18世紀80年代葡萄牙王室強化對澳門直接管治權的行為。1784年（清乾隆四十九年），澳葡當局根據葡萄牙殖民大臣卡斯特羅（Martinho do Melo e Castro）的指令（即王室制誥），在澳門進行了一場“政治改革”。主要內容包括：首先是加強總督的權力，總督不僅是作為澳門的軍事首領，而且可以干預當地的日常政務，否決議事局的一切提案，成為澳門的最高首長；其次是解散過去的市政衛隊，組成一支由100名火槍兵和50名炮兵組成的印度兵衛隊，增強澳門的警衛力量；再次是確立由總督和王家法官審計國庫收支，取消議事局代營的制度。

辛亥革命期間一次較有影響的起義行動。澳門同盟會成立後，就全力以赴準備策動香山起義，新任主盟人林君復與莫紀彭、何振、鄭仲超等負責策動駐在前山的新軍，鄭彼岸等負責策動駐在香山縣城的防營、團練。駐守前山的新軍約有2000餘人，他們參加過1910年的廣州起義，軍官中很多人有革命思想，其中營長任鶴年尤為激進。澳門同盟會員利用同學關係與任鶴年等人聯絡，很快控制了這支軍隊。香山縣城駐有副將馬德新率領的防營，鄭雨初、黃龍彰率領的團練，王作標率領的縣署親兵。經澳門同盟會員的活動，鄭雨初、黃龍彰、王作標先後入會，從而使同盟會又控制了團練和縣署親兵。他們還派人聯絡各鄉村志士和綠林，約好一起起事。起義的籌餉工作由同盟會澳門支部機關負責人林警魂擔任，他從港澳商人、海外僑胞中募集了部份活動費用，其中澳門富家子弟、同盟會會員提供了相當的經費。經過周密準備，1911年11月2日，香山起義在香山縣（今中山市）小欖爆發。11月5日，前山的新軍與縣城的團勇親兵同時起義，並於當天光復香山縣城。隨後，以前山新軍為主體的香山起義軍改編為“香軍”，進駐廣州西關。不久，香軍編入廣東北伐軍，進抵江蘇前線。同時，不少澳門女同盟會員，如許劍魂、陳秉卿、梁國體、嚴淑姬、梁荃芳、梁雪君等，也參加廣東女子北伐附隊，經南京一直進抵徐州前線。

英國人司各脱因殺人被清朝地方政府處決一案。1772年（清乾隆三十七年）12月14日，在商船上當舵工的英國人司各脱（Francis Scott），與由他僱請來澳門工作的華人劉亞米鬥毆，劉亞米被司各脱用刀砍傷致死。澳葡當局逮捕、審訊司各脱後，由於他拒不認罪，即認為他無罪，並拒絕把司各脱依法送往香山縣丞衙署受審。廣東當局遂關閉關閘，停止對澳門的糧食供應，澳葡當局被迫交出罪犯。中國官員對司各脱進行審訊，司各脱起初繼續抵賴，後因有人出庭作證，才供認不諱。經廣東大吏覆核，司各脱罪行確鑿。1773年2月23日，廣州知府到澳門與澳葡當局一起處死了司各脱，結束了這一場衝突。居澳的各國人士包括葡人，都進一步認清了當時葡萄牙在澳門的地位，澳門的真正長官，是駐紮澳門的香山縣丞。

1850年（道光三十年），葡萄牙力圖仿效英國侵略者，以武力來迫使清政府承認澳門為葡萄牙的殖民地。特任海軍上校官也，即庫尼亞（Pedro Alexandrino da Cunha）為澳門總督，派遣巡洋艦“瑪麗亞二世”（D. Maria II）號及2艘海防艦前往澳門，加強軍事力量。10月29日，為了慶祝葡萄牙女王的誕辰，裝飾華麗的“瑪麗亞二世”號巡洋艦鳴放禮炮，意外發生爆炸，艦船炸毀沉沒，炸死船長及船員191人，還炸死約40名在船上觀禮的中國人。這一突發事件，使澳葡當局的殖民擴張計劃和野心遭到打擊。

