell)，南懷仁(Ferdinandus Verbi-est)等，計數十人，皆曾榮膺中國官職。直至聖保祿再遭焚燒燬後三年(一八三八年)，中國才停止徵用保祿修院教士充當欽天監官職。攷當年天主教之來華傳教者，計有四個教會，屬耶穌會、多明我會、方濟各會及奧斯定會。澳門之聖保祿教堂和修院，即屬於耶穌會所辦者。蓋耶穌會士，最能瞭解中國人習慣，傳教工作無孔不入，如利瑪竇、湯若望等，改穿漢服儒冠，廣交文士大夫輩，故其傳教工作，得以深入內地。至於多明我會，及方濟各會等，在神學上，與耶穌會各存異見，常常發生爭執，互訴於羅馬教廷。但羅馬教廷不同意耶穌會，後來更謂其參加政治，遂被葡國政府解散。據“聖保祿”特刊(A Fachada de St. Paulo)載稱：“邦波盧侯爵 (Marques de Pombal)於一七五九年一月十九日及九月三日，命令將耶穌會解散，及將其在葡屬之物業財產沒收。當時澳門兵頭李歐爾(António Corte Real)，亦奉到葡屬印度總督沙丹拿(Manvel da Saldanha)命令，暫守秘密，直至一七六二年七月五日，葡國軍隊抵達澳門後，始將聖保祿教堂及修院封閉。及逮捕所有耶穌會士，交與多明我會看管。常時三巴仔之同夥、赤同様受到拘留、交與方済各會看管。待至同年十一月五日，才由葡艦聖路義士號(St. Luis)載返葡國。盡囚於聖朱利亞(St.Julivs)塔內。嗣是，聖保祿修院便沒歸澳門議事公局掌管。至於耶穌會士之財產，則或沒入國庫，或分撥與主教，議事局員，及果亞之執政人等。”嗣後，聖保祿教堂，遂由主教委派其他神甫管理，曾有一個時期，作為法國之神甫修養所。當時法王路易第十四世(Louis XIV)，曾贈送一個堂皇華麗大鐘，歷來相沿用著。又當一七九八年時，該堂及修院，因閒置無用，遂被葡國王子騎兵團部徴作扎營所。不久該團部雖遷移到奧斯定堂去(The Covent of St. Augustine)。但至一八三一年四月十三日，經施路華神甫(Inacio da Silva)宣稱，奧斯定堂已殘舊不堪用矣。據傳謂：“聖保祿教堂及修院，自從沒收為政府產業後，將來用作駐扎軍隊，是最好不過者。”直到一八三五年一月二十六日。因軍隊在聖保祿修院廚內，存入大量柴薪，致使教堂及修院，又招來第三次之大火災，按海外殖民局(The Maritime and Colonial Office)曽記載稱：“時近黃昏，時鐘正報六點，火災便開始爆發。火勢非常迅速，僅至八時一刻，整座聖保祿教堂及修院，已蕩然盡燬無存矣。”又據《中西交通史》稱：“所謂三巴寺，即聖保祿教堂。興建於萬歷三十年(一六零二)、一八三五年一月二十六日燬於火。但其門坊、至今猶屹然獨存。按起火之日為道光十四年十二月二十七日。不知與舊歷過年，是否有關。”但據某英文禁本曾詳紀其事，據謂：聖保祿教堂之後方，多為農民田畝。當軍隊駐扎該堂時，難免有逸馬傷田事，故農民恨之。適歲晚該堂積薪，致得機以洩憤，效楚人一炬云云。所以梁哲士先生乃有“攷證於今闕禁書，燼餘憑吊認僧居”及“當年教禍屬強梁”等吟句也。攷此次大三巴火災，是在耶穌會士被逮離開澳門後七十餘年，正是軍隊駐紮修院作為兵營之時，於一八三五年一月二十六日(即道光十四年十二月二十七日)下午六點正，初由修院近廚房貯柴處起火。