1839年9月3日（清道光十九年七月廿六日），欽差大臣林則徐偕同兩廣總督鄧廷楨，統領將備管帶弁兵巡閲澳門。當日，林則徐一行於早晨由前山整隊出發，入關閘，巡視澳門查禁鴉片。澳葡理事官率領4名軍官、100名士兵，在古關閘恭迎。林則徐一行，駐蓮峰廟正殿，接見澳葡理事官，向理事官申明禁令，諭以安分守法，不許囤貯鴉片，不許徇庇奸夷。接見後，林則徐賞給澳葡官員色綾、折扇、茶葉、冰糖等中華特產，賞給士兵牛、羊、酒、麵及銀元400元。接着，林則徐在蓮峰廟向天后、關帝神殿進香後，一行從三巴門進入澳門城區，經大三巴牌坊、關前街、醫院街、水坑尾、南灣、紅窗門，至媽閣廟向天后進香，巡視了澳門主要街道。沿途督率隨員抽查洋樓、民房，見租賃給不法英商的房屋已經關閉，各座洋樓沒有煙土貯藏。巡視途中，居澳華民搭蓋牌樓，扶老攜幼，夾道歡呼。三巴、南灣、媽閣等澳葡炮台鳴炮十九響，以最高禮遇隆重歡迎。當天中午，在澳葡官員護送下，林則徐一行離開澳門，返回前山、石岐。林則徐巡澳前已派員往澳門查戶口、銷鴉片，從澳門搜集外文資料編印成《澳門新聞紙》，這是中國近代史上最早的譯報和類似的參考消息。林則徐巡澳雖只3個時辰（6小時），但影響甚大，再次顯示中國政府對澳門享有主權。1989年為紀念林則徐巡閲澳門150周年，當年12月初在澳門舉行慶祝大會和“林則徐與澳門”學術研討會，蓮峰廟值理會在廟前豎立林則徐紀念雕像，並於1997年在雕像旁建成林則徐紀念館。

繼西、葡、荷之後，英國成為最強盛的殖民國家。雖然葡、英間早於1661年訂有《梅吐英條約》，但這並未能避免這兩個盟國在歐洲以外的競爭、衝突。英國以履行條約之名，藉口幫助葡人守衛澳門，行圖佔之實。自1600年英國東印度公司成立之後，對葡萄牙人租佔下的澳門覬覦不斷。據統計，從1623年至1840年間曾發生10餘起英人圖佔澳門事件。其中以1808年事件最為嚴重。1807“半島戰爭”中，法軍破里斯本，葡萄牙本土淪陷，王室出逃巴西避難。1808年8月，英印總督援引兩國間的攻守盟約，要求澳督同意英軍進駐澳門，以防法軍的可能進攻。此議遭澳門當時總督花利亞（Bernardo Aleixo de Lemose Faria）拒絕後，英軍強行登陸並佔據砲台多座。

