1611年（明萬曆三十九年），由9艘戰船組成的葡萄牙護航艦隊抵達澳門，中國官府要這支船隊照章交納船税。指揮這支艦隊的梅內澤斯（Dom Diogo de Vasconcelos de Menezes）卻以這些船隻為王家兵船為由，拒絕納税，並威脅中國官吏，必要時將以武力對抗。廣東官府下令封澳，斷絕對澳門的糧食供應，引起了當地葡萄牙人對梅內澤斯的不滿，他們抓住幾個船長，強迫船長向中國官府交税。梅內澤斯等繼續抗拒，市民集結到議事亭，要議事局出面解決。最後，由議事局為艦隊代交了4870兩銀子的船税才使風波平息。

1604年（明萬曆三十二年），曾隨利瑪竇（Matteo Ricci，1552－1610）到過北京、南京的天主教傳教士郭居靜回到澳門。1606年初，澳門傳出流言説，耶穌會士勾結葡萄牙人、荷蘭人和日本人，要殺在澳的中國人，然後用武力征服中國，並擁戴郭居靜為皇帝。這一謠言迅速傳遍全澳，使中國居民十分驚恐，紛紛返回內地，澳門僅剩下葡人及黑奴。兩廣總督戴耀聞知，亦很緊張，急忙下令調集軍隊，準備防禦；並斷絕與葡人的一切貿易，禁止將糧食運入澳門。澳門得不到糧食，很快就出現嚴重的糧荒，澳葡當局急忙派出一個“最謙恭”的代表團， 去向戴耀表白並無入侵之事。經過各方調查，並派人招見郭居靜和參觀全澳的教堂、旅店、醫院等，證實無戰事跡象。於是，緊張局面得到緩和，中外貿易也恢復了正常狀態。

明朝官員強行拆除澳葡當局在澳門非法修築城牆的案件。1623年（明天啟三年），澳葡當局沒有獲得明朝政府的允許，藉口防禦荷蘭的進攻，在水坑尾三巴門間，建築了一道城牆。城牆起於今西望洋山聖母堂附近，分東西兩翼延伸，東翼城牆循東面山坡一直到燒灰爐台止；西翼城牆，則分南北兩幅，南幅止於西望洋山聖母堂的西南山脊，北幅一直伸到媽閣廟的海鏡石。明朝政府對於葡人的這種越權非法行為採取了堅決的行動，廣東海道副使徐如珂首先通知澳葡當局拆毀這道城牆，澳葡不聽。徐如珂即派中軍領兵進駐澳門，自己也隨軍前往，並命令軍隊拆毀城牆。不到兩天，城牆全部拆毀，澳葡不敢反抗。原城牆下的媽閣斜巷等街道，後人俗稱為“萬里長城”。

1614年（明萬曆四十二年），兩廣總督張鳴崗根據海道副使俞安性的建議，為便於對居澳葡人進行管理，將澳門葡萄牙人聚居地方編街道號碼，定立門籍，逐項登記。做法是在葡人居住的大街上樹高柵，掛榜書“畏威懷德”4字。又以《尚書•旅獒》篇中“明王慎德，四夷咸賓，無有遠邇，畢獻方物，服食器用”20字，分別作為門號，分為東10號、西10號，防止奸人進入；同時還禁止葡人在居留地內私藏武器、彈藥，並由在澳門的中國官員對當地房屋進行認真搜查。

1574年（明萬曆二年），明朝政府在澳門半島與內地相連的沙堤——蓮花莖的中段（今關閘馬路中段），設置關閘一事，史稱“莖半設閘”。此座中式城樓形式的關閘，位於澳門與內地之間的險要處，扼內地通往澳門的陸上咽喉。開始時每5日開啟一次，設官兵把守，成為限制民夷出入之要隘。後逐漸成了一個重要關卡，至清代則由幾日開啟一次變成日日開啟的“官關”。1673年（清康熙十二年）改為“關閘汛營”，由前山派兵駐守。至道光年間（1821～1850）林則徐任欽差大臣時，關閘更由重兵鎮守。後來，關閘變成了邊界，不僅限制洋人出入境，更禁止居澳葡萄牙人擅自越過關閘到前山打鳥。1849年的關閘事件中，關閘城樓首次被葡兵佔領，延至1870年（清同治九年），澳葡當局竟將關閘城樓拆毀，夷為平地。蓮花莖古關閘存世近300年，只餘關閘城樓刻着“關閘門”3個字的匾額，迄今仍鑲嵌在民政總署大樓入口大堂的牆上作為古關閘的唯一證物，也成為殖民擴張的歷史見證。

