1611年（明萬曆三十九年），由9艘戰船組成的葡萄牙護航艦隊抵達澳門，中國官府要這支船隊照章交納船税。指揮這支艦隊的梅內澤斯（Dom Diogo de Vasconcelos de Menezes）卻以這些船隻為王家兵船為由，拒絕納税，並威脅中國官吏，必要時將以武力對抗。廣東官府下令封澳，斷絕對澳門的糧食供應，引起了當地葡萄牙人對梅內澤斯的不滿，他們抓住幾個船長，強迫船長向中國官府交税。梅內澤斯等繼續抗拒，市民集結到議事亭，要議事局出面解決。最後，由議事局為艦隊代交了4870兩銀子的船税才使風波平息。

1604年（明萬曆三十二年），曾隨利瑪竇（Matteo Ricci，1552－1610）到過北京、南京的天主教傳教士郭居靜回到澳門。1606年初，澳門傳出流言説，耶穌會士勾結葡萄牙人、荷蘭人和日本人，要殺在澳的中國人，然後用武力征服中國，並擁戴郭居靜為皇帝。這一謠言迅速傳遍全澳，使中國居民十分驚恐，紛紛返回內地，澳門僅剩下葡人及黑奴。兩廣總督戴耀聞知，亦很緊張，急忙下令調集軍隊，準備防禦；並斷絕與葡人的一切貿易，禁止將糧食運入澳門。澳門得不到糧食，很快就出現嚴重的糧荒，澳葡當局急忙派出一個“最謙恭”的代表團， 去向戴耀表白並無入侵之事。經過各方調查，並派人招見郭居靜和參觀全澳的教堂、旅店、醫院等，證實無戰事跡象。於是，緊張局面得到緩和，中外貿易也恢復了正常狀態。

明朝官員強行拆除澳葡當局在澳門非法修築城牆的案件。1623年（明天啟三年），澳葡當局沒有獲得明朝政府的允許，藉口防禦荷蘭的進攻，在水坑尾三巴門間，建築了一道城牆。城牆起於今西望洋山聖母堂附近，分東西兩翼延伸，東翼城牆循東面山坡一直到燒灰爐台止；西翼城牆，則分南北兩幅，南幅止於西望洋山聖母堂的西南山脊，北幅一直伸到媽閣廟的海鏡石。明朝政府對於葡人的這種越權非法行為採取了堅決的行動，廣東海道副使徐如珂首先通知澳葡當局拆毀這道城牆，澳葡不聽。徐如珂即派中軍領兵進駐澳門，自己也隨軍前往，並命令軍隊拆毀城牆。不到兩天，城牆全部拆毀，澳葡不敢反抗。原城牆下的媽閣斜巷等街道，後人俗稱為“萬里長城”。

1614年（明萬曆四十二年），兩廣總督張鳴崗根據海道副使俞安性的建議，為便於對居澳葡人進行管理，將澳門葡萄牙人聚居地方編街道號碼，定立門籍，逐項登記。做法是在葡人居住的大街上樹高柵，掛榜書“畏威懷德”4字。又以《尚書•旅獒》篇中“明王慎德，四夷咸賓，無有遠邇，畢獻方物，服食器用”20字，分別作為門號，分為東10號、西10號，防止奸人進入；同時還禁止葡人在居留地內私藏武器、彈藥，並由在澳門的中國官員對當地房屋進行認真搜查。

1574年（明萬曆二年），明朝政府在澳門半島與內地相連的沙堤——蓮花莖的中段（今關閘馬路中段），設置關閘一事，史稱“莖半設閘”。此座中式城樓形式的關閘，位於澳門與內地之間的險要處，扼內地通往澳門的陸上咽喉。開始時每5日開啟一次，設官兵把守，成為限制民夷出入之要隘。後逐漸成了一個重要關卡，至清代則由幾日開啟一次變成日日開啟的“官關”。1673年（清康熙十二年）改為“關閘汛營”，由前山派兵駐守。至道光年間（1821～1850）林則徐任欽差大臣時，關閘更由重兵鎮守。後來，關閘變成了邊界，不僅限制洋人出入境，更禁止居澳葡萄牙人擅自越過關閘到前山打鳥。1849年的關閘事件中，關閘城樓首次被葡兵佔領，延至1870年（清同治九年），澳葡當局竟將關閘城樓拆毀，夷為平地。蓮花莖古關閘存世近300年，只餘關閘城樓刻着“關閘門”3個字的匾額，迄今仍鑲嵌在民政總署大樓入口大堂的牆上作為古關閘的唯一證物，也成為殖民擴張的歷史見證。

