18世紀60年代， 葡萄牙本土在著名政治家龐巴爾（Marques Pombal）侯爵領導下進行了一場改革，其中一項很重要的措施就是取締耶穌會。1762年（清乾隆二十七年），澳葡當局根據葡萄牙的命令，也鎮壓澳門的耶穌會。耶穌會擁有的一切財產，包括聖保祿教堂，都被沒收，聖保祿神學院和聖約瑟修院也被封閉，學員均被驅散，聖保祿神學院圖書館在近兩個世紀內大量收藏的珍貴圖書，全部被賤賣。24名耶穌會士被押送里斯本，關在聖朱利安堡壘。

兩個華人被葡萄牙士兵殺害一案。1748年（清乾隆十三年）6月某日晚，華人李廷富、簡亞二在澳門街上遊逛，被巡夜的葡萄牙士兵亞嗎嚧、安哆呢當作嫌疑犯加以拘捕。在押解途中，李、簡二人企圖逃跑，亞嗎嚧等竟將他們毒打致死。第二天，香山縣丞獲悉此事，便與澳葡當局交涉。而清楚該案詳情的澳督梅內澤斯（António José Teles de Meneses）卻將兩位死者的屍體扔入大海，並否認見過這兩個中國人，但有位知情的土生葡人佛朗哥（Franco）向中國官府告發了罪犯，海防同知張汝霖等便再次要求澳葡當局交出被害人屍體與兇犯。梅內澤斯不僅拒絕交屍、交犯，甚至拒絕中國官員審訊兇犯。於是，廣東大吏下令封閉關閘，停止對澳門的糧食供應，並命令中國居民離開澳門。在這種形勢下，梅內澤斯仍增兵修城，準備頑抗。梅內澤斯以應付突然事變為藉口，立即將兩名兇犯流放帝汶島。兇犯離澳後，澳葡官員只好以重賄來求平息這一事件。張汝霖因罪犯已經離澳，又收受賄賂，便向廣東巡撫岳浚謊報李廷富、簡亞二夜入亞嗎嚧、安哆呢之家而被殺死、棄屍，據葡萄牙法律，可判流放。這一案件就這樣草草了結，關閉20餘天的關閘又重新開放。

1611年（明萬曆三十九年），由9艘戰船組成的葡萄牙護航艦隊抵達澳門，中國官府要這支船隊照章交納船税。指揮這支艦隊的梅內澤斯（Dom Diogo de Vasconcelos de Menezes）卻以這些船隻為王家兵船為由，拒絕納税，並威脅中國官吏，必要時將以武力對抗。廣東官府下令封澳，斷絕對澳門的糧食供應，引起了當地葡萄牙人對梅內澤斯的不滿，他們抓住幾個船長，強迫船長向中國官府交税。梅內澤斯等繼續抗拒，市民集結到議事亭，要議事局出面解決。最後，由議事局為艦隊代交了4870兩銀子的船税才使風波平息。

又稱為查封唐人廟事件。阿巴羅修道院（Seminário do Santo Amparo）由耶穌會士通過中國信徒募捐而建成，為一個包括一教堂、一華人望教之家及兩所神學院的綜合體。始建於1679年（清康熙十八年），重建、擴建於1719年，專用於向中國居民傳教和培養中國籍的神職人員， 故又稱為“唐人廟”或“進教寺”。由於此時清政府在內地對天主教進行查禁，傳教士大多被逐往澳門。因此，在澳門中國人人教的人數甚多，還有一部份內地居民專門趕到澳門入教或做禮拜。對於這種違禁活動，廣東官府分別採取了一些措施，禁止中國人來澳入教。香山縣令張汝霖在廣東督撫的允准下，於1747年（清乾隆十二年）3月委派香山司巡檢顧麟會同香山縣丞顧嵩前去查封這座唐人廟。3月20日，張汝霖親自來澳門查封了阿巴羅修道院。澳門主教伊拉利奧（Hilario de Santa Rosa）和耶穌會士試圖煽動澳門議事局進行抗拒，還聲稱如中國政府要封閉教堂，便是“滅教”，他們寧可回國。張汝霖回答是：你們願意遵守中國法令，則呈請封寺；不願遵守中國法令，則可呈請回國。最後，葡萄牙人只好讓步。