1821年（清道光元年），在歐美大陸資產階級革命運動的推動下，葡萄牙的資產階級民主革命運動進入高潮。由公民選舉產生的葡萄牙議會制定了君主立憲的憲法，下達了取消一切封建權利和義務的命令，在葡萄牙民主運動的影響下，澳門的葡萄牙人分成了敵對的兩派：一是以土著葡萄牙人為主體，有着強烈變革要求的立憲派，其首領為巴波沙（Paulino da Silva Barbosa）少校；一是以葡萄牙貴族官員為主體，力圖維護原有特權的保守派，其首領是地方長官亞利鴉架（Miguel Arriaga）。立憲派先是開展請願活動，抗議議事局無視市民的要求，提出恢復原來的議事局政體，免除澳門對果阿、帝汶的財政補貼，任用澳門土生葡萄牙人在當地文職機構及軍隊任職等一系列請求。澳葡當局被迫於1822年2月16日召集市民在市政廳舉行忠於憲法的宣誓。但他們對民眾所要求的改革並不準備實行。在這種形勢下，立憲派與澳葡當局，特別與保守派首領矛盾越來越尖鋭，並不時採取激烈行動，使亞利鴉架的人身安全受到很大的威脅。1822年8月中旬，澳門民主運動爆發。市民若瑟在8月17日議事局開會時，提交了一份由83位市民聯名的抗議書。這份抗議書指控亞利鴉架慫恿中國官員干預澳門事務，以維持自己的地位。亞利鴉架自知受到市民的普遍敵視，表示願意辭職。市議員向市民們宣佈了他辭職的消息，並表示準備進行一次新的選舉。8月19日，市民們舉行選舉大會。會上，立憲派與保守派發生尖鋭的衝突。保守派頭目卡瓦爾坎蒂（Cavalcanti）宣稱，這一會議沒有確定新政體的權力。與會的市民都被激怒，當即將他從窗口扔到街頭。這時，巴波沙登台演説，指出人民希望建立的是與憲法完全符合的政體。會議最後決定，重新恢復1784年（清乾隆四十九年）前的政體，授予新選出的議事局不受總督及地方長官控制的立法權、行政權和司法權。總督只能掌管軍事。亞利鴉架則被剝奪一切職務。9月12日，巴波沙又創辦了澳門有史以來的第一張報紙－《蜜蜂華報》。該報宗旨鼓吹立憲派各項主張，成為新政權的喉舌。澳門資產階級立憲派領導的民主運動進入高潮。被罷免的亞利鴉架並不甘心失敗，煽動總督阿爾布克爾克（Afonso de Albuquerque）發動政變。但很快被立憲派擊敗。1823年，葡印總督派“薩拉曼特拉”號巡洋艦運載一批士兵駛往澳門，旨在恢復舊政權，鎮壓澳門民主運動。由於中國政府的干涉，他們未敢輕舉妄動。9月23日凌晨，士兵在澳門偷偷登陸，沒有遇到任何抵抗，就進抵市政廳前的廣場，並逮捕了立憲派領袖巴波沙。隨後，保守派組織了政府委員會，來攝理總督職權，並將亞利鴉架官復原職。接着，他們大肆鎮壓立憲派，查封《蜜蜂華報》。與此同時，葡萄牙王子米格爾（Dom Miguel）也在本國發動政變，解散議會，廢除憲法，恢復其父若奧六世專制君主的權力。澳門保守派狂熱地歡呼這一場政變，他們宣誓效忠於君主專制政體，舉行了盛大的慶典和宴會。澳門民主運動遂因此而夭折。

18世紀80年代葡萄牙王室強化對澳門直接管治權的行為。1784年（清乾隆四十九年），澳葡當局根據葡萄牙殖民大臣卡斯特羅（Martinho do Melo e Castro）的指令（即王室制誥），在澳門進行了一場“政治改革”。主要內容包括：首先是加強總督的權力，總督不僅是作為澳門的軍事首領，而且可以干預當地的日常政務，否決議事局的一切提案，成為澳門的最高首長；其次是解散過去的市政衛隊，組成一支由100名火槍兵和50名炮兵組成的印度兵衛隊，增強澳門的警衛力量；再次是確立由總督和王家法官審計國庫收支，取消議事局代營的制度。

清嘉慶年間葡人欲以加租驅趕華人遭制止事件。蕉園圍，與荷蘭園毗連，位於澳門城以北，原不屬澳葡居地。後來，一些有錢的葡萄牙人逐漸購入澳門界牆以北的土地，租借給陸續來澳的中國居民。1799年（清嘉慶四年），葡人業主萬威向租居蕉園圍的中國居民大量加租，欲以這種辦法將華人居民趕走，遭拒絕後，萬威在澳葡當局的支持下，率領黑奴用暴力拆毀蕉園圍閘門，香山縣令李德興根據澳門華民的控狀，要求澳葡當局予以禁止，但無效。後許乃來繼任香山縣令，通知澳葡當局，如不對蕉園圍華人停止迫遷，重修閘門，中國官府將採取封閉關閘，停止糧食供應等。在這種壓力下，蕉園圍加租迫遷事件才停止下來。

