見查封阿巴羅修道院。

18世紀60年代， 葡萄牙本土在著名政治家龐巴爾（Marques Pombal）侯爵領導下進行了一場改革，其中一項很重要的措施就是取締耶穌會。1762年（清乾隆二十七年），澳葡當局根據葡萄牙的命令，也鎮壓澳門的耶穌會。耶穌會擁有的一切財產，包括聖保祿教堂，都被沒收，聖保祿神學院和聖約瑟修院也被封閉，學員均被驅散，聖保祿神學院圖書館在近兩個世紀內大量收藏的珍貴圖書，全部被賤賣。24名耶穌會士被押送里斯本，關在聖朱利安堡壘。

兩個華人被葡萄牙士兵殺害一案。1748年（清乾隆十三年）6月某日晚，華人李廷富、簡亞二在澳門街上遊逛，被巡夜的葡萄牙士兵亞嗎嚧、安哆呢當作嫌疑犯加以拘捕。在押解途中，李、簡二人企圖逃跑，亞嗎嚧等竟將他們毒打致死。第二天，香山縣丞獲悉此事，便與澳葡當局交涉。而清楚該案詳情的澳督梅內澤斯（António José Teles de Meneses）卻將兩位死者的屍體扔入大海，並否認見過這兩個中國人，但有位知情的土生葡人佛朗哥（Franco）向中國官府告發了罪犯，海防同知張汝霖等便再次要求澳葡當局交出被害人屍體與兇犯。梅內澤斯不僅拒絕交屍、交犯，甚至拒絕中國官員審訊兇犯。於是，廣東大吏下令封閉關閘，停止對澳門的糧食供應，並命令中國居民離開澳門。在這種形勢下，梅內澤斯仍增兵修城，準備頑抗。梅內澤斯以應付突然事變為藉口，立即將兩名兇犯流放帝汶島。兇犯離澳後，澳葡官員只好以重賄來求平息這一事件。張汝霖因罪犯已經離澳，又收受賄賂，便向廣東巡撫岳浚謊報李廷富、簡亞二夜入亞嗎嚧、安哆呢之家而被殺死、棄屍，據葡萄牙法律，可判流放。這一案件就這樣草草了結，關閉20餘天的關閘又重新開放。

1743年（清乾隆八年）12月3日，澳門華商陳輝千酒醉後在路上與葡人晏些嚧發生爭吵、鬥毆，後被晏用快刀戳傷致死。兇犯審訊招供後，澳葡當局自行收管。香山縣令王之正根據過去案例，即洋人犯罪如與華人有關，即由駐澳中國官員處理的規定，要求澳葡當局交出兇犯。澳葡當局一再拒絕，並聲稱近百年來犯罪的葡人俱在澳門懲治，如將兇犯交給中國政府，則違反了葡萄牙政府下達的禁令，又懇請中國官府允准他們仍在澳門處置這一案件。兩廣總督策楞經過會商後，決定同意葡萄牙人的要求，在司法上給予一些特殊照顧。通知澳葡當局，應當按照《大清律例》將兇犯絞死，並派廣州知府、香山縣令等會同澳葡當局在澳門執行。這一案件的處理改變了歷代在澳門“化外人有犯，並依律問斷”的法令，而變為“澳夷”殺害中國居民，“罪應斬絞者”，由中國地方官員在澳門會同澳葡官員將兇犯依法處決。後又在1774年乾隆敕令中得到明文規定，列入清朝律例。

又稱為查封唐人廟事件。阿巴羅修道院（Seminário do Santo Amparo）由耶穌會士通過中國信徒募捐而建成，為一個包括一教堂、一華人望教之家及兩所神學院的綜合體。始建於1679年（清康熙十八年），重建、擴建於1719年，專用於向中國居民傳教和培養中國籍的神職人員， 故又稱為“唐人廟”或“進教寺”。由於此時清政府在內地對天主教進行查禁，傳教士大多被逐往澳門。因此，在澳門中國人人教的人數甚多，還有一部份內地居民專門趕到澳門入教或做禮拜。對於這種違禁活動，廣東官府分別採取了一些措施，禁止中國人來澳入教。香山縣令張汝霖在廣東督撫的允准下，於1747年（清乾隆十二年）3月委派香山司巡檢顧麟會同香山縣丞顧嵩前去查封這座唐人廟。3月20日，張汝霖親自來澳門查封了阿巴羅修道院。澳門主教伊拉利奧（Hilario de Santa Rosa）和耶穌會士試圖煽動澳門議事局進行抗拒，還聲稱如中國政府要封閉教堂，便是“滅教”，他們寧可回國。張汝霖回答是：你們願意遵守中國法令，則呈請封寺；不願遵守中國法令，則可呈請回國。最後，葡萄牙人只好讓步。