當時隆冬傍晚，猛吹東北風。因此風高物燥，一起火就烈焰衝霄，非常迅速延燒及左傍之教堂。今試研究牌坊上各窗戶，其門框上左方之石陣，尚斑爛剝蝕，足證當年風挾火勢，由東北方撲來者。因古時之教堂皆屬木材建築，易招火患。且救火設備簡陋，故焚燒僅兩個鐘頭，至八點十五分，就將整座巍峨大教堂付諸一炬，只賸前門殘關，徒供後人憑吊耳，聞當時搶救所得，只是一些“聖人”遺骨。蓋信徒視之如至寶。故將之移供於花王廟及大廟頂內，而聖方濟各沙勿略之遺骨，初則暫存花王廟，後再移置三巴仔教堂內云。至於現時里巷訛傳，有謂大三巴火災是天災節源始，與舊日澳門之一場大風災有關，均屬無據失實者。蓋澳門當年之一場大風災，媽祖閣與蓮溪廟皆受摧殘。廟碑皆有載明，按重修媽祖閣碑誌云：“迨至同治甲戌十三年八月，忽遭風颶為災。海水泛溢，門頭既已傾跌，牌坊亦復摧殘，瓦石飄零，旅杆斷折”。又按重修蓮溪廟碑誌云：“同治甲戌之秋八月，颱風陡作，沙石狂飛，庭楹為之而圯，裡祀莫得而陳”。準此推計，大風災是在同治十三年八月，即陽曆一八七四年九月。而大三巴火災是在一八三五年一月二十六日下午六點，即道光十四年十二月十七日，相差四十年。且在隆冬歲晚，安來颶風電火。足見天災節是另一件事，不能相混。深恐以訛傳訛，致失事實，故在此略作辯證。

大三巴牌坊，即聖保祿教堂燬後所遺留之門闕，其造型為意大利教堂格式，迺歐洲中世紀盛行之建築樣式，與西班牙型接近，是文藝復興時期之建築，和東方藝術混合構成者。故其絕不類似葡萄牙之建築物，而多仿巴西及葡屬各殖民地之建築形式。聖保祿教堂之建築設計者，迺士扁奴刺神甫。來自意大利，曾認識羅馬之耶穌會教堂“謝薩”(The Church Gesu)。其或以謝薩堂之圖則為藍本，配合當年逃難來澳之日本教徒中建築家、藝術家等意見，參雜多少日本色彩，遂建成此一座東方之天主教代表建築物。該牌坊之門面，是一幅具有雕刻裝飾，可分為五層圖案建築面。完全為花岡巖砌成，有四種不同式之石柱，用幾何式長方形石礎互相支撐，並嵌以各聖神之銅像。各銅像及頂層之銅鴿，皆為當時澳門有名之波加勞鑄炮廠所造，門前有石級一幅，亦可分為六層，每層有十一級，連上下合共有六十八級。兩傍有石欄干，其最上層和最下層皆作平台，用長石鋪砌。門前有中國式之石圍杆夾一對，現已失其一矣。整個牌坊分作五層，茲逐層分述於下。牌坊之底層，為入門處。有門一道。間以較粗大之伊安匿式(愛奧尼亞式)(Ionic)石柱，分作四排。正中門較闊大，門楣上刻有聖母(Mater Dei)二字，兩旁之門，其門楣亦刻有耶穌會簡寫之(I.H.S)三字母。[1] 牌坊之第二層，亦有石柱十枝，皆作羅馬建築藝術之可連特式的(科林斯柱式)(Corinthian)，與底層之石柱相連系，但較為幼小耳。互相間隔，有窗戶三，居中者較大，但各窗框，已燬滅無存矣。另有石龕四個，各立耶穌會之聖人銅像一尊。但根據羅馬教堂慣例，其教會之首創人像，應立於入門之上方處，故該堂初建原意，本欲鑄聖保祿(St. Paul)及聖彼得(St. Peter)二人之銅像，置於第三層之突出處者。後因當時欠缺經費，致未能照辦。