19世紀初，海盜紅旗幫在張保仔的糾合下，隊伍不斷擴大，已擁有600多艘帆船，8萬餘人。廣東官兵屢次出戰，常被打得大敗。兩廣總督百齡與澳葡當局都有合作消滅海盜的意願。1809年（清嘉慶十四年）11月23日，百齡派3名官員前往澳門，與澳葡地方長官亞利鴉架（Miguel Arriaga）會商。雙方訂立臨時協議，決定由澳葡當局派出6艘100噸以上的武裝船，在澳門至虎門一帶配合中國水師圍剿海盜，為期6個月；中國政府提供8萬兩銀子作為裝備澳葡艦隊的經費。協議訂立後，澳葡當局很快即組建一支由6艘武裝船組成的澳門艦隊。艦隊司令阿爾科弗雷多上校乘坐的旗艦排水量達400噸，載有26門火炮，160名船員。其餘5艘武裝船共有150多門火炮，近600名船員。英國東印度公司澳門公司還免費為該艦隊提供了大量武器和彈藥。這支澳葡艦隊遂成為一支戰鬥力相當強的海上力量。

華人被澳葡軍人殺害事件。1826（清道光六年）年初，在澳門的華人少年嚴亞照被葡萄牙少校法瓦喬（Favacho）殺害，其母嚴徐氏向香山縣府指控殺人兇手。香山縣府要求澳葡當局將被告送交香山縣丞衙門審訊。澳葡當局訛稱“兇手”是帝汶奴隸麥努埃爾，聲稱兇手應按葡萄牙法律判罪。嚴徐氏即至廣州上訴，兩廣總督阮元派廣州知府高廷瑤去澳門查處，高廷瑤多次向澳葡當局索取兇犯，仍遭拒絕，僅讓中國官員在澳門獄中面訊“罪犯”。結果，中國官員確認此人因醉酒殺人，澳葡當局又堅持照葡萄牙法律處決罪犯。3月13日，在澳門絞死這名帝汶奴隸時，聚集在刑場上的居澳華人發生暴動。他們認為被處決者無罪，兇手卻逍遙法外，還用磚石投擲中葡官員，搗毀法瓦喬的住宅，甚至準備衝擊大炮台。澳門總督出動配備有野戰炮的軍隊及炮船，並擊斃了一名中國居民，才勉強鎮住局勢。居澳華人還要求中斷對澳門葡人的糧食供應，因中國官府的阻撓而未能成功。

1801年（清嘉慶六年），廣東雷州、瓊崖一帶受海盜滋擾，清政府派出軍隊清剿。澳門葡萄牙人主動向清朝提出，願意派兩條艦船，協助清剿海盜，同時附帶9項附加條件，其中主要有：①自關閘至澳門外圍島嶼由他們“專揖奸匪”，驅逐外國夷船灣泊；②驅逐在澳門的華人閒游匪徒出境，而在澳貿易營生華人，富有者才准留居澳門；③對華夷債務，由他們拍賣負債者的貨物清償；④澳門華人一般案件由他們處理；⑤華人殺夷人，罪犯要在澳門明正刑典。香山縣知縣許乃來認為，澳葡當局的要求完全是借機訛詐，遂予以嚴詞拒絕，並對他們的要求嚴加駁斥。

1839年（清道光十九年）3月，在全國規模的禁煙運動進入高潮中，欽差大臣林則徐一再通過澳門同知諭令澳葡當局禁煙。澳葡總督邊度等不敢公然違抗，一面催促澳門的鴉片商販速將囤存的鴉片運離澳門，一面發佈禁止在澳門囤貯、售賣鴉片的告示。1839年3月26日，居澳鴉片販子將近3000箱的大宗鴉片運往馬尼拉，但仍有不法奸商在澳門繼續售賣留存的鴉片，被中國軍隊查獲。4月25日，林則徐限令澳葡當局在3日內查明澳門所貯鴉片，開出貨主、箱數，呈交澳門同知收納，否則將“封澳檢查，以重懲創”。澳督邊度忙下令搜繳鴉片，搜到葡人亞思時的一些零星煙土，在碼頭燒毀，並將其法辦；還查獲英國鴉片販子因義士偷運的8箱煙土。5月底，林則徐又命署佛山同知劉開域和署澳門同知蔣立昂等人入澳，督同澳葡當局搜查可能囤貯鴉片的“夷樓”，命令葡商具結，切實保證不再貯存、販賣煙土，否則，依新例治罪。澳葡當局表示順從、合作，澳門禁煙運動取得一定成果。