1580年（明萬曆八年），居澳葡萄牙人擅自選舉首席法官，並在當地實施葡萄牙法律。1582年新任兩廣總督陳端奉朝廷之命，前來查辦這一事件。陳瑞先傳令澳葡地方長官，即中日貿易船隊司令米蘭達（Aires Gonsalves de Miranda）和薩（D. Leonardo de Sá）主教，前往兩廣總督駐地肇慶。澳葡派出與中國官員關係密切的司法官本涅拉（Mattia Penella）和傳教士羅明堅（Michele Ruggieri）作為代表去與總督周旋。在參見陳瑞時表示，居澳葡人無論是過去還是現在總是中國皇帝的順民，並承認兩廣總督殿下是他們的保護者，懇請總督對他們加以扶助及慈愛。接着又把隨身帶去的一批天鵝絨、水晶鏡等總值超過1000金幣的厚禮送給陳瑞。於是陳瑞便吿訴他們可以在澳門繼續居留，但必須服從中國官員的管轄。

明朝官兵在廣東新會沿海撃退葡軍的一次戰役。1522年（明嘉靖元年），葡萄牙人別都盧率海艦5艘、部屬1000餘人入侵廣東新會西草灣，明備倭指揮柯榮、百戶王應恩等率軍反擊，擒其首領別都盧、疏世利等42人，斬首35人，繳獲葡船2艘，均按海賊罪處死。西草灣之役明軍獲全勝，葡人從此逐漸放棄武力攻華之野心。

蔡善繼，字伯達，浙江烏程人，明萬曆年間（1573-1620）任香山縣知縣。1608年（明萬曆三十六年），澳葡當局對一名首犯判刑，引起一部份葡人不服鬧事，澳門陷入混亂，無法控制局面。蔡善繼獲知此事後，“單車駛澳”，親自出面處理了這一宗案件，平息了騷亂。事後訂出了《制澳十則》，警告葡人不得在澳門置物業、蓋房屋；主張對澳門葡萄牙人嚴加管制，受到兩廣總督張鳴崗的採納。蔡善繼廉潔奉公，執法嚴明，使葡人無機可乘，在澳門葡人中享有很高的威信，其制澳事蹟亦在香山縣人民中廣為流傳。

17世紀初澳葡守軍擊敗荷蘭海軍進犯澳門的一場戰鬥。葡人來澳不久，荷蘭亦覬覦澳門。1601年（明萬曆二十九年），荷蘭數次向明政府提出借地通商的要求，均被拒絕。又於1601年和1604年兩次進攻澳門，均未成功。1622年（明天啟二年），荷蘭大舉侵澳，出動巴達維亞8艘戰艦，並聯合艦長苗活的4艘戰艦，配備巨炮60門，士兵1000人，由荷蘭提督賴啫臣（Kornelis Reyerszoon）統率，於6月10日出發，直奔澳門。6月21日，荷艦抵澳門海面。當時澳門守備力量僅50名火槍兵，100多名能執武器的土生葡人和三座配備不全的炮台。6月24日破曉，荷蘭軍艦猛轟嘉思欄炮台，炮台守軍全力回擊，當即擊毀一艘。賴啫臣即率800名精鋭部隊在劏狗環一帶登陸，葡軍憑藉新挖戰壕向荷軍反擊，賴啫臣腹部中彈返回，命盧芬（Hans Ruffijn）代他指揮。荷軍在盧芬上校的指揮下很快佔領龍環村、龍田村一線，被大龍泉、二龍泉匯合的坑水阻擋。葡方的伯多祿炮台發炮轟擊，命中荷軍火藥車，使荷軍死傷慘重。這時，澳葡中日貿易船隊司令薩門托（Lobo Sarmento de Carvalho）也親臨前線，並發出反攻命令，葡軍、市民、修道士及黑奴們一起出擊，特別是黑奴作戰勇敢，奮不顧身，當場擊斃盧芬，荷軍全面崩潰。是役，荷軍死136人，傷126人，其中11名校級軍官，死傷的日本人和印尼人也達數百人，還有一名上校及一批士兵被俘。葡方傷亡極輕。澳門葡軍獲得了完全的勝利。為了紀念這一空前大捷，澳葡當局將6月24日定為澳門城市日。

