媽閣廟的建築，大體可劃分為三組。第一組：山門、牌坊、石殿、弘仁殿等，第二組：圓門、正覺禪林及其周邊建築，最後是位處地勢較高的觀音閣。

媽祖閣名攷：澳門媽祖閣，實即天后廟也，其門顏不書“天后廟”，而題“媽祖閣”者，蓋亦有由也。溯澳門媽祖閣，原為在澳之閩潮人士所建。因閩潮人士，皆稱天后為“媽祖”，而瓊崖台灣等地，以及南洋羣島一帶之人士亦然。鄭昭之《貢使入朝中國紀行詩》註釋有云：“媽祖，閩潮土語天妃也。自鄭和修祠立碑之後，奉使漂洋者，莫不虔敬天妃。今南洋各地皆有媽祖宮，與大伯公廟同其不衰，又天妃與協天大帝，關壯繆及舟神，皆舶人所崇拜者。凡舶中來往，俱畫夜香火不絕。”於此可見媽祖宮之名，實為粵東沿海及南洋各地所奉行者也。又因閩潮人士以為若遇急難而呼“媽祖”，則靈效立應。趙翼之《陔餘叢攷》有云：“台灣往來，天妃神跡尤著。土人呼為媽祖，倘遇風浪危急，呼媽祖則披髮而來，其效立應。若呼天妃，則神必冠帔而至，恐稽時刻。媽祖云者，蓋閩人在母家之稱也。”所以澳中閩潮人士，欲得神靈，如響斯應，因此榜廟門曰“媽祖閣”。至於澳人習俗，間有不稱其為“媽祖閣”，而呼其為“娘媽廟”者。則因有人傳說：“天妃姓梁”，閩人間有稱天妃為“梁媽”。娘媽廟者梁媽廟之訛也。至於普通人士，多呼媽祖閣為“天后廟”。古書則載稱為“天妃廟”。良以神在宋朝興化間，已有“妃”稱號。至元朝之至元間，加封“天妃”。沿至清朝康熙間，晉封為“普濟天后”。惟道家則稱其為“英烈娘娘”。但未聞有稱之為“娘娘廟”者。

神舟奇蹟：媽祖閣內，天后殿前，素來供設一艘小帆船，舵長數尺，桅几三枝，錨舵齊全，蓬艙畢具，張帆繫纜，形狀精緻，梢翁篙手，眉目玲瓏，直類一龜大眼雞船模型，為中國之古式海舶。當年天后附航來澳，即乘此種帆船也。而洋船石上所刻之圖樣，故亦作如是式矣。蓋媽閣天后殿前該艘小神舟，在舊日也曾有過一番奇異事蹟。溯每當年年三月二十三日天后神誕，於誕前三天之早晨，則媽閣廟諸值事，例必焚香燃燭，親臨江邊，將此小神舟，送放落海中，任其飄流泛去。該小船雖是無人駕駛，但隨波逐浪，漸漸就不知浮到何處耳。經過兩日，事果神奇，該小船竟在天后誕前一天，必定安然飄流回媽閣岸邊，屆時諸值事又在海傍陳設香案，恭迎小神舟回廟內，如舊供奉。據說此舉，乃天后駕船往接大舅(她的哥哥)，同來共慶誕辰云。而媽閣廟值事對於此舉，從來皆如是進行，該小船未嘗有傾覆或失蹤者。惟至距今約五十年前，曾有一次該小船在海上飄浮時，被一洋船水手看見，愛其靈活精緻，背人將其撈去，至是該小船迺告遺失。而媽閣廟值事嗣後亦以外賊難防，遂罷此舉，只得依樣再做回一艘小神舟，仍供設天后殿中，聊資紀念耳。該小神舟之已往奇蹟，據現在之老於澳門者，尚有不少人曾親見其事，津津樂道之。但其何以能自然往返，及從未失蹤，今試從科學辨證之：大概自小船被放落海中後，浮泛在水面，即人或見之，但以崇信天后，故決不敢干擾及之，不慮有遺失矣。小船跟隨潮水退去，自然會隨看潮漲回來，在迷信時代之人看來，就以為神奇也。