18世紀末，在廣東、廣西沿海活動的海盜急劇增加，澳門受到中國海盜的嚴重騷擾。當時澳葡當局僅擁有兩艘武裝船，只能守衛澳門的港灣，不足以捍衛澳門附近的水域。在珠江口一帶，海盜不僅在澳門炮台射程範圍內劫掠中國商船，還打劫外國的舢舨小船，綁架外國商人。1807年（清嘉慶十二年）2月14日深夜，一隊海盜直接偷襲澳門。他們自澳門半島北部登陸， 直奔東望洋山，企圖佔據可以控制全澳的東望洋山炮台。守衛炮台的士兵發現後，迅速開槍射擊，把他們趕走。1807年5月6日，由海軍少校巴雷托（Barreto）指揮下的澳門小艦隊在澳門附近海域與50艘海盜船遭遇。海盜在人數方面佔壓倒優勢，葡萄牙人則善於使用火炮、火槍。經過1小時激戰，海盜被擊敗，四處逃遁。葡萄牙人緊咬海盜頭目的大帆船不放。最後，巴雷托與30名船員跳上海盜頭目船，用劍與海盜格鬥，海盜多被砍死，其頭目也跳海自殺。這場惡戰後，海盜暫時停止了對澳門的直接騷擾，但不久又恢復了在澳門附近的活動。1809年，一艘來自果阿的葡萄牙雙桅船在澳門附近水域遇上了海盜紅旗幫的主力，該船被海盜劫獲，船長和大部份船員均被殺死，還將葡萄牙國旗在海面上拖曳，誇耀他們的勝利。不久，一艘葡萄牙快艇又被海盜船圍攻，死傷慘重。葡萄牙人急於報仇，派阿爾科弗雷多（Alcoforado）指揮兩艘武裝船出海。9月15日，與紅旗幫一支船隊相遇，雙方激戰，各自都受到很大的損失，葡船多處被擊傷，已無法繼續作戰。通過多次與海盜的較量，葡萄牙人明白單靠自己的力量是不可能排除海盜侵擾的。

清嘉慶年間（1796—1820）兩廣總督吳熊光和廣東巡撫孫玉庭因英軍入駐澳門事被革職一案。1802年（清嘉慶七年）3月，英國以協助葡萄牙防守為名，派兵船6艘、官兵數百駛抵氹仔海面，準備登陸澳門。由於澳葡當局及廣東官府的拒斥，英艦主動撤退。1808年，英國借口法國要侵佔澳門，派海軍少將度路利（William O' Brien Drury）率9艘兵艦於9月11日抵達澳門港口。最初，葡人抵抗，拒絕英軍登陸，後經英國東印度公司澳門分公司經理斡旋，於9月21日准許英軍登陸，300多名英國士兵入駐東望洋山炮台、南灣炮台及被封閉的聖保祿學院等處。10月下旬，英國又從印度調來軍艦，兩批共計兵艦13艘，兵員760人。為了欺騙中國官府，英艦一律懸掛葡萄牙國旗，士兵則改穿葡兵制服，又佔據媽閣炮台、嘉思欄炮台及聖奧斯定教堂等處。面對英軍入據澳門這一重大事變，吳熊光及孫玉庭均掉以輕心，並未積極採取措施。直到度路利於10月下旬率3艘兵船闖入虎門、進逼黃埔，要求清政府同意英軍在澳門駐防，才向朝廷稟報情況，而且是作一般公文發出。嘉慶帝直到11月中旬才獲知澳門發生的事變，大為震怒，急令廣東方面迅速斷絕澳門一切供應，封鎖交通，調集水陸軍隊，準備驅逐入駐澳門的英軍。在中國政府的壓力下，英軍於12月18日全部撤離澳門。事後，清政府鑒於吳、孫兩人對英軍入據澳門之事嚴重失職，將其革職。

