É possível que esta tenha as suas origens espaciais mergulhadas numa outra construção, erguida em madeira entre 1558-1560, para ser mais tarde completamente erigida em taipa, em 1618, nesta altura em comunicação com os investimentos monumentais que se ampliaram a partir das construções do colégio e da grande igreja da Companhia de Jesus. A igreja, dedicada a S. Lourenço, passa igualmente, neste período, a organizar uma das três paróquias que estruturaram o espaço urbano de Macau nos séculos XVII e XVIII. Reconstruída em pedra entre 1801 e 1803, a igreja viria a ser recorrentemente restaurada ao longo do período oitocentista, pelo que a sua situação presente fixa mais um espaço litúrgico contemporâneo com as características arquitectónicas e decorativas dos ideários coloniais dos eclesiásticos do século XIX.

No dia 25 de Janeiro de 1846, a Igreja paroquial de S. Lourenço, que estivera em obras, desde Abril de 1844, foi reaberta ao culto, depois de reedificada.