清嘉慶年間葡人欲以加租驅趕華人遭制止事件。蕉園圍，與荷蘭園毗連，位於澳門城以北，原不屬澳葡居地。後來，一些有錢的葡萄牙人逐漸購入澳門界牆以北的土地，租借給陸續來澳的中國居民。1799年（清嘉慶四年），葡人業主萬威向租居蕉園圍的中國居民大量加租，欲以這種辦法將華人居民趕走，遭拒絕後，萬威在澳葡當局的支持下，率領黑奴用暴力拆毀蕉園圍閘門，香山縣令李德興根據澳門華民的控狀，要求澳葡當局予以禁止，但無效。後許乃來繼任香山縣令，通知澳葡當局，如不對蕉園圍華人停止迫遷，重修閘門，中國官府將採取封閉關閘，停止糧食供應等。在這種壓力下，蕉園圍加租迫遷事件才停止下來。

華人被澳葡軍人殺害事件。1826（清道光六年）年初，在澳門的華人少年嚴亞照被葡萄牙少校法瓦喬（Favacho）殺害，其母嚴徐氏向香山縣府指控殺人兇手。香山縣府要求澳葡當局將被告送交香山縣丞衙門審訊。澳葡當局訛稱“兇手”是帝汶奴隸麥努埃爾，聲稱兇手應按葡萄牙法律判罪。嚴徐氏即至廣州上訴，兩廣總督阮元派廣州知府高廷瑤去澳門查處，高廷瑤多次向澳葡當局索取兇犯，仍遭拒絕，僅讓中國官員在澳門獄中面訊“罪犯”。結果，中國官員確認此人因醉酒殺人，澳葡當局又堅持照葡萄牙法律處決罪犯。3月13日，在澳門絞死這名帝汶奴隸時，聚集在刑場上的居澳華人發生暴動。他們認為被處決者無罪，兇手卻逍遙法外，還用磚石投擲中葡官員，搗毀法瓦喬的住宅，甚至準備衝擊大炮台。澳門總督出動配備有野戰炮的軍隊及炮船，並擊斃了一名中國居民，才勉強鎮住局勢。居澳華人還要求中斷對澳門葡人的糧食供應，因中國官府的阻撓而未能成功。

鴉片戰爭後，隨着中國五大口岸的對外開放，東南沿海的貿易日益活躍，而沿海各省的中國水師在鴉片戰爭中損失殆盡，失去打擊海盜的能力。海盜活動十分猖獗，對中外商船造成嚴重威脅。這種形勢給澳門的葡萄牙人創造了一種新的職業——護航，他們在澳門大量建造護航快艇，開始為中外商船護航。澳門葡人建造的雙桅快艇，船體堅固、船速很快、載重量大多為50至100噸，最大為150噸，每條船上一般配備5名葡萄牙人，10名廣東水手，安裝西式火炮4至6門，最多達20門。海盜非常畏懼這種西式船炮，所以葡萄牙人的護航很受中外商民的歡迎。有時中國官員還僱請他們剿滅海盜。短短幾年中，澳門護航業發展很快。1851年（清咸豐元年），澳門護航艇為60艘，到1855年達到了200艘。後來他們採取向出海船一概發保護證、收護航費的辦法，向中國船隻勒收巨額保護費。有巨利可獲的護航事業，在一段時期內成了澳葡的重要行業。

澳門歷史上一次重要的工人運動。1922年5月28日澳葡士兵調戲一名中國婦女，引起民憤，葡警扣押抗議的周蘇等3人。29日近萬名中國工人和民眾聚集警察局，要求釋放被捕工人。葡警開槍打死70多人，傷100多人，造成血案。翌日澳門華商學會、聯合總工會、中華教育會等聯合發起罷市、罷工、罷課行動。澳葡當局宣布戒嚴，解散工會團體。華人大批離澳返粵。全國紛紛聲援，廣東國民外交後援會等力主收回澳門，呈請廣東國民政府、北洋政府進行外交交涉和軍事干預。11月澳葡政府開始與工人代表對話，答應發放撫恤費、恢復已被解散的工會、取消亂黨名目等條件，工潮漸告平息。

1866年（清同治五年）3月，苦力船“拿破崙•卡尼伐羅”號從澳門出洋，船上的華工因不堪虐待，奮起奪船，遭到武裝鎮壓，大批華工被槍殺。船方又縱火燒船，到烈火無法撲滅時，該船船長、船員堅持不打開囚禁華工的鐵柵，自己急忙棄船逃走，而船上數百名華工則全部被活活燒死。