1580年（明萬曆八年），居澳葡萄牙人擅自選舉首席法官，並在當地實施葡萄牙法律。1582年新任兩廣總督陳端奉朝廷之命，前來查辦這一事件。陳瑞先傳令澳葡地方長官，即中日貿易船隊司令米蘭達（Aires Gonsalves de Miranda）和薩（D. Leonardo de Sá）主教，前往兩廣總督駐地肇慶。澳葡派出與中國官員關係密切的司法官本涅拉（Mattia Penella）和傳教士羅明堅（Michele Ruggieri）作為代表去與總督周旋。在參見陳瑞時表示，居澳葡人無論是過去還是現在總是中國皇帝的順民，並承認兩廣總督殿下是他們的保護者，懇請總督對他們加以扶助及慈愛。接着又把隨身帶去的一批天鵝絨、水晶鏡等總值超過1000金幣的厚禮送給陳瑞。於是陳瑞便吿訴他們可以在澳門繼續居留，但必須服從中國官員的管轄。

朱印船即指1592年（明萬曆二十年）至1639年（明崇禎十二年）間持有幕府將軍朱紅印執照、可以從事海外貿易的日本商船。1608年11月30日， 一艘日本“朱印船”的船員在澳門的碼頭上與葡萄牙人發生糾紛，接着，他們上岸尋釁，打傷了前來勸解的澳葡官員。澳葡中日貿易船隊司令佩索阿（André Pessoa）和憤怒的士兵、市民一起進行反擊，殺死、俘獲近百名日本船員。1609年秋，消息傳到日本，日本政府決定懲罰正在長崎進行貿易的佩索阿。他們調集軍隊於1610年1月3日對佩索阿的船隊發動圍攻。戰鬥持續四日，直到1月6日晚，最後，佩索阿點燃船上的火藥庫將自己連同價值上百萬的金銀和近3000擔生絲全部炸沉海底，事件遂告平息。

明朝官兵在廣東新會沿海撃退葡軍的一次戰役。1522年（明嘉靖元年），葡萄牙人別都盧率海艦5艘、部屬1000餘人入侵廣東新會西草灣，明備倭指揮柯榮、百戶王應恩等率軍反擊，擒其首領別都盧、疏世利等42人，斬首35人，繳獲葡船2艘，均按海賊罪處死。西草灣之役明軍獲全勝，葡人從此逐漸放棄武力攻華之野心。

17世紀初澳葡守軍擊敗荷蘭海軍進犯澳門的一場戰鬥。葡人來澳不久，荷蘭亦覬覦澳門。1601年（明萬曆二十九年），荷蘭數次向明政府提出借地通商的要求，均被拒絕。又於1601年和1604年兩次進攻澳門，均未成功。1622年（明天啟二年），荷蘭大舉侵澳，出動巴達維亞8艘戰艦，並聯合艦長苗活的4艘戰艦，配備巨炮60門，士兵1000人，由荷蘭提督賴啫臣（Kornelis Reyerszoon）統率，於6月10日出發，直奔澳門。6月21日，荷艦抵澳門海面。當時澳門守備力量僅50名火槍兵，100多名能執武器的土生葡人和三座配備不全的炮台。6月24日破曉，荷蘭軍艦猛轟嘉思欄炮台，炮台守軍全力回擊，當即擊毀一艘。賴啫臣即率800名精鋭部隊在劏狗環一帶登陸，葡軍憑藉新挖戰壕向荷軍反擊，賴啫臣腹部中彈返回，命盧芬（Hans Ruffijn）代他指揮。荷軍在盧芬上校的指揮下很快佔領龍環村、龍田村一線，被大龍泉、二龍泉匯合的坑水阻擋。葡方的伯多祿炮台發炮轟擊，命中荷軍火藥車，使荷軍死傷慘重。這時，澳葡中日貿易船隊司令薩門托（Lobo Sarmento de Carvalho）也親臨前線，並發出反攻命令，葡軍、市民、修道士及黑奴們一起出擊，特別是黑奴作戰勇敢，奮不顧身，當場擊斃盧芬，荷軍全面崩潰。是役，荷軍死136人，傷126人，其中11名校級軍官，死傷的日本人和印尼人也達數百人，還有一名上校及一批士兵被俘。葡方傷亡極輕。澳門葡軍獲得了完全的勝利。為了紀念這一空前大捷，澳葡當局將6月24日定為澳門城市日。