澳葡當局鎮壓澳門居民事件。1966年11月，澳門氹仔居民自籌經費興建坊眾小學，因事先未向澳葡當局申請而自行架搭竹棚架，澳門市政當局派人強迫停工，當地居民不服，雙方對峙。11月15日，澳葡當局出動軍警毆打民眾，打傷34人。氹仔居民對此表示抗議，並提出5項要求。澳門各界代表亦支持氹仔居民的要求。12月3日，澳門各界代表為氹仔事件赴澳督府請願，澳葡當局派軍警毆打請願代表，致使45人受傷，激起澳門人民極大的憤慨，紛紛走上街頭，抗議當局的暴行，市內發生騷動，而澳葡當局不顧一切地鎮壓群眾，又造成3人死亡，63人受傷，製造了“一二•三”血案。事後，澳門各界舉行罷工罷市，憤怒群眾將紀念曾於1849年率葡軍侵略中國“有功”而豎立於市政廳前地美士基打（Vicente Nicolau de Mesquita）銅像拖倒，以表示強烈抗議。但澳葡當局無視群眾的抗議行動，繼續大規模鎮壓，在兩天內又打死8人，打傷107人。12月5日，澳門中華學生聯合會向澳葡當局提出5項嚴正要求，遭到拒絕。澳門人民的抗議行動，得到中國內地人民的支持。12月9日，廣東省人民政府外事處向澳葡當局提出4項嚴正要求，包括接受氹仔居民的5項要求和中華學生聯合會的5項要求，嚴懲兇手、賠償損失、不許蔣介石特務在澳門活動等等。12月11日，《人民日報》發表了題為《嚴厲警告澳門葡萄牙當局》的評論員文章。1967年1月29日，澳葡當局被迫宣佈無條件接受所有要求，事件遂告平息。

特大颱風災害，1874年（清同治十三年）9月22日夜，一次罕見的特大颱風橫掃了澳門地區。港灣內大小船隻紛紛沉沒，岸上的房屋成片倒塌，花王堂受電擊起火，火光衝天，燒毁大量的房屋。據事後統計，在這場重大劫難中，澳門約有5000人死亡，2000艘漁船、貨船沉沒，還有包括花王堂在內的大批建築被摧毁，損失共達200萬元。因這一年是甲戌年，史稱“甲戌風災”。後來，澳葡當局為紀念這一重大自然災難的死難者，定9月22日為“天災節”。

1839年9月3日（清道光十九年七月廿六日），欽差大臣林則徐偕同兩廣總督鄧廷楨，統領將備管帶弁兵巡閲澳門。當日，林則徐一行於早晨由前山整隊出發，入關閘，巡視澳門查禁鴉片。澳葡理事官率領4名軍官、100名士兵，在古關閘恭迎。林則徐一行，駐蓮峰廟正殿，接見澳葡理事官，向理事官申明禁令，諭以安分守法，不許囤貯鴉片，不許徇庇奸夷。接見後，林則徐賞給澳葡官員色綾、折扇、茶葉、冰糖等中華特產，賞給士兵牛、羊、酒、麵及銀元400元。接着，林則徐在蓮峰廟向天后、關帝神殿進香後，一行從三巴門進入澳門城區，經大三巴牌坊、關前街、醫院街、水坑尾、南灣、紅窗門，至媽閣廟向天后進香，巡視了澳門主要街道。沿途督率隨員抽查洋樓、民房，見租賃給不法英商的房屋已經關閉，各座洋樓沒有煙土貯藏。巡視途中，居澳華民搭蓋牌樓，扶老攜幼，夾道歡呼。三巴、南灣、媽閣等澳葡炮台鳴炮十九響，以最高禮遇隆重歡迎。當天中午，在澳葡官員護送下，林則徐一行離開澳門，返回前山、石岐。林則徐巡澳前已派員往澳門查戶口、銷鴉片，從澳門搜集外文資料編印成《澳門新聞紙》，這是中國近代史上最早的譯報和類似的參考消息。林則徐巡澳雖只3個時辰（6小時），但影響甚大，再次顯示中國政府對澳門享有主權。1989年為紀念林則徐巡閲澳門150周年，當年12月初在澳門舉行慶祝大會和“林則徐與澳門”學術研討會，蓮峰廟值理會在廟前豎立林則徐紀念雕像，並於1997年在雕像旁建成林則徐紀念館。

見查封阿巴羅修道院。