Em 1579, partiu a nova expedição ao Oriente, a 31.ª de jesuítas. Nela segue Pedro Gomes, que virá a ser, de 1590 a 1600, Vice-Provincial do Japão.

Uma armada de 8 naus, a 10.ª da Companhia de Jesus, sai de Lisboa para o Oriente em Março de 1551. Leva 22 missionários e 9 “meninos órfãos”.

No dia 11 de Abril de 1581, sai de Lisboa a 33.ª expedição de missionários jesuítas, com destino ao Oriente; vai Jerónimo Xavier, sobrinho de Francisco Xavier, futuramente Provincial de Goa e Visitador da China e do Japão.

Entre 1579 e 1582, primeira estada do Pe. Valignano no Japão. Ali se preocupa com o ensino de japonês aos missionários, considerando necessária uma certa adaptação aos hábitos nipónicos. Assim não pensava o Superior, Pe. Francisco Cabral, que o faz substituir, em 1581, pelo Pe. Gaspar Coelho (1.º vice-provincial do Japão).

No dia 15 de Novembro de 1579, chegam a Macau vindos das Filipinas e, mais recentemente, de Cantão os franciscanos Fr. Pedro de Alfaro e Fr. Giovanni Battista Lucarelli, que foram recebidos pelo comerciante Pero Quintero e pelo Pe. secular André Coutinho. A obra que iniciaram na cidade (o Convento de N. Sra dos Anjos), os seus agentes, a literatura que produziram e, neste domínio – já no sec. XVII, a figura e a obra de Fr. Jacinto de Deus, tudo é apresentado no artigo de Leonor D. de Seabra, “A Descrição da China de Fr. Jacinto de Deus”, incluido na Revista de Cultura, nº 29, RAEM, Outubro 2008, pp. 55-69.

No dia 7 de Agosto de 1582, pedido pelo Pe. Valignano, chegou a Macau vindo de Goa o célebre missionário jesuíta Mateus Ricci, encontrando-se com a Embaixada Cristã Japonesa.

No dia 20 de Fevereiro de 1582, por organização do Visitador Valignano, parte de Nagasaqui para a Europa (Macau - 1582; Lisboa - 1584; Madrid - 1584; Roma - 1585) a 34.ª expedição de missionários jesuítas, ou 1.ª, porque desta vez foi em sentido contrário, provando já os frutos da evangelização. Como guia segue Diogo de Mesquita. Trata-se de uma embaixada de 2 jovens príncipes cristãos japoneses e de outros 2 nobres seus familiares, que se dirigem a Roma para prestar obediência ao Papa, Gregório XIII. Assistem à entronização do seu sucessor, Sixto V. Estão ausentes 8 anos do Japão, regressando a Nagasaqui a 21 de Julho de 1590. (Cfr. Fróis S.J., Luís, Tratado Dos Embaixadores Japões Que Forão De Japão A Roma No Anno De 1582, Parte I, ed. e notas de J. A. Abranches Pinto. Ramalho, A. Costa, “O Padre Duarte de Sande, S.J., verdadeiro autor do De Missione Legatorum Iaponensium ad Romanam Curiam… Dialogus”, RC, Revista de Cultura, nº 30, 1997, Macau, pp. 43- 51) No dia 7 de Agosto de 1582, pedido pelo Pe. Valignano, chegou a Macau vindo de Goa o célebre missionário jesuíta Mateus Ricci, encontrando-se com a Embaixada Cristã Japonesa, que seguia para a Europa. Valignano, que deixou o Japão a 20 de Fevereiro, estava em Macau a 9 de Março e seguiria para Goa a 31 de Dezembro.