1564年（明嘉靖四十三年）4月，潮州柘林水兵因缺餉斷糧而嘩變，變兵隊伍在徐永泰等人率領下，聯絡其他一些武裝，進抵虎門附近的三門海，對兵力空虛的廣州構成嚴重威脅。為進一步打開中國大門，取悦於明朝政府，曾任濠鏡（澳門）葡萄牙人首領的佩雷拉（Diogo Pereira）派人前往廣州，向明將俞大猷表示，願意幫助明政府鎮壓兵變。獲得同意後，佩雷拉與中日貿易船隊司令德梅洛（Luiz de Mello）率領300名葡萄牙士兵參戰，分成兩隊，登上幾艘裝備有西式火炮的中國戰船，直駛三門海，以突然襲擊的戰術，很快擊敗叛兵。此役生擒變兵612人，斬首不計其數。

1644年（清順治元年），崇禎帝自盡，明王朝傾覆後，澳門葡萄牙人仍全力支持殘存的南明政權的抗清事業。1645年3月，耶穌會士畢方濟（François Sambias, 1582-1649）奉南明福王之命前往澳門求援，受到澳葡當局的隆重接待。由於福王政府旋即覆亡，畢方濟又向建立在福州的唐王政府表示忠誠，與信奉天主教的太監龐天壽一起去澳門購炮請兵。葡萄牙人予以積極的支持，給他們提供了一批大炮，還選派了300名士兵。唐王政府則同意將對面山下的一塊地方作為耶穌會士陸若漢的墓地，開始了葡人居留對面山的歷史。不久，唐王政府被清軍消滅，龐天壽就帶這支葡萄牙軍隊去投奔建在桂林的桂王政府。葡萄牙的軍事援助對於桂王政府的抗清起了很大的作用，多次擊退清軍，同時，耶穌會士也積極地在南明君主中傳播天主教，南明君主紛紛皈依天主，太后、皇后及太子均入教。1648年（南明永曆二年），久病的太子在受洗後恰好病愈，王太后還派龐天壽前往澳門，請求耶穌會的司鐸們舉行彌撒大祭。10月17日，龐天壽入澳，各炮台鳴炮致敬，修道士們列隊出迎。10月31日，聖保羅教堂為南明王室隆重地舉行彌撒，彌撒結束，澳門總督又設宴款待使者，還贈送火槍100支作為給桂王政府的禮物。桂王政府也因之答應永遠豁免每年500兩的地租銀，並豁免澳葡數年的船舶餉税。澳葡政府與南明政權一直保持着良好的關係，直至桂王政權的最後滅亡。

市舶提舉司，簡稱市舶司，是明朝管理海外貿易的機構。明朝政府擔心讓外國商船直接停泊在廣州，會對省會安全構成威脅。於是，在正德年間將市舶司的“泊口”（即外國船隻的停泊港口）由廣州移到電白縣。由於電白縣不是傳統的對外貿易港口，不利於中外貿易的正常往來，東南亞各國商人，於是集結於香山、東莞、新寧縣各澳，而聚於浪白澳者尤多。但浪白澳風高浪大，水土甚惡，難以久駐，而澳門則比較合適。廣東當局遂於1535年（嘉靖十四年）將市舶司泊口遷移至香山境內的濠鏡澳，澳門從此開埠。葡萄牙商人賄賂指揮黃慶（又作黃瓊），得以在澳門沿岸停泊船隻，進行貿易。

為確定澳門界址舉行的重要談判。1887年（清光緒十三年）的《中葡和好通商條約》訂明，澳門界址未劃定，要俟兩國派員妥為會訂，再行特立專約。1888年底，中葡政府曾舉行劃界談判，未有結果。1909年（清宣統元年），中葡於香港再次會談，中方代表為中法雲南交涉使高而謙，葡方代表為葡屬東非殖民地總督馬沙度。葡方提出將北山嶺、內港、對面山、氹仔、路環及大小橫琴島，總共326平方公里面積歸屬澳門的無理要求，引起廣東和中國內地各界人士的強烈反對。香山、廣州等地以及世界各國僑社均成立勘界維持會，怒斥澳葡侵略行徑。高而謙故意拖延，會談僵持數月。馬沙度提出將澳門問題提交海牙國際法庭裁處，遭清政府拒絕。香港會談於同年11月13日結束，後到北京會談，均無結果。辛亥革命後葡萄牙政府多次照會中國政府要求重開劃界談判，因葡方仍持原有立場，故未重開，澳門界址也一直未被劃定，懸而未決。

