Em 1636, os portugueses foram expulsos do Japão. Fim das relações comerciais, apesar das várias tentativas anteriores e posteriores para as reatar. Mas ainda há algumas fugas à vigilância. A ordem de termo foi sendo repetida até 1639. Neste ano o Bakufu promulgou o limitativo edital proibindo os japoneses de residirem e comerciarem no estrangeiro. D. Gonçalo da Silveira efectuou a segunda viagem a favor do Tesouro Real. Os portugueses foram confinados à ilhota artificial de Deshima, no porto de Nagasaqui. As galeotas desta vez partiram com 2 350 caixas de prata (cada caixa = mil taéis. Cada tael = 38 gr.).

Em 1641, Malaca cai nas mãos dos holandeses (Cfr. Beatriz Basto da Silva, Cronologia da História de Macau. Macau, Livros do Oriente, vol. I, 3.ª ed., 2015. 1639-1640; 1644).

No dia 2 de Setembro de 1639, os Capitães-Mor D. Francisco de Castelo Branco e D. João Pereira, presos no Japão, foram levados ao palácio do Governador para ouvirem a sentença imperial sobre a quebra de comércio com os portugueses. De posse do documento comprovativo e na companhia de outros portugueses, regressaram a Macau a 17 de Outubro.Cfr. registo seguinte sobre o mesmo assunto. Documento dirigido pelo comissário japonês encarregue da aplicação das leis anticristãs aos prisioneiros portugueses (V. Beatriz Basto da Silva, Cronologia da História de Macau. Macau, Livros do Oriente, vol. I, 3.ª ed., 2015,1639 18 de Agosto), dizendo que merecem a morte mas que, por benevolência, são deixados paritr para não mais voltar. (Cfr. Livro dos Registos de François Caron, Chefe da Feitoria holandesa de Hirado, Setembro de 1639, in Le Puissant Royaume du Japon: la Descrition de François Caron (1636), Paris, 2003, pp. 178-179).

No dia 24 de Dezembro de 1639, foi declarado que Manuel de Vasconcelos, sobrinho de Domingos Vaz, em tempo algum poderia ser eleito para qualquer cargo em Macau nem servir em ofício algum, estando preso em sua casa, por se ter recusado com maus modos a aceitar o cargo de almotacé (Almotacé- Antigo oficial municipal encarregado da fiscalização das medidas e pesos, e da taxação dos preços dos alimentos. [O cargo poderia trazer inimizades!]).

Lourenço Maria Perreira Marques nasceu em St.º António a 7 de Setembro de 1852 e faleceu na sua casa do Largo Luís de Camões, 3 a 5 de Março de 1911. Estudou no Seminário de S. José e depois no Colégio jesuíta de Campolide em Lisboa, de onde passou para o 'King and Queen College' de Dublin, estabelecendo-se em Hong Kong, onde foi primeiramente director interino do Hospital Civil e logo depois director do Lock Hospital. Aposentou-se em 1895, depois de 16 anos de serviços. Recebeu então uma espontânea demonstração de apreço da comunidade portuguesa de Hong Kong que se reuniu a 25 de Agosto de 1895 no Club Lusitano para lhe manifestar o seu agradecimento. Voltou a Macau, onde continuou a exercer Medicina, recusando receber qualquer tipo de pagamento pelo seu trabalho privado ou oficial. É patrono da 'Rua Dr. Lourenço Pereira Marques e do 'Pátio de Lourenço Marques'.

Em 1639, partiram 4 galeotas de Macau para o Japão; mas uma naufragou e outra arribou de volta a Macau; as restantes foram mandadas sair de Nagasaqui sem terem sido autorizadas a comerciar. No dia 4 de Agosto de 1639, foi publicado pelo Conselho de Estado ou Roju, em Iedo (Tóquio), o decreto do Shogum do Japão, proibindo os portugueses de comerciarem no Japão, pondo assim termo ao grande período de prosperidade de que gozava a colónia de Macau.

No dia 21 de Julho de 1573, morreu, no naufrágio da sua nau, que seguia para o Japão, o Capitão-Mor de Macau, D. António de Vilhena, que se distinguiu no cerco de Cananor, em 1559, e que neste ano fez, à sua custa, cobrir de telha a primeira igreja da Madre de Deus de Macau que então era apenas coberta de madeira.

Em 1637, primeira viagem comercial dos ingleses à China. No dia 6 de Agosto de 1637, eleição de quatro adjuntos para tratarem com o Senado o modo como se deveria proceder com os ingleses que surgiram na barra de Macau com quatro naus.

Entre 1638 e 1639: por esta data o italiano Marco d’Avalo terá escrito sobre Macau uma memória que C.R. Boxer publica em Macau na Francisco Vieira de Figueiredo e os Portugueses em Macassar e Timor na época da Restauração, 1640-1665. Macau. Escola Tipográfica do Orfanato Salesiano. 1940, com notas críticas e chamando a atenção para o episódio em que D. Francisco de Mascarenhas tomou a cidadela de S. Paulo aos seus fundadores. Marco d’Avalo diz na Descrição da Cidade de Macau: “Quando esta cidade foi primitivamente fundada, foi governada à maneira de uma república, ou seja pelos mais velhos conselheiros, sem qualquer general ou governador, devido ao facto de o local não ter sido adquirido pela força das armas, mas apenas pela permissão dos mandarins chineses (...). Os portugueses casaram com mulheres chinesas e desta forma se tornou gradualmente povoada”.