牌坊第三層之正中石龕內，置有聖母銅像一尊。兩傍有石柱六枝，皆屬聯合式(Composite)雕逐工精。其餘竪立堂頂者，皆為多力式(多拉克)(Doric)之簡單石柱也。牌坊之第四層，亦有聯合式石柱四枝，柱身較為粗壯，蓋所以支撐頂層也。正中石龕內，立耶穌基督銅像。兩傍另有聖保祿及聖彼得二人石刻浮雕，此二像本該用銅鑄成，置於第二層之重要地位者，但為節省金錢計，故改用石刻浮雕而置於第四層。其二人拉丁文名聖保祿(St. Pavlo)及聖彼得(St. Pedro)兩字，則分刻於兩傍最開之柱躉上，此顯然出於勉強。牌坊之頂層，為一二等邊三角形面。邊沿作歌匿士式(Cornice)之線條。正中鑲銅鴿，頂端堅一十字架，兩傍各立飭柱兩枝，狀頗巍峨。牌坊由第三層至第四層之內壁，有一暗道相通，可達頂端者，作為清潔各層時之通路。其暗道在聖母像和耶穌像之後側，不易被人發現。牌坊之地底，築有隧道兩條。一條上達大炮台，另一條下通至關前街之李家圍內。現今該隧道之出口，仍然存在。但已被封閉，不得進內耳。蓋當時澳門治安不足靠，搶劫者有之，仇教者有之，故耶穌會士，築此隧道以防不虞，收藏財寶，及遇有意外時，預作逃避後路也。查該隧道，早在小型教堂時期已設備。當一五九五年第一次火災後，澳門代權官傳列打士所著之《澳門憶述》中，曾紀錄其事。不過當年之隧道，只屬略具規模，後再擴大，竟通至李家圍耳。惟後世一般謠傳，更誇大其說，或言該隧道可通至東望洋燈塔；或謂其可通至青洲教堂；更有說其可達對海氹仔路環者，此皆不足信也。又傳其中藏寶甚夥，都屬憶說，蓋無人能進內探其究竟，至今尚屬一個謎。據葡人蒙特托朱沙士之“澳門史”所載：“當一七六二年耶穌會士被逮解離澳門時，皆是孤身無物。想其財寶早已安排處置妥當者。假使果真埋藏隧道內，亦當被其後來遷徙耳。蓋事後之耶穌會士有化裝潛逃返澳者，且其中一人竟於一七七五年被選為議事局員，雖然後卒敗露被斥。”大三巴牌坊，無論其傳說如何神秘，建築如何危岸，而香港大學工程科之師生和職員，曾於一九五二年六月同到澳門，對此大三巴牌坊，作過一番精密之測繪研究，當時搭棚探討，攝影製圖，對其建築，已有詳明之理解。

萬曆八年（1580年1月16日─1581年2月3日）由於耶穌會天主之母教堂是用稻草搭蓋的屋頂，而當時常有華人放火燒房子，故耶穌會副省會長佩德羅•戈麥斯（Pedro Gomes）神父下令給教堂加蓋瓦片，並給教堂的地面鑲上木板。城市派來了許多奴隸，熱火朝天地幹起來，工程很快便結束了。Monumenta Historica Japoniae por SCHÜTTE, Josef Franz, S. J. , ed. lit. ; RUIZ-DE-MENDINA, Juan, S. J. in Japoniae Informationes 1549—1654/proposuit Josef Fraz Schütte S. J. , 1975, p. 386. 及Domingos Maurício Gomes dos Santos, Macau, Primeira Universidade Ocidental do Extremo-Oriente, p. 7.