在中國古代遺存下來的刻辭中，碑刻佔有重要的地位。碑刻常見於山川名勝、陵墓、宮殿、寺廟、園林等古建築，是中國古代建築的重要組成部分。其中，又以宗教寺廟碑刻，在碑刻中佔有極其重要的地位。從建築藝術的角度而言，碑刻也是一種建築要素，與建築物互相依存。從歷史文化的角度而言，碑刻與建築物互不分離，是記載建築歷史、保存和傳播建築文化內涵的特殊載體，具有重要的文化價值。

媽閣古蹟，每多神話，民間談藪，愛說奇聞。天后史事：天后，林姓，福建莆田人，迺宋朝林願之第六女，生於宋太祖建隆元年庚申(九六零)三月二十三日，終於雍熙四年丁亥(九八七)二月十九日，(見天后聖母聖蹟圖說，及林氏宗譜)。幼而神異，少時能言禍福，及長，持齋不嫁，其兄航商海上，曾遇暴風，傳說其瞑目出神而往救之。年僅二十八而卒，後屢顯靈應於海上，航海者皆禱祀之，奉為護航海神，歷朝迭承封謚，初號通賢神女，紹興丙子，以郊典封靈惠夫人，至元朝至元八年，加封為大妃。及明朝，立廟於京師，迺晉封為天后。攷天后，或稱天妃及天母，閩人稱之為娘媽，或媽祖，瓊人稱之為婆祖，昔日閩粵沿海居民，對天后備極崇仰，尤以漁民及航海者，在茫無保障之天空海闊間，只有寄托信仰於天后，藉其保護福庇於冥冥，故敢冒險奮戰，卒抵事業於成就，蓋當科學未昌明時代，迷信固足增加人類之自信心理，而有助於航海冒險事業之成功也，如明朝三保太監鄭和，曾七次下西洋，成就中國偉大航海功蹟，他亦歌頌天后在海上陰護恩德，嘗親手寫一碑誌，立在福建長樂天妃宮內，以資紀念云。至於歷朝追封天后事，實為我國獎勵國民航海事業，及向海外發展之政策也。至於當年來澳之閩潮同胞，多是乘一芥舟，破萬里浪，盡歷艱苦，才能到此謀生者。彼等既得不到封建時代之官僚保護，惟有托庇於冥冥中素所信仰之天后。苟有所成就，都附會於其認為護國庇民，萬能全德之女神。遂在澳立廟樹碑，旌功致敬。澳門媽祖閣溫陵泉敬堂碑誌有云：“…吾閩莆田梅花嶼之有天后聖母也，女中之聖而神者也。天亶聰明，生而靈異。誕降之夕，異香繞室，瑞靄臨門，鄰里遠近，罔不望神光之顯爍，而慶聖瑞之昭彰焉。當其幼通文義，長嗜佛經，歲甫十三，即得真人之元訣。年方二八，更受古井之靈符。聖德自此日益高，神功自此日益妙，而千百年山川鍾毓之奇，洩於湄洲之一島。數十世祖宗留貽之澤，萃於我后之一身矣。試觀滴油成菜，資民食以無窮。化木為杉，拯商船於不測，演法投繩，晏公歸部。書符焚髮，高里輸誡。而又澄神尅金水之精，力降二將。奉詔止雨霪之禍，手鎖雙龍。淨滌魔心，二嘉伏罪。剪除怪族，三寶酬金，觸念通神，爐火隨潮而暴湧。示形顯聖，湖堤拒水而立成。以及琉球穩渡，護冊使於重洋。𥑠硈無虞，祐王臣以一夢。陰兵樹幟，匪船翻浪而衝礁。神將麾旂，賊衆望風而敗仗，米舟赴急，救興泉二郡之奇荒。天樂浮空，出鄭和一身於至險。凡諸有感皆通，無求不應，岡非轉禍為福，化險為夷。…”該碑迺清朝同治年間，翰林黃光周所撰。所言之神異事蹟，皆足反影中國民衆，對天后信仰之備至。關於天后顯聖，尚有如下傳說，俱與媽閣之起源有關。相傳明朝弘治年間，有閩籍商人，駕帆船由福建運貨來粵。臨啟碇時，忽見一女子，蓮步勿速，孑身無物，求船附搭，商人允予方便。詎知船方解纜，便疾駛如矢，不一夜，已抵澳門海面。女子請求泊岸，瘆舟登陸，雖是小腳纖纖，然步履敏捷，見其行至半山中，忽失所在。船衆俱感託異，登山視之，只見遺下雙履，衆遂認為神人。定為娘媽化身，來澳庇蔭，因而在該處建亭立廟，以彰聖靈，是即媽祖閣內半山上之弘仁殿也。又傳明末萬曆年間，有閩幫貨船，來澳遇風，飄至媽閣海面，船正危亟，忽睹一神女顯聖山側，風浪立告平息。衆商獲轉危為安，認為又是天后庇護。因感其德，又在山側增建石殿，並於神女所立之石上，雕一中國古代帆船，桅懸小幡，刻有“利涉大川”四字。是即現在媽祖閣門傍之洋船石也。至於階前另有一石，如樣刻有帆船，此不過是後人增設者。清朝道光時，閩人黃宗漢翰林曾為天后作記，勒碑廟內。其碑云：“吾閩莆田梅花嶼英烈林夫人，禀曹娥之純孝，矢帝女之精誠。應化東南溟渤之間，風濤驚險，慘痛呼救，靈之所感，若響應聲。十閩之人，家屍而戶祝之，若赤子之墓慈母焉。俗呼之曰娘媽，親之也……濠鏡天后廟者，相傳明時，有一嫗自閩駕舟，一夜至澳，化身於此。閩潮之人，商於澳者，為之塑像立廟，並繪船形，勒石紀事。迄合閩之泉漳，粵之潮州，飄海市舶，相與禱祈，報賽為會於此……”