澳葡艦隊與海盜紅旗幫主力在大嶼山海面進行的一場激戰。1810年（清嘉慶十五年）1月21日，澳葡艦隊在大嶼山海面與紅旗幫主力300多艘帆船相遇。紅旗幫首領張保仔派出的兩支先鋒船隊被澳葡艦隊擊破，張保仔遂親自率領主力部隊駛抵戰場。海盜分成6個小隊，每隊圍攻1艘葡萄牙兵船，力圖利用人數多的優勢，通過登船肉搏的戰術，來戰勝葡萄牙人。葡萄牙人揚長避短，以密集的炮火攻擊對方，阻止海盜船逼近。雙方激戰正酣，1艘葡萄牙船發現了海盜供奉神像的大船，遂集中火力向這艘大船進攻。儘管許多海盜船盡力護衛，但是葡艦猛烈的炮火還是將這艘大船擊沉。霎時，海面上飄浮起一批大聲呼救的和尚和塗金着彩的神像。海盜船陣腳大亂，鬥志瓦解，無心再戰，紛紛逃離戰場。經過這一次海戰，張保仔紅旗幫的勢力大為削弱。

為確定澳門界址舉行的重要談判。1887年（清光緒十三年）的《中葡和好通商條約》訂明，澳門界址未劃定，要俟兩國派員妥為會訂，再行特立專約。1888年底，中葡政府曾舉行劃界談判，未有結果。1909年（清宣統元年），中葡於香港再次會談，中方代表為中法雲南交涉使高而謙，葡方代表為葡屬東非殖民地總督馬沙度。葡方提出將北山嶺、內港、對面山、氹仔、路環及大小橫琴島，總共326平方公里面積歸屬澳門的無理要求，引起廣東和中國內地各界人士的強烈反對。香山、廣州等地以及世界各國僑社均成立勘界維持會，怒斥澳葡侵略行徑。高而謙故意拖延，會談僵持數月。馬沙度提出將澳門問題提交海牙國際法庭裁處，遭清政府拒絕。香港會談於同年11月13日結束，後到北京會談，均無結果。辛亥革命後葡萄牙政府多次照會中國政府要求重開劃界談判，因葡方仍持原有立場，故未重開，澳門界址也一直未被劃定，懸而未決。

見查封阿巴羅修道院。

1926年11月7日由澳門港口工程主任罅些喇倡辦，澳門政府主辦。目的是借此推動澳門工商業的發展。展覽會為期3個月，設陳列所60多個，展出澳門各種貨物596種。展覽會還備有各種娛樂設施，入場觀眾達29萬人次，成為澳門工商發展史上一大盛會。

辛亥革命期間一次較有影響的起義行動。澳門同盟會成立後，就全力以赴準備策動香山起義，新任主盟人林君復與莫紀彭、何振、鄭仲超等負責策動駐在前山的新軍，鄭彼岸等負責策動駐在香山縣城的防營、團練。駐守前山的新軍約有2000餘人，他們參加過1910年的廣州起義，軍官中很多人有革命思想，其中營長任鶴年尤為激進。澳門同盟會員利用同學關係與任鶴年等人聯絡，很快控制了這支軍隊。香山縣城駐有副將馬德新率領的防營，鄭雨初、黃龍彰率領的團練，王作標率領的縣署親兵。經澳門同盟會員的活動，鄭雨初、黃龍彰、王作標先後入會，從而使同盟會又控制了團練和縣署親兵。他們還派人聯絡各鄉村志士和綠林，約好一起起事。起義的籌餉工作由同盟會澳門支部機關負責人林警魂擔任，他從港澳商人、海外僑胞中募集了部份活動費用，其中澳門富家子弟、同盟會會員提供了相當的經費。經過周密準備，1911年11月2日，香山起義在香山縣（今中山市）小欖爆發。11月5日，前山的新軍與縣城的團勇親兵同時起義，並於當天光復香山縣城。隨後，以前山新軍為主體的香山起義軍改編為“香軍”，進駐廣州西關。不久，香軍編入廣東北伐軍，進抵江蘇前線。同時，不少澳門女同盟會員，如許劍魂、陳秉卿、梁國體、嚴淑姬、梁荃芳、梁雪君等，也參加廣東女子北伐附隊，經南京一直進抵徐州前線。