澳葡官員對清政府駐澳機構進行挑釁事件。1747年（清乾隆十二年），粵海關澳門關部行台修建了新的海關柵欄。新上任的澳葡總督梅內澤斯（Antonio José Teles de Meneses，《澳門記略》等中國史籍譯為“若些”）是一個蠻不講理的殖民主義者，他派出一批黑奴，將中國海關官員為關部行台修建一新的柵欄全部推倒。清駐澳官員十分憤怒，要求澳葡當局予以重建。梅內澤斯不顧澳葡議事公局的勸諫，不但不同意重建，還揚言與中國軍隊進行較量。駐澳官員準備稟報兩廣總督，以便採取制裁措施。澳葡議事公局深知後果嚴重，不顧梅內澤斯阻撓，多次向駐澳中國官員道歉，還贈送貴重禮物，並以堅固材料為關部行台重建柵欄。至此，這一事件得以基本平息。

1744年（清乾隆九年），第一任澳門同知印光任走馬上任後，針對過去香山縣官府對澳門管轄不嚴的狀況，制定7條治澳的措施，以加強對澳葡的管理和對洋船進出港口的控制。其主要內容可歸納為4個方面：①加強稽查途經澳門、出入珠江的外國商船；②加強對在澳門的中國商販、工匠的管理；③加強對在澳葡萄牙人的管理；④協調附近駐軍對澳門地區的巡防。此後，他還制訂了有關禁止在澳的中外人販賣人口的詳細條例；對犯罪的葡人應如何審判、處刑的條例；重申了清政府禁止華人入教的禁令，並採取了查捕來澳入教、禮拜的華人，限令在澳的中國教民於一年內“首報回籍”等措施。

清初對在澳葡萄牙船隻數量作出的限定。1724年（清雍正二年），孔毓詢任兩廣總督，他通過對澳門的炮台進行海道巡查後，感到對澳門的防範已很嚴密，但對葡萄牙人的海外貿易則沒有控制。因此，他向朝廷建議：限定澳門葡船數額為25艘，並對各船進行登記，編列字號，刊刻印烙，注明船長、商人、舵工、水手等姓名，百年內不予變更，如有違反，以“通賊之例”治罪。這一奏請，於1725年獲得了雍正帝的允准。於是，澳門的25艘葡萄牙商船都用“香”字編號，船名、船主等都經中國官府註冊在案。在出入澳門時均須依法逐一驗明，查驗結果由守口官弁“申報督撫存案”。這一措施使清政府對澳門的管治有所加強，也有利於澳門的進一步復興。

1724年（清雍正二年），滿清政府大規模驅逐西洋傳教士，澳葡政府擔心清廷會進而收回澳門，就上書請求葡萄牙國王若奧五世遣使來華。1727年，葡國使臣麥德樂（Alexandre Metelo de Sousae Menezes）經澳門抵達北京，朝覲雍正皇帝，行三跪九叩禮，呈獻大量禮物，並懇請清政府保護在澳門和中國內地的葡人。雍正允准了這一請求，同意葡人繼續居留澳門，並在麥德樂返澳時，給予了特別的優待。這次出使費用浩大，在澳葡萄牙人共拿出了3萬両銀子，其中澳葡當局承擔了2.5萬両。

