Em 1845, o Seminário de Macau foi suspenso e os alunos foram distribuídos pelos diferentes vicariatos da Congregação da Missão de S. Vicente de Paulo, ou Lazaristas, na China: em Siwantze, para Pequim e a Mongólia; em Sankian, para o Kangsie e o Tchekiang. (Cfr. Mons. Teixeira, Macau e a sua Diocese, vol. III, p. 740).

No dia 20 de Março de 1847, o Senado dirige-se ao Pe. Leite, porque não dispõe de local apropriado para albergar em Macau um Estudo Público, solicitando-lhe que disponibilize no Colégio de S. José “alguns lugares acomodados” para esse efeito, onde se ensinam primeiras letras, contas, doutrina cristã, gramática portuguesa, aritmética, álgebra e geometria, geografia, história geral, e particular de Portugal. Mas o Pe. Leite escusa-se, porque o Seminário se destina a fins que exigem retiro e ainda por ter falta de espaço disponível. Tendo-lhe sido feito convite para Inspector da dita escola, quando existisse, aceitou, em termos pessoais.

No dia 21 de Abril de 1868, foi autorizada, por Portaria Régia, a fundação duma escola de português para chineses, paga pelo cofre do Seminário Diocesano e superintendida pelo reitor do mesmo.

No dia 22 de Fevereiro de 1847, o Pe. José Victor Dias de Lima foi nomeado com Alexandrino António de Mello, Vicente de Paula Salatwichi Pitter e João Joaquim dos Remédios para formar uma Comissão encarregada de promover uma subscrição voluntária para levar a efeito um plano de educação que o Senado sozinho, por falta de meios, não podia realizar.

No dia 10 de Março de 1873, foi inaugurada pelo Governador Visconde de S. Januário a nova escola de português para chineses, regida pelo Pe. Carlos José da Paz, paga pelo cofre do seminário diocesano e superintendida pelo reitor do mesmo seminário. A criação desta escola foi autorizada, pela portaria de 21 de Abril de 1868.

No dia 20 de Março de 1871, portaria Régia cujo artigo 73.° manda que os professores do Seminário de Macau sejam só eclesiásticos portugueses. Segundo Luís Gonzaga Gomes em carta de 1 de Maio de 1950, publicada em O Clarim, essa Portaria não é mais do que o eco de um Memorial enviado pelo Pe. Rôndina, S.J., ao agente do Ministério Público, denunciando crimes na esfera humanitária praticados contra cules que iam de Macau para Cuba e Peru. Os crimes e os depósitos foram denunciados e, decorrido o conveniente processo, foram condenados os criminosos envolvidos e alguns indivíduos da “alta roda” que tinham interesses nesse comércio. Os jesuítas Francisco Rôndina, Tomás Gahill e José Virgili, foram, pelo exposto, a causa próxima da Portaria Régia. Solidários com os seus irmãos jesuítas, os Padres jesuítas portugueses José Joaquim da Fonseca Matos e Domingos Pereira, saíram também, ficando o ensino muito prejudicado. Por isso se fez uma representação de 300 macaenses e um telegrama do Leal Senado, protestando contra a Portaria de D. Luís I (Cfr. Ferreira, Leôncio - Um brado pela verdade ou a questão dos Professores Jesuítas em Macau e a instrução dos Macaenses, Typographia Mercantil, Macau, 1872). [Cfr. 1878 - Escola Comercial; 1893, Julho, 27 - Liceu de Macau; 1883, Setembro, 3 - Escola Central - Sexo Masculino, 1895, Julho, 9) - Escola Central - Sexo Feminino)].

No dia 20 de Setembro de 1870, todos os professores estrangeiros do Seminário de S. José foram obrigados, por Decreto, a deixar o ensino.

Em 1862, na sequência e adaptação da antiga “Escola Real de Pilotos”, criada em Macau por Carta Régia de 1814, é agora criada a Escola de Pilotagem (com evolução estatutária em 1906 e 1980). No dia 5 de Julho de 1862, por Carta de Lei desta data, publicada no Boletim n.º 43, é criada uma Escola de Pilotagem em Macau, a reger por um oficial da armada ou piloto da marinha mercante. A Portaria Provincial n.º 59 de 18 de Novembro de 1862 iria nomear uma comissão para propor o respectivo projecto de regulamento.

No dia 15 de Março de 1864, inaugurado em Macau o Colégio Feminino da Imaculada Conceição (religiosas de S. Paulo de Chartres), fechado em 1870, reaberto em 1872 ( 24 de Novembro) e extinto em 1894.