19世紀中葉澳葡藉機向清守軍報復並襲擊關閘的事件。1849年（清道光二十九年）的“關閘事件”，是關閘第二次遭受大規模進犯，且是遭受英、葡的水、陸夾攻。此次事件的引發，導火線是極力推行殖民擴張的澳督亞馬留（João Maria Ferreira do Amaral）被望廈龍田村民沈志亮等人刺殺。1849年8月22日，亞馬留被刺殺後，澳葡當局在英、美、法列強支持下，有恃無恐，藉此挑起事端，於8月28日早晨，由炮兵軍曹米士打基打率領100多名正規軍和20名志願軍，攜三門大炮，在快艇炮火支持下，對關閘發動進攻，戰事擴展到拱北北嶺，古關閘城樓被炮火轟毀。駐守關閘汛營的清軍兵力薄弱，由於援兵未到，面對來勢洶洶的葡兵，措手不及，不戰而退，關閘為葡兵佔據。在關閘事件中，葡兵1名重傷，清軍4人死亡，葡兵且將戰死的1名清兵的手臂和1名軍官首級砍下，作為戰利品，掛在竹竿上，帶返澳門，遊街示眾。經此一役，清軍退守前山寨。這是清王朝在澳門的主權地位受到嚴重挑戰的一次重大事件。

1839年9月3日（清道光十九年七月廿六日），欽差大臣林則徐偕同兩廣總督鄧廷楨，統領將備管帶弁兵巡閲澳門。當日，林則徐一行於早晨由前山整隊出發，入關閘，巡視澳門查禁鴉片。澳葡理事官率領4名軍官、100名士兵，在古關閘恭迎。林則徐一行，駐蓮峰廟正殿，接見澳葡理事官，向理事官申明禁令，諭以安分守法，不許囤貯鴉片，不許徇庇奸夷。接見後，林則徐賞給澳葡官員色綾、折扇、茶葉、冰糖等中華特產，賞給士兵牛、羊、酒、麵及銀元400元。接着，林則徐在蓮峰廟向天后、關帝神殿進香後，一行從三巴門進入澳門城區，經大三巴牌坊、關前街、醫院街、水坑尾、南灣、紅窗門，至媽閣廟向天后進香，巡視了澳門主要街道。沿途督率隨員抽查洋樓、民房，見租賃給不法英商的房屋已經關閉，各座洋樓沒有煙土貯藏。巡視途中，居澳華民搭蓋牌樓，扶老攜幼，夾道歡呼。三巴、南灣、媽閣等澳葡炮台鳴炮十九響，以最高禮遇隆重歡迎。當天中午，在澳葡官員護送下，林則徐一行離開澳門，返回前山、石岐。林則徐巡澳前已派員往澳門查戶口、銷鴉片，從澳門搜集外文資料編印成《澳門新聞紙》，這是中國近代史上最早的譯報和類似的參考消息。林則徐巡澳雖只3個時辰（6小時），但影響甚大，再次顯示中國政府對澳門享有主權。1989年為紀念林則徐巡閲澳門150周年，當年12月初在澳門舉行慶祝大會和“林則徐與澳門”學術研討會，蓮峰廟值理會在廟前豎立林則徐紀念雕像，並於1997年在雕像旁建成林則徐紀念館。

1913年，孫中山領導的“討袁之役”失敗後，不少同盟會員、會黨領袖避居澳門，曾任瓊崖安撫使、老同盟會員、著名會黨領袖黃明堂也在其中。廣東都督龍濟光恨黃明堂不為己用，遂拉攏澳葡當局，對其加以迫害。1914年，龍濟光派遣的密探偵知黃明堂在澳門住址，即誣其為匪首，帶領葡萄牙警察將其逮捕，還企圖引渡回粵，加以殺害。幸孫中山及時獲悉，多方設法營救，使澳葡當局未便引渡。1916年夏，黃明堂被囚禁一年多後，始獲釋放。