1574年（明萬曆二年），明朝政府在澳門半島與內地相連的沙堤——蓮花莖的中段（今關閘馬路中段），設置關閘一事，史稱“莖半設閘”。此座中式城樓形式的關閘，位於澳門與內地之間的險要處，扼內地通往澳門的陸上咽喉。開始時每5日開啟一次，設官兵把守，成為限制民夷出入之要隘。後逐漸成了一個重要關卡，至清代則由幾日開啟一次變成日日開啟的“官關”。1673年（清康熙十二年）改為“關閘汛營”，由前山派兵駐守。至道光年間（1821～1850）林則徐任欽差大臣時，關閘更由重兵鎮守。後來，關閘變成了邊界，不僅限制洋人出入境，更禁止居澳葡萄牙人擅自越過關閘到前山打鳥。1849年的關閘事件中，關閘城樓首次被葡兵佔領，延至1870年（清同治九年），澳葡當局竟將關閘城樓拆毀，夷為平地。蓮花莖古關閘存世近300年，只餘關閘城樓刻着“關閘門”3個字的匾額，迄今仍鑲嵌在民政總署大樓入口大堂的牆上作為古關閘的唯一證物，也成為殖民擴張的歷史見證。

1661年（清順治十八年），清政府為消滅台灣鄭成功率領的抗清武裝，決定實行海禁，封鎖台灣，並頒佈遷海令，將粵、閩、浙等沿海地區居民遷入內地30里或50里。澳門亦在內遷之列。1662年，澳葡當局接到夷平各個炮台，以免被鄭成功佔據的命令。後因順治皇帝身邊的傳教士湯若望、龐迪我等人請願斡旋，一再申稱“澳門有功於國”，並表示葡萄牙人自己能夠對付“海盜”，才使清政府收回成命，並將香山縣遷海之界線就劃在前山寨、北山、閘口一帶，澳門半島始獲免遷。由於實行海禁，澳門反而受益，得以對外開放，繼續對外貿易，成為中國保持對外貿易聯繫的一個主要港口。

1644年（清順治元年），崇禎帝自盡，明王朝傾覆後，澳門葡萄牙人仍全力支持殘存的南明政權的抗清事業。1645年3月，耶穌會士畢方濟（François Sambias, 1582-1649）奉南明福王之命前往澳門求援，受到澳葡當局的隆重接待。由於福王政府旋即覆亡，畢方濟又向建立在福州的唐王政府表示忠誠，與信奉天主教的太監龐天壽一起去澳門購炮請兵。葡萄牙人予以積極的支持，給他們提供了一批大炮，還選派了300名士兵。唐王政府則同意將對面山下的一塊地方作為耶穌會士陸若漢的墓地，開始了葡人居留對面山的歷史。不久，唐王政府被清軍消滅，龐天壽就帶這支葡萄牙軍隊去投奔建在桂林的桂王政府。葡萄牙的軍事援助對於桂王政府的抗清起了很大的作用，多次擊退清軍，同時，耶穌會士也積極地在南明君主中傳播天主教，南明君主紛紛皈依天主，太后、皇后及太子均入教。1648年（南明永曆二年），久病的太子在受洗後恰好病愈，王太后還派龐天壽前往澳門，請求耶穌會的司鐸們舉行彌撒大祭。10月17日，龐天壽入澳，各炮台鳴炮致敬，修道士們列隊出迎。10月31日，聖保羅教堂為南明王室隆重地舉行彌撒，彌撒結束，澳門總督又設宴款待使者，還贈送火槍100支作為給桂王政府的禮物。桂王政府也因之答應永遠豁免每年500兩的地租銀，並豁免澳葡數年的船舶餉税。澳葡政府與南明政權一直保持着良好的關係，直至桂王政權的最後滅亡。

澳葡總督越權取締議事會的事件。1709年（清康熙四十八年），葡萄牙國王頒佈法令，規定澳門行政權與財政權歸議事會，總督不得干涉，也不得召集市議員開會。1710年，澳門總督戴冰玉（Diogo de Pinho Teixeira）無視國王法令，干涉議事會的選舉。市議員抗議他的非法行為，而戴冰玉卻派兵逮捕議員，迫使議員逃進耶穌會的神學院避難；戴冰玉又召集市民非法選出新的議事會，使澳門出現了兩個議事會。新選出的議員和一些市民也紛紛避入神學院。戴冰玉派兵包圍神學院，並動用戰船火炮轟擊神學院大門。澳門主教出面調停，事態才稍有和緩。6月29日，議事會召開大會，戴冰玉又率兵鎮壓，遭到市民的回擊。他即命令大炮台向議事亭開炮，炸死1人，炸傷多人。澳門主教急忙派神父帶着“聖體”趕到大炮台，迫使戴冰玉下跪祈禱，制止了一場大規模的流血衝突。不久，葡印總督召回戴冰玉，已被迫簽署投降書的市議員才走出神學院，重新行使職權。