巍峨瑰麗，雄冠遠東教區之聖保祿教堂和修院，自一八三五年被燬後，耶穌會士既早遭逮捕，故教堂之重建，實再無人代謀矣。留下斷垣殘瓦，淪作廢墟。遂由議事公局於同年四月八日，委派主教之代辦人佛郎高神甫(Candido Goncalves Franco)將其闢作墳場，蓋其坭墻甚厚，可以挖空內壁，埋棺墻中，一如古代羅馬之宗教葬禮。迨至一八三六年五月十四日議事公局再將之交與仁慈堂管理。令凡來葬者，均須納費以充善款，並指定以五千元另闢貧者墓地。此種辦法雖已獲得仁慈堂同意，但當時之亞馬勒兵頭(Ferreira do Amaral)，竟於一八三七年二月九日頒一諭令，着該墳場應按照教會規律，交回教會管理，定於六月一日開始執行。又在一八三八年令將各危墻一律拆矮──至二十五尺高，以保安全。一八四三年海外殖民局曾尋得一記載，茲錄述如下： “大三巴遺址利用作墳場辦法，將各危墻改矮至一半，各廢柱平衡排置，另用磚砌成一小道於其上，直貫全場。教士古墓則開穴墻中，各普通墳則平葬道旁，入路兩傍之拱窿則放置骨石。於教堂舊址另築一小祭壇，以為葬禮前之祭祀處。場內遍植柏樹。凡來葬者均須繳稅，撥充仁慈堂善款。場外鄰近，預留將來擴充餘地。石門牌坊則保存無損，俾資後人瞻仰。此種任務，從一八三七年起，交由聖約瑟修院(College of St. Joseph)之上司負責。”云云。自聖保祿教堂和修院遭焚後，當局迺將其殘址改作墳場。原來教堂背後之鐘樓上，本有大鐘兩面，迺澳門舊日出名之波加勞造炮廠(Tavares Bocarro's Foundry)所鑄者，亦被遷移安置於牌坊之第二層左右兩窗框內，作為葬禮鳴報喪鐘之用。嗣是該墳場一向被沿用，作為教徒及西人之墓地，直至一八五四年十一月二日才停止安葬。至一八七八年鴉高士子爵(Viscount Pa ç o d’Arcos)來任澳門兵頭時，迺下令將前時所葬下各墓，一律遷葬於西洋墳(St. Miguel)內。所有斷壁危墻，悉數夷為平地。至是兩個古鐘，亦失其所在。所遺之教堂殘碣及墓碑，或移作鄰近房屋建築墻腳，或用船載往呂宋之馬尼刺(Manila)，敷砌古城街邊。後來更將牌坊背後之廢地，闢成花圃草坪，門口加建鐵閘，用以點綴和保護此名勝古蹟。迨至近年各處旅客來遊日衆，澳門工務局遂將該牌坊右側修院廢址(此地曾為貧民巢窟，嘗遭火災多次，後來當局迺將貧民移居台山，尚遺留破屋多間)之破屋拆去，新闢一斜坡馬路，以利汽車來往，從此遊客稱便矣。大三巴牌坊，即為澳門名勝古蹟之一，亦為澳門唯一之突出標誌。歷盡數百烽火風暴，猶安然獨存。曾經吸引多少古今名人，幾許中西遊客，為之興懷，為之歌詠。在中國詩詞方面，前章已略舉例。至於西文詩歌，最能噲炙人口者，當推一八五五年香港總督包令約翰 (Sir John Bowring)所寫之“榮哉寶架”：(In the Cross of Christ Glory!)—歌，其曲譜又為英國音名家康奇(Ithamar Conkey)所作，稱為世界名曲之一，惜其歌詞太偏重宗教。三巴古坊，百年殘闕，已荒廢久矣。豈料當二十世紀初期，還有人想設法重建之者，蓋在一九○二年時，澳門公教會中，有一位長老名約瑟黔枚神甫(Rev. Dr. Antonio Jose Gomes)，痛惜梵宇類荒，自願竭力護法，迺不辭勞苦，百方籌募，終捐得白銀一萬六千九百多元。在六十年前，澳門工資物價皆極低廉。募得此項巨款，實較重建預算所差無幾。於是著手策劃，繪備圖則，務求盡可能依據原日之聖保祿教堂模樣，照樣築回一所。