1999年起，特區政府積極推動科研發展，先後出台多個法律法規及成立相關機構，如制定《科學技術綱要法》、設立科技委員會、成立科學技術發展基金等，逐步規範及凝聚本澳科研領域力量，科研氛圍漸見活躍。

回顧澳門科創發展的歷程，基金會扮演了“孵化器”的關鍵角色，促成一批科技機構的成立，例如澳門生產力暨科技轉移中心、澳門電腦與系統工程研究所、澳門發展及質量研究所、澳門科學館股份有限公司等，這些機構皆成為推動本澳產業多元化的重要動力。

1988年，聯合國大學從新加坡、香港和澳門當中，選定澳門作為其軟件技術研究所的駐地，為發展中國家和地區開發所需的資訊技術和培養相關人才；1991年，聯合國大學國際軟件技術研究所(2015年易名為“聯合國大學駐澳門研究所”)正式在澳門設立(下稱：研究所)。基金會不但參與了研究所落戶澳門的全過程，亦成為代表澳門地區執行有關協定的機構，並於早期為與澳門有關的研究和應用項目提供資助或展開合作。

科技發展離不開人才，更多科研領域人才匯聚於此，能助力本地科研更上一層樓，研究所與本地及外地高等院校合作，舉辦培訓課程、大學生實習計劃、合作開展研究項目等，透過發展跨學科項目，推動在科技、創新和可持續發展領域中的政策和實踐研究，歷年來作為軟件技術人才的培訓基地，此外，研究所近年舉辦人工智能、數字技術等主題的大型學術活動，創設平台促進國內外專家學者與業界集思廣益，探討澳門可持續發展前景，成為澳門連繫國際的橋樑。