明朝政權傾覆後，特別是南明福王政權瓦解後，大批漢民族志士不願做滿清異族王朝的順民，寧願遠離家鄉，飄流海外，澳門就是他們出亡海外的孔道之一。從1645年（清順治二年）起，漢族人民入居澳門形成高潮。這一年，澳門人口4萬餘人中漢人約佔4萬人，其中大多數都在此候船出洋。1665年（清康熙四年）底，約有3000名漢人，內有750名乘坐7艘葡萄牙船經印尼到印度。至於漂流到東南亞及南洋者更無法計算。另外還有一批漢民族的愛國志士也在這一時期旅居澳門，如屈大均、陳恭尹、張穆、何絳、陶潢等。用袈裟、禪杖來作偽裝的大法和尚，亦於此時將望廈觀音堂擴建為規模更大的普濟禪院，作為志士聚義之地。

18世紀80年代葡萄牙王室強化對澳門直接管治權的行為。1784年（清乾隆四十九年），澳葡當局根據葡萄牙殖民大臣卡斯特羅（Martinho do Melo e Castro）的指令（即王室制誥），在澳門進行了一場“政治改革”。主要內容包括：首先是加強總督的權力，總督不僅是作為澳門的軍事首領，而且可以干預當地的日常政務，否決議事局的一切提案，成為澳門的最高首長；其次是解散過去的市政衛隊，組成一支由100名火槍兵和50名炮兵組成的印度兵衛隊，增強澳門的警衛力量；再次是確立由總督和王家法官審計國庫收支，取消議事局代營的制度。

1840年（清道光二十年）8月19日，英軍對澳門地區的中國駐軍發動進攻，他們進攻的目標是控制葡萄牙出入的關閘。中午，英軍3艘軍艦和運輸船逼近蓮花莖，向關閘和關閘附近的炮台猛烈開火。守衛關閘內外的軍隊除有近幾個月內進駐的1300人外，還有臨時趕來增援的督標參將波啟善、署肇慶協副將多隆武、署撫標守備程步韓等率領的兩標官兵及升任南澳鎮總兵暫留香山協的惠昌耀指揮的水師，水陸官兵共達2000人左右。面對英軍的攻擊，中國駐軍一齊出動。新授廣東高廉道台暫駐澳門的易中孚率兵從澳門一帶北進，多隆武、波啟善等率兵自北山一帶南進。惠昌耀的水師駛抵青洲海面，隔着蓮花莖向英船開炮。雙方展開激戰，葡萄牙人按兵不動，以示中立。由於英軍在武器技術方面明顯佔有優勢，經過約1小時戰鬥，英軍擊毀關閘的界牆及附近的炮台，擊敗中國軍隊，參將波啟善、守備陳宏光等負傷。接着，300名英印士兵登上蓮花莖，佔領關閘，並升起了英國國旗，還用關閘上的大炮轟擊望廈等處的中國官兵。最後，他們搬走架設在關閘等處的20餘門大炮，堵塞其餘大炮的火門，放火燒毀中國軍隊的棚房，才登船撤離。關閘之役以中國軍隊的失敗而告終。

為確定澳門界址舉行的重要談判。1887年（清光緒十三年）的《中葡和好通商條約》訂明，澳門界址未劃定，要俟兩國派員妥為會訂，再行特立專約。1888年底，中葡政府曾舉行劃界談判，未有結果。1909年（清宣統元年），中葡於香港再次會談，中方代表為中法雲南交涉使高而謙，葡方代表為葡屬東非殖民地總督馬沙度。葡方提出將北山嶺、內港、對面山、氹仔、路環及大小橫琴島，總共326平方公里面積歸屬澳門的無理要求，引起廣東和中國內地各界人士的強烈反對。香山、廣州等地以及世界各國僑社均成立勘界維持會，怒斥澳葡侵略行徑。高而謙故意拖延，會談僵持數月。馬沙度提出將澳門問題提交海牙國際法庭裁處，遭清政府拒絕。香港會談於同年11月13日結束，後到北京會談，均無結果。辛亥革命後葡萄牙政府多次照會中國政府要求重開劃界談判，因葡方仍持原有立場，故未重開，澳門界址也一直未被劃定，懸而未決。

