Em 1845, o Seminário de Macau foi suspenso e os alunos foram distribuídos pelos diferentes vicariatos da Congregação da Missão de S. Vicente de Paulo, ou Lazaristas, na China: em Siwantze, para Pequim e a Mongólia; em Sankian, para o Kangsie e o Tchekiang. (Cfr. Mons. Teixeira, Macau e a sua Diocese, vol. III, p. 740).

No dia 27 de Fevereiro de 1862, foi confirmada a concessão ao Barão de Cercal de uma lotaria anual, com o capital limitado a doze mil patacas; bem como um subsídio anual de 1.000$000 reis para auxiliar a fundação dum estabelecimento de instrução primária e secundária, cujo ensino deveria ser gratuito para os pobres, cessando, porém, tal concessão logo que estivesse reorganizada a Instrução Pública em Macau. Foi inaugurada em 5 de Janeiro de 1862 a “Nova Escola Macaense”, cujos estatutos foram aprovados por P.P. de 6 de Abril do mesmo ano. As aulas funcionaram até 1867, data em que a Escola acabou. Com os fundos deste instituto e com o produto das acções subscritas fundou-se a “Associação Promotora da Instrução dos Macaenses”.

No dia 21 de Abril de 1868, foi autorizada, por Portaria Régia, a fundação duma escola de português para chineses, paga pelo cofre do Seminário Diocesano e superintendida pelo reitor do mesmo.

No dia 3 de Novembro de 1858, o Governador Isidoro Guimarães, em cumprimento das Portarias Nos. 44 e 50, de 27 de Abril de 1857 e de 23 de Junho de 1958 [1858?], do Ministro da Marinha e Ultramar, determina e manda pôr em execução a reunião da Escola Principal, até aí a cargo do Leal Senado, com o Seminário Diocesano. O dinheiro a juros e lotarias continuam a ser administrados pelo Senado, para benefício da Escola, e os proventos directos desta serão entregues ao Reitor do Seminário, que deverá dar conta, anualmente, ao Governo, sobre a aplicação geral dos dinheiros ao rendimento da Escola. Se sobrar dinheiro, deverá reverter ao capital. Mas só depois de gasto o necessário com a resposta pedagógica e didáctica de que o Reitor é também responsável, criando cadeiras que possam ser úteis à mocidade de Macau, que geralmente se destina ao comércio e navegação.

No dia 20 de Setembro de 1870, todos os professores estrangeiros do Seminário de S. José foram obrigados, por Decreto, a deixar o ensino.

No dia 10 de Março de 1873, foi inaugurada pelo Governador Visconde de S. Januário a nova escola de português para chineses, regida pelo Pe. Carlos José da Paz, paga pelo cofre do seminário diocesano e superintendida pelo reitor do mesmo seminário. A criação desta escola foi autorizada, pela portaria de 21 de Abril de 1868.

Em 1862, na sequência e adaptação da antiga “Escola Real de Pilotos”, criada em Macau por Carta Régia de 1814, é agora criada a Escola de Pilotagem (com evolução estatutária em 1906 e 1980). No dia 5 de Julho de 1862, por Carta de Lei desta data, publicada no Boletim n.º 43, é criada uma Escola de Pilotagem em Macau, a reger por um oficial da armada ou piloto da marinha mercante. A Portaria Provincial n.º 59 de 18 de Novembro de 1862 iria nomear uma comissão para propor o respectivo projecto de regulamento.

No dia 21 de Outubro de 1867, foi encerrada a Nova Escola Macaense criada pelo Barão do Cercal, por falta de meios para a sustentar, sendo oferecido o seu remanescente ao Governo da Colónia, para a criação dum liceu.

No dia 20 de Março de 1871, portaria Régia cujo artigo 73.° manda que os professores do Seminário de Macau sejam só eclesiásticos portugueses. Segundo Luís Gonzaga Gomes em carta de 1 de Maio de 1950, publicada em O Clarim, essa Portaria não é mais do que o eco de um Memorial enviado pelo Pe. Rôndina, S.J., ao agente do Ministério Público, denunciando crimes na esfera humanitária praticados contra cules que iam de Macau para Cuba e Peru. Os crimes e os depósitos foram denunciados e, decorrido o conveniente processo, foram condenados os criminosos envolvidos e alguns indivíduos da “alta roda” que tinham interesses nesse comércio. Os jesuítas Francisco Rôndina, Tomás Gahill e José Virgili, foram, pelo exposto, a causa próxima da Portaria Régia. Solidários com os seus irmãos jesuítas, os Padres jesuítas portugueses José Joaquim da Fonseca Matos e Domingos Pereira, saíram também, ficando o ensino muito prejudicado. Por isso se fez uma representação de 300 macaenses e um telegrama do Leal Senado, protestando contra a Portaria de D. Luís I (Cfr. Ferreira, Leôncio - Um brado pela verdade ou a questão dos Professores Jesuítas em Macau e a instrução dos Macaenses, Typographia Mercantil, Macau, 1872). [Cfr. 1878 - Escola Comercial; 1893, Julho, 27 - Liceu de Macau; 1883, Setembro, 3 - Escola Central - Sexo Masculino, 1895, Julho, 9) - Escola Central - Sexo Feminino)].