在早期藝術作品中的媽閣廟，即便其重點描繪對象是廟宇，亦多旁及建築物周邊的山體、林木、空地甚至水體，可以反映出媽閣廟作為一個藝術題材，所指並非單一的廟宇建築，而是一個場景或景觀——媽閣景觀。這是媽閣廟作為園林式廟宇的建築特色所在，即其建築既為廟宇，亦為園林。前者主體為山門、牌坊、石殿、弘仁殿、圓門、正覺禪林、觀音閣，後者則是山體與摩崖石刻，兩者在觀感上構成一個整體。

媽閣是遊人必到之處，其所嚮往者，蓋非廟宇建築，而是景觀：殿觀疊架的佈局、錯落有致的山林廟宇景致。與此同時，國人亦偏愛留墨於媽閣，最直接的證明，莫過於媽閣的山石題刻：摩崖、石刻題詞與石刻詩。

傳說葡萄牙人來到澳門，首先登岸的地方是媽閣廟前，澳門的葡文名字更源於媽閣廟。1844年法國海關總檢查長於勒．埃及爾（Jules Itier）在澳門拍下中國境內第一批照片中，媽閣廟是其中的拍攝對象。法國畫家博爾傑繪畫的媽閣廟油畫，更成為法國國王的藏品。究竟媽閣廟的建築有何特別？歐洲人為何對其建築有特別的迷戀？

媽閣共有二十四首石刻詩，作者分別是：林國垣、康健生、張道源、許敦元、西密揚阿、趙同義、趙元儒（四首）、張玉堂（兩首）、黃恩彤、潘仕成、暢瀾（兩首）、釋碧漪、陳詞博、遂昭、朱壽年、列贊雄、梁進輝、布衣，以及佚名作者一首。他們的身份包括：蒞澳的清朝官員、旅澳的騷人墨客和寓澳的僧道，也有澳門本地的名人才子。這些詩作的寫刻時間，始於清乾隆三年，終於民國年間。