1564年（明嘉靖四十三年）4月，潮州柘林水兵因缺餉斷糧而嘩變，變兵隊伍在徐永泰等人率領下，聯絡其他一些武裝，進抵虎門附近的三門海，對兵力空虛的廣州構成嚴重威脅。為進一步打開中國大門，取悦於明朝政府，曾任濠鏡（澳門）葡萄牙人首領的佩雷拉（Diogo Pereira）派人前往廣州，向明將俞大猷表示，願意幫助明政府鎮壓兵變。獲得同意後，佩雷拉與中日貿易船隊司令德梅洛（Luiz de Mello）率領300名葡萄牙士兵參戰，分成兩隊，登上幾艘裝備有西式火炮的中國戰船，直駛三門海，以突然襲擊的戰術，很快擊敗叛兵。此役生擒變兵612人，斬首不計其數。

1644年（清順治元年），崇禎帝自盡，明王朝傾覆後，澳門葡萄牙人仍全力支持殘存的南明政權的抗清事業。1645年3月，耶穌會士畢方濟（François Sambias, 1582-1649）奉南明福王之命前往澳門求援，受到澳葡當局的隆重接待。由於福王政府旋即覆亡，畢方濟又向建立在福州的唐王政府表示忠誠，與信奉天主教的太監龐天壽一起去澳門購炮請兵。葡萄牙人予以積極的支持，給他們提供了一批大炮，還選派了300名士兵。唐王政府則同意將對面山下的一塊地方作為耶穌會士陸若漢的墓地，開始了葡人居留對面山的歷史。不久，唐王政府被清軍消滅，龐天壽就帶這支葡萄牙軍隊去投奔建在桂林的桂王政府。葡萄牙的軍事援助對於桂王政府的抗清起了很大的作用，多次擊退清軍，同時，耶穌會士也積極地在南明君主中傳播天主教，南明君主紛紛皈依天主，太后、皇后及太子均入教。1648年（南明永曆二年），久病的太子在受洗後恰好病愈，王太后還派龐天壽前往澳門，請求耶穌會的司鐸們舉行彌撒大祭。10月17日，龐天壽入澳，各炮台鳴炮致敬，修道士們列隊出迎。10月31日，聖保羅教堂為南明王室隆重地舉行彌撒，彌撒結束，澳門總督又設宴款待使者，還贈送火槍100支作為給桂王政府的禮物。桂王政府也因之答應永遠豁免每年500兩的地租銀，並豁免澳葡數年的船舶餉税。澳葡政府與南明政權一直保持着良好的關係，直至桂王政權的最後滅亡。

市舶提舉司，簡稱市舶司，是明朝管理海外貿易的機構。明朝政府擔心讓外國商船直接停泊在廣州，會對省會安全構成威脅。於是，在正德年間將市舶司的“泊口”（即外國船隻的停泊港口）由廣州移到電白縣。由於電白縣不是傳統的對外貿易港口，不利於中外貿易的正常往來，東南亞各國商人，於是集結於香山、東莞、新寧縣各澳，而聚於浪白澳者尤多。但浪白澳風高浪大，水土甚惡，難以久駐，而澳門則比較合適。廣東當局遂於1535年（嘉靖十四年）將市舶司泊口遷移至香山境內的濠鏡澳，澳門從此開埠。葡萄牙商人賄賂指揮黃慶（又作黃瓊），得以在澳門沿岸停泊船隻，進行貿易。

1913年，孫中山領導的“討袁之役”失敗後，不少同盟會員、會黨領袖避居澳門，曾任瓊崖安撫使、老同盟會員、著名會黨領袖黃明堂也在其中。廣東都督龍濟光恨黃明堂不為己用，遂拉攏澳葡當局，對其加以迫害。1914年，龍濟光派遣的密探偵知黃明堂在澳門住址，即誣其為匪首，帶領葡萄牙警察將其逮捕，還企圖引渡回粵，加以殺害。幸孫中山及時獲悉，多方設法營救，使澳葡當局未便引渡。1916年夏，黃明堂被囚禁一年多後，始獲釋放。

見查封阿巴羅修道院。

1926年11月7日由澳門港口工程主任罅些喇倡辦，澳門政府主辦。目的是借此推動澳門工商業的發展。展覽會為期3個月，設陳列所60多個，展出澳門各種貨物596種。展覽會還備有各種娛樂設施，入場觀眾達29萬人次，成為澳門工商發展史上一大盛會。