特大颱風災害，1874年（清同治十三年）9月22日夜，一次罕見的特大颱風橫掃了澳門地區。港灣內大小船隻紛紛沉沒，岸上的房屋成片倒塌，花王堂受電擊起火，火光衝天，燒毁大量的房屋。據事後統計，在這場重大劫難中，澳門約有5000人死亡，2000艘漁船、貨船沉沒，還有包括花王堂在內的大批建築被摧毁，損失共達200萬元。因這一年是甲戌年，史稱“甲戌風災”。後來，澳葡當局為紀念這一重大自然災難的死難者，定9月22日為“天災節”。

辛亥革命期間一次較有影響的起義行動。澳門同盟會成立後，就全力以赴準備策動香山起義，新任主盟人林君復與莫紀彭、何振、鄭仲超等負責策動駐在前山的新軍，鄭彼岸等負責策動駐在香山縣城的防營、團練。駐守前山的新軍約有2000餘人，他們參加過1910年的廣州起義，軍官中很多人有革命思想，其中營長任鶴年尤為激進。澳門同盟會員利用同學關係與任鶴年等人聯絡，很快控制了這支軍隊。香山縣城駐有副將馬德新率領的防營，鄭雨初、黃龍彰率領的團練，王作標率領的縣署親兵。經澳門同盟會員的活動，鄭雨初、黃龍彰、王作標先後入會，從而使同盟會又控制了團練和縣署親兵。他們還派人聯絡各鄉村志士和綠林，約好一起起事。起義的籌餉工作由同盟會澳門支部機關負責人林警魂擔任，他從港澳商人、海外僑胞中募集了部份活動費用，其中澳門富家子弟、同盟會會員提供了相當的經費。經過周密準備，1911年11月2日，香山起義在香山縣（今中山市）小欖爆發。11月5日，前山的新軍與縣城的團勇親兵同時起義，並於當天光復香山縣城。隨後，以前山新軍為主體的香山起義軍改編為“香軍”，進駐廣州西關。不久，香軍編入廣東北伐軍，進抵江蘇前線。同時，不少澳門女同盟會員，如許劍魂、陳秉卿、梁國體、嚴淑姬、梁荃芳、梁雪君等，也參加廣東女子北伐附隊，經南京一直進抵徐州前線。

英國人司各脱因殺人被清朝地方政府處決一案。1772年（清乾隆三十七年）12月14日，在商船上當舵工的英國人司各脱（Francis Scott），與由他僱請來澳門工作的華人劉亞米鬥毆，劉亞米被司各脱用刀砍傷致死。澳葡當局逮捕、審訊司各脱後，由於他拒不認罪，即認為他無罪，並拒絕把司各脱依法送往香山縣丞衙署受審。廣東當局遂關閉關閘，停止對澳門的糧食供應，澳葡當局被迫交出罪犯。中國官員對司各脱進行審訊，司各脱起初繼續抵賴，後因有人出庭作證，才供認不諱。經廣東大吏覆核，司各脱罪行確鑿。1773年2月23日，廣州知府到澳門與澳葡當局一起處死了司各脱，結束了這一場衝突。居澳的各國人士包括葡人，都進一步認清了當時葡萄牙在澳門的地位，澳門的真正長官，是駐紮澳門的香山縣丞。

見查封阿巴羅修道院。

繼西、葡、荷之後，英國成為最強盛的殖民國家。雖然葡、英間早於1661年訂有《梅吐英條約》，但這並未能避免這兩個盟國在歐洲以外的競爭、衝突。英國以履行條約之名，藉口幫助葡人守衛澳門，行圖佔之實。自1600年英國東印度公司成立之後，對葡萄牙人租佔下的澳門覬覦不斷。據統計，從1623年至1840年間曾發生10餘起英人圖佔澳門事件。其中以1808年事件最為嚴重。1807“半島戰爭”中，法軍破里斯本，葡萄牙本土淪陷，王室出逃巴西避難。1808年8月，英印總督援引兩國間的攻守盟約，要求澳督同意英軍進駐澳門，以防法軍的可能進攻。此議遭澳門當時總督花利亞（Bernardo Aleixo de Lemose Faria）拒絕後，英軍強行登陸並佔據砲台多座。