詎知其年高任重，積勞成疾，以致宿願未償，身已先死，自後繼志乏人。且聞捐得之款，曾由其經手存於銀行，現在沒人合法提取，致使重建聖保祿教堂之議，終成泡影也。至於聖保祿教堂之本來面目究竟如何？應如何照樣重建？此迺必須解決之問題。據聞當教堂尚未被焚前，曾有一位英國著名畫家佐治千拿厘(George Chinnery)居留在澳門，後來其遺作多珍藏於英倫及羅馬等博物院，或對教堂所繪，有足資參攷者。且在一七二六年還有一荷蘭雕刻，曾顯示該教堂迺在炮台下方，樓高二層，中有一尖塔，但不甚高云云。整座教堂形式，既可研究得之。但吾人如今面對現實，舉頭可見牌坊，堂皇宏偉，留心細看雕刻，精緻玲瓏，其建築之壯麗，其藝術之奇巧，在在令人稱羡，處處足供研究，故再不避愚陋，只就大三巴牌坊之門面所見，分為“藝術建築之構成”，與“宗教雕刻之表現”。

我們在上一篇文章提到大三巴秘道的金庫傳說，但秘道的傳說並不只有一個，另一個說法是秘道曾經是昔日傳教士們的避難通道，後來這個說法又衍生成為一個鬼故事……

聖保祿教堂，原乃葡國天主教之耶穌會(Jesuits)教士來澳所築者。其初只建一小修院，不久又增設一小教堂，及後再擴大，遂成為後來之聖保祿教堂及修院，茲將從西文典籍所搜得之歷史記載，詳為譯述於後。攷葡萄牙人之東來。其所到各地，必有天主教教士，接踵隨來者。自從一五一四年，葡人初到中國之上川島後，不久，就有耶穌會始創人，葡屬果亞之天主教方濟各沙勿略(Francisco Xavier)，於一五五零年來到上川島，但謀入廣州不遂，殁於島上。迨至一五五七年，葡人入居澳門後，接著又有耶穌會教士彼利士（皮雷斯） (Francísco Peres)神甫，爹利亞(泰瑪諾)(Manuel Tiexeira)神甫，及品度（平托）(Andre Pinto) 修士等三人，於一五六二年七月廿六日，來到澳門，籌劃樹立天主教之遠東基礎。此即聖保祿教堂之創辦人也。據一五六三年爹利亞神甫，向葡國之耶穌會報告有云：“……蓋澳中已有三百葡人，需要耶穌會建立教堂。”於此可見，當時耶穌會已立意興建聖保祿教堂矣。至一五六五年十一月廿一日，耶穌會教士，實行在小丘山傍，用木板土石等，築成一座棧倉型小室。此等棧倉房，葡人慣常用作創辦傳教基地。如在巴西及其他各處殖民地，亦都如是創立者。在一五七二年時，該室遂被擴充為研習拉丁語文，及神學等之潛修所。當時由主管人安東尼華士(António Vaz)主持，另有耶穌會神甫八人助理之。作為培養天主教傳教士之遠東中心基地也。自從一五七二年，耶穌會在澳門建立起該所傳教基地後，大得葡國舍巴施鶯葡王(D. Sebastião)之讚許，並獲諭令，由麻六甲（馬六甲）海關稅項下，每年撥助一千元，充作該所經費。至一五七九年，葡國紅衣主教殷利基(Cardial D. Henrique)承襲王位後，每年增撥一千元。該所由於得到充裕補助，逐漸改建成為一間設備稍具完善之修院矣。此項補助經費，直至葡王約翰四世(D. Joáo IV)時，即一六三九年才停止供給。一五八零年，羅明堅神甫(Miguel Ruggieri)到澳門後，更於該修院之山傍，增建一座小教堂，以為華人祀奉聖母者。現時大三巴之遺址，即聖保祿教堂之前身也。後來，教廷於一五九四年十二月，委范禮安神甫(Fr. Alexandre Valignano)到澳視察，後者奉命將該修院及小教堂，分為兩部管理，並令加授法律一科。但不數年，兩部又復合併為一。