特大颱風災害，1874年（清同治十三年）9月22日夜，一次罕見的特大颱風橫掃了澳門地區。港灣內大小船隻紛紛沉沒，岸上的房屋成片倒塌，花王堂受電擊起火，火光衝天，燒毁大量的房屋。據事後統計，在這場重大劫難中，澳門約有5000人死亡，2000艘漁船、貨船沉沒，還有包括花王堂在內的大批建築被摧毁，損失共達200萬元。因這一年是甲戌年，史稱“甲戌風災”。後來，澳葡當局為紀念這一重大自然災難的死難者，定9月22日為“天災節”。

19世紀中葉澳葡藉機向清守軍報復並襲擊關閘的事件。1849年（清道光二十九年）的“關閘事件”，是關閘第二次遭受大規模進犯，且是遭受英、葡的水、陸夾攻。此次事件的引發，導火線是極力推行殖民擴張的澳督亞馬留（João Maria Ferreira do Amaral）被望廈龍田村民沈志亮等人刺殺。1849年8月22日，亞馬留被刺殺後，澳葡當局在英、美、法列強支持下，有恃無恐，藉此挑起事端，於8月28日早晨，由炮兵軍曹米士打基打率領100多名正規軍和20名志願軍，攜三門大炮，在快艇炮火支持下，對關閘發動進攻，戰事擴展到拱北北嶺，古關閘城樓被炮火轟毀。駐守關閘汛營的清軍兵力薄弱，由於援兵未到，面對來勢洶洶的葡兵，措手不及，不戰而退，關閘為葡兵佔據。在關閘事件中，葡兵1名重傷，清軍4人死亡，葡兵且將戰死的1名清兵的手臂和1名軍官首級砍下，作為戰利品，掛在竹竿上，帶返澳門，遊街示眾。經此一役，清軍退守前山寨。這是清王朝在澳門的主權地位受到嚴重挑戰的一次重大事件。

1840年（清道光二十年）8月19日，英軍對澳門地區的中國駐軍發動進攻，他們進攻的目標是控制葡萄牙出入的關閘。中午，英軍3艘軍艦和運輸船逼近蓮花莖，向關閘和關閘附近的炮台猛烈開火。守衛關閘內外的軍隊除有近幾個月內進駐的1300人外，還有臨時趕來增援的督標參將波啟善、署肇慶協副將多隆武、署撫標守備程步韓等率領的兩標官兵及升任南澳鎮總兵暫留香山協的惠昌耀指揮的水師，水陸官兵共達2000人左右。面對英軍的攻擊，中國駐軍一齊出動。新授廣東高廉道台暫駐澳門的易中孚率兵從澳門一帶北進，多隆武、波啟善等率兵自北山一帶南進。惠昌耀的水師駛抵青洲海面，隔着蓮花莖向英船開炮。雙方展開激戰，葡萄牙人按兵不動，以示中立。由於英軍在武器技術方面明顯佔有優勢，經過約1小時戰鬥，英軍擊毀關閘的界牆及附近的炮台，擊敗中國軍隊，參將波啟善、守備陳宏光等負傷。接着，300名英印士兵登上蓮花莖，佔領關閘，並升起了英國國旗，還用關閘上的大炮轟擊望廈等處的中國官兵。最後，他們搬走架設在關閘等處的20餘門大炮，堵塞其餘大炮的火門，放火燒毀中國軍隊的棚房，才登船撤離。關閘之役以中國軍隊的失敗而告終。