1821年（清道光元年），在歐美大陸資產階級革命運動的推動下，葡萄牙的資產階級民主革命運動進入高潮。由公民選舉產生的葡萄牙議會制定了君主立憲的憲法，下達了取消一切封建權利和義務的命令，在葡萄牙民主運動的影響下，澳門的葡萄牙人分成了敵對的兩派：一是以土著葡萄牙人為主體，有着強烈變革要求的立憲派，其首領為巴波沙（Paulino da Silva Barbosa）少校；一是以葡萄牙貴族官員為主體，力圖維護原有特權的保守派，其首領是地方長官亞利鴉架（Miguel Arriaga）。立憲派先是開展請願活動，抗議議事局無視市民的要求，提出恢復原來的議事局政體，免除澳門對果阿、帝汶的財政補貼，任用澳門土生葡萄牙人在當地文職機構及軍隊任職等一系列請求。澳葡當局被迫於1822年2月16日召集市民在市政廳舉行忠於憲法的宣誓。但他們對民眾所要求的改革並不準備實行。在這種形勢下，立憲派與澳葡當局，特別與保守派首領矛盾越來越尖鋭，並不時採取激烈行動，使亞利鴉架的人身安全受到很大的威脅。1822年8月中旬，澳門民主運動爆發。市民若瑟在8月17日議事局開會時，提交了一份由83位市民聯名的抗議書。這份抗議書指控亞利鴉架慫恿中國官員干預澳門事務，以維持自己的地位。亞利鴉架自知受到市民的普遍敵視，表示願意辭職。市議員向市民們宣佈了他辭職的消息，並表示準備進行一次新的選舉。8月19日，市民們舉行選舉大會。會上，立憲派與保守派發生尖鋭的衝突。保守派頭目卡瓦爾坎蒂（Cavalcanti）宣稱，這一會議沒有確定新政體的權力。與會的市民都被激怒，當即將他從窗口扔到街頭。這時，巴波沙登台演説，指出人民希望建立的是與憲法完全符合的政體。會議最後決定，重新恢復1784年（清乾隆四十九年）前的政體，授予新選出的議事局不受總督及地方長官控制的立法權、行政權和司法權。總督只能掌管軍事。亞利鴉架則被剝奪一切職務。9月12日，巴波沙又創辦了澳門有史以來的第一張報紙－《蜜蜂華報》。該報宗旨鼓吹立憲派各項主張，成為新政權的喉舌。澳門資產階級立憲派領導的民主運動進入高潮。被罷免的亞利鴉架並不甘心失敗，煽動總督阿爾布克爾克（Afonso de Albuquerque）發動政變。但很快被立憲派擊敗。1823年，葡印總督派“薩拉曼特拉”號巡洋艦運載一批士兵駛往澳門，旨在恢復舊政權，鎮壓澳門民主運動。由於中國政府的干涉，他們未敢輕舉妄動。9月23日凌晨，士兵在澳門偷偷登陸，沒有遇到任何抵抗，就進抵市政廳前的廣場，並逮捕了立憲派領袖巴波沙。隨後，保守派組織了政府委員會，來攝理總督職權，並將亞利鴉架官復原職。接着，他們大肆鎮壓立憲派，查封《蜜蜂華報》。與此同時，葡萄牙王子米格爾（Dom Miguel）也在本國發動政變，解散議會，廢除憲法，恢復其父若奧六世專制君主的權力。澳門保守派狂熱地歡呼這一場政變，他們宣誓效忠於君主專制政體，舉行了盛大的慶典和宴會。澳門民主運動遂因此而夭折。

19世紀中葉澳葡藉機向清守軍報復並襲擊關閘的事件。1849年（清道光二十九年）的“關閘事件”，是關閘第二次遭受大規模進犯，且是遭受英、葡的水、陸夾攻。此次事件的引發，導火線是極力推行殖民擴張的澳督亞馬留（João Maria Ferreira do Amaral）被望廈龍田村民沈志亮等人刺殺。1849年8月22日，亞馬留被刺殺後，澳葡當局在英、美、法列強支持下，有恃無恐，藉此挑起事端，於8月28日早晨，由炮兵軍曹米士打基打率領100多名正規軍和20名志願軍，攜三門大炮，在快艇炮火支持下，對關閘發動進攻，戰事擴展到拱北北嶺，古關閘城樓被炮火轟毀。駐守關閘汛營的清軍兵力薄弱，由於援兵未到，面對來勢洶洶的葡兵，措手不及，不戰而退，關閘為葡兵佔據。在關閘事件中，葡兵1名重傷，清軍4人死亡，葡兵且將戰死的1名清兵的手臂和1名軍官首級砍下，作為戰利品，掛在竹竿上，帶返澳門，遊街示眾。經此一役，清軍退守前山寨。這是清王朝在澳門的主權地位受到嚴重挑戰的一次重大事件。