統由洗尼拿神甫(Manuel Dias Senior)總理之。且又加授一科藝術。嗣後，天主教徒，遂認為該修院與教堂，是一間純粹屬於聖母無原罪之神聖教堂與學府矣。該學府，後來竟擴展為一間遠東聞名之聖保祿修院。由該院出身之學徒，皆具有大學程度。又因當時西方之學者，東來中國後，多聚居於此，故該院所存之圖書，實為一時最完美之寶藏也。據賈典神甫(Fr.Cardim)一六四四年所著之記載有云“耶穌會於澳門高處，建此修院，經常可容六十人。其所授科學，由文法以至神學，皆有可得博士學位之程度者云。” 自從一五八零年，羅明堅神甫在澳門奠定此一間教堂聯同修院，作為遠東傳教基地後，十餘年間，設備已臻完善，而蓄積及藏書，亦漸豐富，但在一五九五年，一場火災，將整座教堂，聯同修院，完全焚毀。所有積蓄及藏書，亦難倖免。據前澳門代權官傅列打士(Guimaraés Freitas)所著之《澳門憶述》，其中曾記述該教堂修院之圖書室云：“其藏書室真是神奇詭秘，傳說埋藏在隧道中之密窟內，豐富珍貴，及寶藏甚多，但為火災焚毀，損失無餘。因此澳門之古典文獻及紀錄，所遺無幾矣。” 該教堂及修院，自經過此第一次火災後，耶穌會以傳教之需要，不容緩置，故不久又復照樣建回一所小型之教堂及修院。不料至一六零一年，又遭第二場火災，只燒賸修院之一個講堂，權作教堂用耳。按爹利亞神甫所記“……在一六零零至一六零一年間，未到日本前，此教堂和修院，實為在中日兩國傳教之樞紐，故修院內，設有研習神道學，拉丁文學，及藝術等三科，但已無地方供作研究聖經之用矣。當火警發生時，居民奮力汲水灌救。因人多擠擁，幾連聖體也找不到出路搬走。起火時，由教堂蔓延，烈焰衝天，整座教堂盡艘，只餘殘壁。幸修院之講堂無恙，火焰越過講堂，燃燒三科研究室，無一倖免。所以事後，只得暫將焚餘之講堂，權作教堂，以待將來籌得款後，再謀重建耳。” 該教堂和修院，自遭遇第二次火災後，本澳之葡商及市民，甚望作第三次重建。故對籌劃捐款，皆甚踴躍贊助。其詳情據花奴基利刺年報(Annual Report of Fr.Fernão Guerreiras，1601 — 1602)載稱： “教堂既受上帝光榮之火洗禮，當時有三大火頭焚燒，全澳市民，不論男女，皆來幫助灌救，事後，全市民商，齊集甲必丹前開會，討論籌款重建辦法，蓋當時有一葡國商船，載貨往日本銷售，在歸程中，半途失踪，倘該貨船遭遇不測，則全澳葡商將會破產，若能平安獲利歸來，各商人均願將該船貨物所值百分之點五金錢，捐作重建教堂之用。果然不久之後，該失踪貨船，竟由日本獲得厚利歸澳，因此耶穌會迺籌得不少捐款。計有三千一百三十巴度金元云云。”(每一巴度金元，約值現時港幣一百元) 是次籌款重建教堂和修院，獲得全市葡商熱烈支持，捐得巨額金元。所以耶穌會士加意設計重建，築成如是魁宏瑰麗之教堂，致令今人見到其遺留下來之前門石壁，即大三巴牌坊，猶驚嘆讚美。當時重建教堂之圖則，是由士扁奴刺神甫(Carlos Spinola)設計。約在一六零二年興工。故今在大三巴牌坊右側墻腳處，尚可見到當年興工奠基時所置之石牌， 石上刻著之拉丁文(Virgin Magnae Matri Civitas Macaensis Libensposvit.an. 1602)，意即“澳門市供獻與至崇之聖母，一六零二年”。 此次重建教堂，自従於一六零二年奠基後，最先在後面建成一所教堂，暫作應用。所以其始初之門面，不似現在牌坊之美麗，且是次重建工程，著重堅固精美，故費時頗久，後來得到日本教徒參加工作，始克完成。