Em 1849, o Governador Ferreira do Amaral expulsa as autoridades chinesas residentes em Macau. O Procurador fica responsável pelos assuntos sínicos, devendo reportar ao Governador. (V. A.V. de Saldanha, Estudos Sobre as Relações Luso- Chinesas).

Pelo Edital de 19 de Maio de 1851, o Procurador por Ordem de Sua Exa. o Sr. Governador, faz saber ao Público, que tendo na madrugada de hoje acontecido ferir um soldado nosso a um China, ocorrência que teve lugar na proximidade da Porta do Cerco, vindo a final este a morrer da dita ferida, o Governo tem preso o criminoso, e vai ser castigado segundo as nossas leis, e todos os Chinas podem transitar livremente sem receio pela Porta do Cerco ou outro qualquer lugar do território português, porque medidas severas tem sido tomadas, para que semilhante attentado se não repita mais para o futuro.

Em 1848, o Oficial Comandante do Porto da Taipa, Januário Agostinho de Almeida, como responsável pela Ilha, redige as primeiras regras sobre a administração local.

No dia 1 de Novembro de 1849, o Governador-Geral do Estado da Índia, José Ferreira Pestana, satisfazendo a requisição do Conselho do Governo da Província de Macau, Timor e Solor, dum oficial com qualidade de mando e direcção no ramo militar, nomeou o seu ajudante às ordens, Capitão do Exército António Pedro Buys, para servir na Colónia de Macau e enviou igualmente, a pedido do mesmo Conselho, uma força de 105 homens para reforçar a guarnição, em vista dos graves acontecimentos que se seguiram ao assassinato do Governador, Conselheiro e Capitão de Mar-e-Guerra, João Maria Ferreira do Amaral.

No dia 1 de Setembro de 1849, foi criado um Corpo de Polícia composto de todos os cidadãos que por idade, moléstia ou qualquer outro motivo estejam dispensados do Batalhão Provisório.

No dia 24 de Janeiro de 1851, chegou o Governador Conselheiro Capitão de Mar-e-Guerra, Francisco António Gonçalves Cardoso, nomeado, por Decreto de 17 de Outubro de 1850, para suceder ao Conselheiro Capitão de Mar-e-Guerra Pedro Alexandrino da Cunha, que falecera em Macau. O novo Governador veio de Hong Kong, onde se hospedara em casa de Eduardo Pereira, a bordo da corveta D. João I. O desembarque efectuou-se no dia 26, ao meio-dia, no cais chamado do Governador. Após a recepção no Palácio do Governo, o novo Governador ouviu Missa na Capela do Palácio. À noite, às 7.00 horas, realizou-se um jantar com a assistência dos membros do Conselho do Governo e da Câmara Municipal, Cônsules, Comandantes das Corvetas e Fortalezas, autoridades e vários empregados públicos. Foi investido na posse do Governo desta Colónia em 3 de Fevereiro de 1851, pelas cinco horas da tarde, na porta principal da Fortaleza de S. Paulo do Monte, entregando-lhe o Conselho do Governo a chave da dita Fortaleza e o bastão e com eles a posse do Governo desta cidade com todas as artilharias e armas, apetrechos e munições de todas as fortalezas da guarnição. Depois da posse, o Governador dirigiu-se à Igreja da Sé, onde depositou o bastão aos pés da Nossa Senhora da Conceição e onde se cantou um solene Te-Deum, seguido de recepção no Palácio do Governo. No dia 3 de Fevereiro, toma posse Francisco António Gonçalves Cardoso como Governador de Macau. Recebe o poder das mãos do Bispo D. Jerónimo da Mata. Teve que reequilibrar as finanças antes de organizar de novo a rede económica entre Macau e o Sul da China. O Vice-Rei Xu Guangjing viria a reconhecer os cônsules portugueses nomeados para Cantão e Xangai, numa óptica que o Governador perseguia desde que chegou. Procurou atrair a Macau os grandes negociantes chineses. Para surpresa de Macau, o Reino (em plena política regeneradora) exonerou o Governador em 18 de Novembro do mesmo ano em que tomou posse. (V. Governadores de Macau, pp. 227 a 230).

No dia 6 de Maio de 1851, o Tenente Vicente Nicolau de Mesquita - herói do Passaleão - foi nomeado Comandante interino do posto da Taipa.

No dia 25 de Maio de 1850, desembarcou em Macau o Governador, Capitão de Mar-e-Guerra, Pedro Alexandrino da Cunha, que tomou posse no dia 30 deste mês, vindo a falecer nesta cidade semanas depois.

No dia 16 de Setembro de 1849, o Vice-Rei de Cantão, Siu, enviou um ofício ao Conselho do Governo de Macau participando ter sido preso, processado e executado, o verdadeiro assassino do Governador João Maria Ferreira do Amaral, Sen-Chi-Leong.