葡萄牙商人在馬尼拉貿易時取得牛痘疫苗，牛痘疫苗從此傳入澳門，澳葡政府在仁慈堂醫院闢出一間屋子以供接種牛痘疫苗之用。

全球第一波霍亂疫情大流行波及澳門，從此兩百年間斷斷續續在澳門出現。馬禮遜妻子瑪麗與澳督官也亦因感染霍亂逝世。

鏡湖醫院成立，規定必須設立一位痘師，每年為澳門居民免費種痘。

由於城市發展，澳葡政府將聖拉匝祿痳瘋院的痲瘋病人遷往橫琴的白沙欄。

九澳痲瘋院竣工，收容女性的痲瘋病患者，而男性痳瘋患者則繼續留在白沙欄的痳瘋院。

十九世紀以前，華人社會主要以中醫治理霍亂，鄭觀應在澳門養病期間，找醫師編《霍亂驗方》，四處發送。

內地與香港爆發鼠疫，澳門頒發《辟疫章程》，嚴格限制入境檢疫措施，規定所有由廣東或香港來澳的船隻，須派醫生在人員未登岸時，檢測他們有否患有鼠疫或者疑似患病。

澳門出現鼠疫，疫情由香港傳入，三個月間有千多人死於鼠疫，其後數年間鼠疫在澳門仍然出現。

鼠疫爆發促使澳葡政府開辦常設的醫療檢疫機構，在議事公局的樓下成立公用醫館，名為“長開醫館”，是澳門最高防疫管理機構，是衛生局的前身。

澳門再次爆發天花，澳葡政府通過法令，規定每位澳門居民必須接種牛痘。

西班牙流感對中國的影響較輕微，六月廣東出現疫情，同月澳門亦有病例，共錄得270例病例。

澳門第一次使用霍亂預防針，但只給少數葡萄牙人注射。

政府醫院西邊的傳染病房設立結核病房，為澳門歷史上首個專為結核病而設的醫療部門。

二戰期間澳門衛生環境惡劣，經常出現霍亂疫情，單在1937年便有600人感染霍亂，其中400人死亡。

衛生當局派員前往香港，聯絡港英政府方面設法消滅瘧疾，港英政府派出一架滿載DDT的飛機，在澳門上空灑落DDT，以消滅瘧蚊。

澳門開始用DDT，衛生局經常派員在各郊外水塘灑射DDT殺蟲水，對於各公共場所與公立學校等亦常進行消毒，而華人私立學校如有意願亦可申請噴灑，衛生局也會派員前往噴灑殺蟲水。

白沙欄的痳瘋院關閉，所有痳瘋病人遷往九澳痳瘋院。

在四月時已有不少流行性感冒者，當中以小孩及小學生居多，成年患者亦有，但較少，有些小學返校的學生不及三分之一，學校處於半停課狀態。

在沉寂近20年後，大規模霍亂疫情再次捲土重來，鏡湖醫院與多個民間社團協助澳葡政府防疫，大規模為市民接種霍亂疫苗。

小兒麻痺症個案突然變多，有蔓延趨勢，不少家長紛紛向醫療機構詢問注射預防針的辦法，鏡湖醫院與工人醫療所進行小兒麻痺症的預防注射。

郵電廳發行撲滅瘧疾紀念郵票。

天主教慈幼會神父胡子義赴九澳痲瘋院服務，並將痳瘋村改名為聖母村。

這次流感的傳染率很高，患者發燒溫度也比較高，七月已有十多名病情較為嚴重的流感患者留院，到八月中疫情已稍為減弱，醫療機構的人龍不再出現。

小兒麻痺症會導致不同程度的身體殘障，山頂醫院新開設一個物理治療部門，並選派一名男性護士，前往香港伊利沙伯醫院進修，學成返澳後在物理治療部門服務。

澳門發現最後一例小兒麻痺症後，再沒有出現此症。

衛生司為加强推行小兒麻痺症防疫運動，向澳門各私立學校學生提供免費的預防小兒麻痺症口服疫苗服務。

澳門出現第一例愛滋病病例，患者為一名外國旅客。

澳門大規模爆發麻疹，超過800名兒童發病。

捐血中心成立，管理澳門的血液服務，開始採取自願無償不記名的捐血政策，不再容許買賣血液。

澳門遵照世衛指引，採用國際標準治療方案及全程督導療法。

八人感染霍亂，為食物性爆發，自此以後澳門再沒有霍亂本土病例。

澳門獲世衛認證為無小兒麻痺症地區。

澳門首次出現登革熱大流行，在約四個多月期間共錄得1,418宗病例。

衛生局的疾病預防控制中心成立。

5月10日澳門出現首宗外地傳入的沙士確診病例，患者為一名29歲男性，澳門居民，是長期居於珠海的冷氣技工，在澳沒有居所。

《傳染病防治法》出台，訂定政府在傳染病爆發期間所採取的緊急措施，並規定個人、公共及私人實體有義務與主管實體緊密合作，以及遵循其發出的命令和指引。

澳門突然出現多名本地居民感染愛滋病，經過流行病學與基因檢測，發現是吸毒聚群組共用針具所致。

愛滋病委員會成立，開展美沙酮維持治療計劃。

澳門於6月18日出現首宗H1N1流感輸入個案，9月2日首名患者不治死亡，是次大流行共有過千人受到感染。

衛生局開始每年派員到學校為學生接種季節性流感疫苗。

公共衛生化驗所成功獲得世衛“澳門地區麻疹實驗室”的認可地位，證明化驗所在經驗、技術人員、以及設備配套等各方面均表現優異。

澳門得到世衛認證，成為37個國家和地區中首四個消除麻疹的地區。

12月14日出現澳門首例人類感染甲型H7N9禽流感病毒，患者為58歲批發檔男檔主。

為預防禽流感，澳門實施“人禽分隔”措施，停止澳門所有作食用用途的活禽交易及售賣活動。

全球多國麻疹大流行，澳門也出現麻疹大流行，澳門兩家醫院也先後出現醫務人員感染麻疹事件。

1月21日，澳門出現首例新冠肺炎輸入病例，新冠肺炎疫情開始。