蓋天主教在十六世紀時期，流傳於日本長崎一帶地方，當時日本人稱之為“切支丹”。後來因為日本政府嚴禁奉教，致許多日本天主教徒，都受到迫害。尤其是在一六二二年九月十日之一次大事變後，日本之天主教徒，紛紛逃來澳門，藉國外宗教庇蔭，來三巴門附近一帶匿居。其中不少是建築家及藝術家者。因此，耶穌會士認為是一好機會。利用以工代賑方法，招集此等日本教徒，來建築教堂，及宏麗之前門石壁。且如此辦法，工資廉宜，慳回不少經費，因為此次工程，歷時長久，經費浩大。而前時所籌得之捐款，雖不算少，但仍感不數。故建築方式不得不採取逐步完成辦法，隨時徵求募款。迄至一六三七年，前門石壁之工程始告竣。斯時彼得文地神甫(Peter Mundy) 適來澳巡視，迺令將教堂與宏麗之前門聯合起來，蓋此種聯併建築法，頗屬出於勉強者。致人今仍可從其遺跡看到。因現時牌坊之背後，尚留有舊日教堂聯併時，其屋頂之磚痕，殊非出於自然建築者。至於教堂門前之許多石級，更為後來一六四零年始添築者。攷其初時，想仍未有建築石級之意，故其建修院時，尚無預留建石級之位置。致令後來所建之石級，偏側一便，不能正對前門。此等逐步添築痕跡，至今仍斑斑可攷。

萬曆三十年（1602年1月23日─1603年2月10日）聖保祿教堂重建奠基，由佩德羅•卡瓦略神父主持。這次重建的奠基石碑至今猶存：Virgini Magnae Marti Civitas Macaensis Libens posuit An. 1602. 意思是：1602年澳門市民為童貞天主聖母所建。聖保祿教堂1602年奠基碑文，轉自郭永亮：《澳門香港之早期關係》，第55頁。

大三巴牌坊，其建築固宏偉，而其彫刻更精巧。其對宗教之宜傳，直教石頭去說法。僅就一幅門面石壁，竟能把耶穌會之教義，都發揮無遺，據天主教徒解釋。牌坊上之彫刻，有如下之含義：牌坊之頂層，作三角形。頂端有一銅十字架，是天主教徽號。三角形之中心，嵌一銅鑄之白鴿，是象徵天主教之聖神，有四顆星辰，環繞四週，兩傍更有一太陽，一月亮，表示聖神是站在日月星辰三光之中。換言之，聖體有定時通過上帝恩賜而出現云。牌坊之第四層，正中有一尊耶穌基督銅像。邊欄刻有菊花，以顯示神聖純潔，此原屬日本人之習俗，蓋日本人以菊花為最神聖純潔之物，說日本人建築牌坊，足徵信矣。耶穌像之兩傍，各刻有一個耶穌信徒之浮雕。右便是聖保祿，左便是聖彼得。更右傍有繩一條，表示懲罰之意。更左傍有麥一束，像徵約瑟和大衛之居。最後之兩傍柱身，各刻一東方笑獅，表示其宗教已及於遠東云。牌坊之第三層，迺整座牌坊所有雕刻物含義之重要中心。中央為聖母馬利亞(Virgin Mary)銅像。週圍繞以玫瑰和百合花，以表示純潔之意。更刻有六個天使，或禮拜，或焚香，或歌頌，所以顯示虔敬云。聖母像之兩傍，左便刻一生命樹，右便刻一噴水泉，此二物均屬天主教聖經中所說，伊甸(Eden)樂園中之靈物。離生命樹傍，另有一幅浮雕，題有中文“聖母踏龍頭”五字，刻有一條七頭翼龍，中間之魔首頂上，立一聖母。此迺聖經所傳說，昔一女人毀滅魔蛇之事跡，是中世紀時代之神話。七頭翼龍之左，又有一幅浮雕，刻著一具骷髏，橫卧地上，手執箭矢，傍置鐮刀，是象徵死神者，故題有中文 “念死者無為罪”。離噴水泉之傍，又有一幅浮雕，刻有一艘古式帆船，上方為一位聖母，此迺表示傳教士航海東來，得到聖母保護。又因耶穌會士籌建此聖保祿教堂時，據說日本貨船得聖母庇護，平安歸澳，曾捐助貨值百分之點五巨資，遂得築成此牌坊，故教會人士謂，此帆船實為不可缺少之雕刻也。