英國人司各脱因殺人被清朝地方政府處決一案。1772年（清乾隆三十七年）12月14日，在商船上當舵工的英國人司各脱（Francis Scott），與由他僱請來澳門工作的華人劉亞米鬥毆，劉亞米被司各脱用刀砍傷致死。澳葡當局逮捕、審訊司各脱後，由於他拒不認罪，即認為他無罪，並拒絕把司各脱依法送往香山縣丞衙署受審。廣東當局遂關閉關閘，停止對澳門的糧食供應，澳葡當局被迫交出罪犯。中國官員對司各脱進行審訊，司各脱起初繼續抵賴，後因有人出庭作證，才供認不諱。經廣東大吏覆核，司各脱罪行確鑿。1773年2月23日，廣州知府到澳門與澳葡當局一起處死了司各脱，結束了這一場衝突。居澳的各國人士包括葡人，都進一步認清了當時葡萄牙在澳門的地位，澳門的真正長官，是駐紮澳門的香山縣丞。

特大颱風災害，1874年（清同治十三年）9月22日夜，一次罕見的特大颱風橫掃了澳門地區。港灣內大小船隻紛紛沉沒，岸上的房屋成片倒塌，花王堂受電擊起火，火光衝天，燒毁大量的房屋。據事後統計，在這場重大劫難中，澳門約有5000人死亡，2000艘漁船、貨船沉沒，還有包括花王堂在內的大批建築被摧毁，損失共達200萬元。因這一年是甲戌年，史稱“甲戌風災”。後來，澳葡當局為紀念這一重大自然災難的死難者，定9月22日為“天災節”。

18世紀80年代葡萄牙王室強化對澳門直接管治權的行為。1784年（清乾隆四十九年），澳葡當局根據葡萄牙殖民大臣卡斯特羅（Martinho do Melo e Castro）的指令（即王室制誥），在澳門進行了一場“政治改革”。主要內容包括：首先是加強總督的權力，總督不僅是作為澳門的軍事首領，而且可以干預當地的日常政務，否決議事局的一切提案，成為澳門的最高首長；其次是解散過去的市政衛隊，組成一支由100名火槍兵和50名炮兵組成的印度兵衛隊，增強澳門的警衛力量；再次是確立由總督和王家法官審計國庫收支，取消議事局代營的制度。

1821年（清道光元年），在歐美大陸資產階級革命運動的推動下，葡萄牙的資產階級民主革命運動進入高潮。由公民選舉產生的葡萄牙議會制定了君主立憲的憲法，下達了取消一切封建權利和義務的命令，在葡萄牙民主運動的影響下，澳門的葡萄牙人分成了敵對的兩派：一是以土著葡萄牙人為主體，有着強烈變革要求的立憲派，其首領為巴波沙（Paulino da Silva Barbosa）少校；一是以葡萄牙貴族官員為主體，力圖維護原有特權的保守派，其首領是地方長官亞利鴉架（Miguel Arriaga）。立憲派先是開展請願活動，抗議議事局無視市民的要求，提出恢復原來的議事局政體，免除澳門對果阿、帝汶的財政補貼，任用澳門土生葡萄牙人在當地文職機構及軍隊任職等一系列請求。澳葡當局被迫於1822年2月16日召集市民在市政廳舉行忠於憲法的宣誓。但他們對民眾所要求的改革並不準備實行。在這種形勢下，立憲派與澳葡當局，特別與保守派首領矛盾越來越尖鋭，並不時採取激烈行動，使亞利鴉架的人身安全受到很大的威脅。1822年8月中旬，澳門民主運動爆發。市民若瑟在8月17日議事局開會時，提交了一份由83位市民聯名的抗議書。這份抗議書指控亞利鴉架慫恿中國官員干預澳門事務，以維持自己的地位。亞利鴉架自知受到市民的普遍敵視，表示願意辭職。市議員向市民們宣佈了他辭職的消息，並表示準備進行一次新的選舉。8月19日，市民們舉行選舉大會。會上，立憲派與保守派發生尖鋭的衝突。保守派頭目卡瓦爾坎蒂（Cavalcanti）宣稱，這一會議沒有確定新政體的權力。與會的市民都被激怒，當即將他從窗口扔到街頭。這時，巴波沙登台演説，指出人民希望建立的是與憲法完全符合的政體。會議最後決定，重新恢復1784年（清乾隆四十九年）前的政體，授予新選出的議事局不受總督及地方長官控制的立法權、行政權和司法權。總督只能掌管軍事。亞利鴉架則被剝奪一切職務。9月12日，巴波沙又創辦了澳門有史以來的第一張報紙－《蜜蜂華報》。該報宗旨鼓吹立憲派各項主張，成為新政權的喉舌。澳門資產階級立憲派領導的民主運動進入高潮。被罷免的亞利鴉架並不甘心失敗，煽動總督阿爾布克爾克（Afonso de Albuquerque）發動政變。但很快被立憲派擊敗。1823年，葡印總督派“薩拉曼特拉”號巡洋艦運載一批士兵駛往澳門，旨在恢復舊政權，鎮壓澳門民主運動。由於中國政府的干涉，他們未敢輕舉妄動。9月23日凌晨，士兵在澳門偷偷登陸，沒有遇到任何抵抗，就進抵市政廳前的廣場，並逮捕了立憲派領袖巴波沙。隨後，保守派組織了政府委員會，來攝理總督職權，並將亞利鴉架官復原職。接着，他們大肆鎮壓立憲派，查封《蜜蜂華報》。與此同時，葡萄牙王子米格爾（Dom Miguel）也在本國發動政變，解散議會，廢除憲法，恢復其父若奧六世專制君主的權力。澳門保守派狂熱地歡呼這一場政變，他們宣誓效忠於君主專制政體，舉行了盛大的慶典和宴會。澳門民主運動遂因此而夭折。