1926年11月7日由澳門港口工程主任罅些喇倡辦，澳門政府主辦。目的是借此推動澳門工商業的發展。展覽會為期3個月，設陳列所60多個，展出澳門各種貨物596種。展覽會還備有各種娛樂設施，入場觀眾達29萬人次，成為澳門工商發展史上一大盛會。

1850年（道光三十年），葡萄牙力圖仿效英國侵略者，以武力來迫使清政府承認澳門為葡萄牙的殖民地。特任海軍上校官也，即庫尼亞（Pedro Alexandrino da Cunha）為澳門總督，派遣巡洋艦“瑪麗亞二世”（D. Maria II）號及2艘海防艦前往澳門，加強軍事力量。10月29日，為了慶祝葡萄牙女王的誕辰，裝飾華麗的“瑪麗亞二世”號巡洋艦鳴放禮炮，意外發生爆炸，艦船炸毀沉沒，炸死船長及船員191人，還炸死約40名在船上觀禮的中國人。這一突發事件，使澳葡當局的殖民擴張計劃和野心遭到打擊。

1913年，孫中山領導的“討袁之役”失敗後，不少同盟會員、會黨領袖避居澳門，曾任瓊崖安撫使、老同盟會員、著名會黨領袖黃明堂也在其中。廣東都督龍濟光恨黃明堂不為己用，遂拉攏澳葡當局，對其加以迫害。1914年，龍濟光派遣的密探偵知黃明堂在澳門住址，即誣其為匪首，帶領葡萄牙警察將其逮捕，還企圖引渡回粵，加以殺害。幸孫中山及時獲悉，多方設法營救，使澳葡當局未便引渡。1916年夏，黃明堂被囚禁一年多後，始獲釋放。

1839年9月3日（清道光十九年七月廿六日），欽差大臣林則徐偕同兩廣總督鄧廷楨，統領將備管帶弁兵巡閲澳門。當日，林則徐一行於早晨由前山整隊出發，入關閘，巡視澳門查禁鴉片。澳葡理事官率領4名軍官、100名士兵，在古關閘恭迎。林則徐一行，駐蓮峰廟正殿，接見澳葡理事官，向理事官申明禁令，諭以安分守法，不許囤貯鴉片，不許徇庇奸夷。接見後，林則徐賞給澳葡官員色綾、折扇、茶葉、冰糖等中華特產，賞給士兵牛、羊、酒、麵及銀元400元。接着，林則徐在蓮峰廟向天后、關帝神殿進香後，一行從三巴門進入澳門城區，經大三巴牌坊、關前街、醫院街、水坑尾、南灣、紅窗門，至媽閣廟向天后進香，巡視了澳門主要街道。沿途督率隨員抽查洋樓、民房，見租賃給不法英商的房屋已經關閉，各座洋樓沒有煙土貯藏。巡視途中，居澳華民搭蓋牌樓，扶老攜幼，夾道歡呼。三巴、南灣、媽閣等澳葡炮台鳴炮十九響，以最高禮遇隆重歡迎。當天中午，在澳葡官員護送下，林則徐一行離開澳門，返回前山、石岐。林則徐巡澳前已派員往澳門查戶口、銷鴉片，從澳門搜集外文資料編印成《澳門新聞紙》，這是中國近代史上最早的譯報和類似的參考消息。林則徐巡澳雖只3個時辰（6小時），但影響甚大，再次顯示中國政府對澳門享有主權。1989年為紀念林則徐巡閲澳門150周年，當年12月初在澳門舉行慶祝大會和“林則徐與澳門”學術研討會，蓮峰廟值理會在廟前豎立林則徐紀念雕像，並於1997年在雕像旁建成林則徐紀念館。