在帆船之右，又有一幅浮雕，刻有一隻怪獸，被箭刺著，張牙舞爪，備極兇惡，是象徵魔鬼者，故亦題有中文“鬼是誘人為惡”等字，兩傍盡處，亦刻有東方笑獅。牌坊之第二層，只有四導銅像，及三個窗門，正中之門較大，兩傍各刻一棵棕樹。左方棕樹之傍，其銅像為聖方濟各沙勿略(S. Francisco Xavier)，故像下刻有S. FCOX字樣。隔窗更左處，其銅像為亞萊蕭江沙加(B. Lviz Gonzaga)，故其像下刻有B. LVIS，G等字，右方棕樹之傍，其銅像為聖依納爵羅耀拉(S. lgnácio Loyola)，故其像下刻有S. IGNA字樣。隔窗更右處，其銅像為方濟各波芝亞(B. Francisco Boria)，故其像下刻有B. FCO. B.等字。該四人者，天主教信徒皆稱之為聖人，蓋用以代表東來傳教之殉難者云。牌坊之最下一層，只有大門三道。各柱傍門側，均作棱形或長方形之圖案。正門楣上，刻有拉丁文聖母二字，表示救世者，願世之欲得救者皆入其門。兩傍之門楣上，所刻耶穌會之簡寫I.H.S.三個字母，可作拉丁文(In Hac Salus)之減筆，作“藉此十字架可以得救”解釋云云。茲將澳門評論英文月刊(Macao Review) 之著者佛蘭斯士(J. D Francis)所解釋牌坊上之石刻意義，翻譯如下：“此為一神學之石刻。集合一切聖人，其中以聖母主之。總而言之，其頂層，首先通過聖人工作；次層，是基督化人，代世人受難，犧牲死亡，克伏魔鬼；中層，通過聖母，使人得到恩賜，更由聖母力量而得永生。所以救世，是上帝藉耶穌功德，給人們以靈魂。其下之二層，是通過聖母及諸聖人之功德，而使人們得救”。整座大三巴牌坊之石刻，在宗教家看來，確像一本聖經；在藝術家看來，確屬一幅精美圖案；在歷史家看來，乃一寶貴古蹟，其價值誠有不可磨滅者也。關於大三巴牌坊之歷史，前人每多不求深究，致附會多端，或視作神秘非常，或說成謊誕不經，以至誤妄百出，訛傳失實者，茲且舉數事，並辯正之：常有閱讀歷史或澳門紀略等書，見載澳門有天主堂名唐人廟者，輒附會以為唐人廟即三巴寺或瘋堂寺。其實皆錯，蓋唐人廟已在雍正十二年二月二十日，被中國海防同知張汝霖封禁矣。《香山縣誌》載：“雍正十二年二月張汝霖奉督撫檄，委香山司巡檢顧麟，集殷商蔡泰觀蔡寶觀等，會同縣丞顧嵩封唐人廟。”又張汝霖《為封唐人廟事論澳夷檄》云：“…至該夷目呈稱，此寺並非唐人建立，稱唐人寺迺訛言相沿。不知唐人寺之名縣誌有載，即通誌亦載其名，進呈御覽。如以唐人寺為訛傳，將誌載三巴板樟等寺亦訛言相沿乎？又稱本國王令寺宇係重伏乞恩祐等語。夫今之所封乃唐人進教之唐人寺，非爾夷禮拜之夷人寺也。三巴諸寺，以爾夷人奉爾教原不禁止。”觀此則足知三巴寺，不在張汝霖所封禁之列，其不是唐人廟也明矣。又有謂牌坊頂之銅鴿和十字架原屬金製者，曾被人盜去而易以銅製者代之。殊不知該銅鴿和十字架在初建時，由澳中著名之波加勞鑄炮廠，與鑄銅像銅鐘同時用銅鑄成者，詳載柏力架著之《著名製炮廠》一書(A Celebrated Cannon Foundry by J. M.Braga，1943.)所傳金製是捏造者。至於傳說墜道之如何深遠詭秘，附會天災節是火燒大三巴之無稽，前章早已辯明，茲不復贅。總之大三巴被燬，說是由天火所致，未免太玄。禁本謂為逸馬傷田，農民報以一炬，則尚屬可信。誠如是，則大三巴牌坊，其為早歲之澳門農民運動一紀念碑碑歟！