19世紀中葉澳葡藉機向清守軍報復並襲擊關閘的事件。1849年（清道光二十九年）的“關閘事件”，是關閘第二次遭受大規模進犯，且是遭受英、葡的水、陸夾攻。此次事件的引發，導火線是極力推行殖民擴張的澳督亞馬留（João Maria Ferreira do Amaral）被望廈龍田村民沈志亮等人刺殺。1849年8月22日，亞馬留被刺殺後，澳葡當局在英、美、法列強支持下，有恃無恐，藉此挑起事端，於8月28日早晨，由炮兵軍曹米士打基打率領100多名正規軍和20名志願軍，攜三門大炮，在快艇炮火支持下，對關閘發動進攻，戰事擴展到拱北北嶺，古關閘城樓被炮火轟毀。駐守關閘汛營的清軍兵力薄弱，由於援兵未到，面對來勢洶洶的葡兵，措手不及，不戰而退，關閘為葡兵佔據。在關閘事件中，葡兵1名重傷，清軍4人死亡，葡兵且將戰死的1名清兵的手臂和1名軍官首級砍下，作為戰利品，掛在竹竿上，帶返澳門，遊街示眾。經此一役，清軍退守前山寨。這是清王朝在澳門的主權地位受到嚴重挑戰的一次重大事件。

辛亥革命期間一次較有影響的起義行動。澳門同盟會成立後，就全力以赴準備策動香山起義，新任主盟人林君復與莫紀彭、何振、鄭仲超等負責策動駐在前山的新軍，鄭彼岸等負責策動駐在香山縣城的防營、團練。駐守前山的新軍約有2000餘人，他們參加過1910年的廣州起義，軍官中很多人有革命思想，其中營長任鶴年尤為激進。澳門同盟會員利用同學關係與任鶴年等人聯絡，很快控制了這支軍隊。香山縣城駐有副將馬德新率領的防營，鄭雨初、黃龍彰率領的團練，王作標率領的縣署親兵。經澳門同盟會員的活動，鄭雨初、黃龍彰、王作標先後入會，從而使同盟會又控制了團練和縣署親兵。他們還派人聯絡各鄉村志士和綠林，約好一起起事。起義的籌餉工作由同盟會澳門支部機關負責人林警魂擔任，他從港澳商人、海外僑胞中募集了部份活動費用，其中澳門富家子弟、同盟會會員提供了相當的經費。經過周密準備，1911年11月2日，香山起義在香山縣（今中山市）小欖爆發。11月5日，前山的新軍與縣城的團勇親兵同時起義，並於當天光復香山縣城。隨後，以前山新軍為主體的香山起義軍改編為“香軍”，進駐廣州西關。不久，香軍編入廣東北伐軍，進抵江蘇前線。同時，不少澳門女同盟會員，如許劍魂、陳秉卿、梁國體、嚴淑姬、梁荃芳、梁雪君等，也參加廣東女子北伐附隊，經南京一直進抵徐州前線。