從16世紀開始，中外文獻陸續出現有關澳門媽閣廟的記載，既有文字的，也有圖片的。文字史料方面，中文文獻主要是地方誌書，如清乾隆初年印光任、張汝霖的《澳門記略》，乾隆、道光、光緒各朝纂修的《香山縣誌》，道光年間祝淮的《澳門誌略》，以及雍正、嘉慶兩朝纂修的《廣東通誌》等。外文文獻多數是外國傳教士在澳的記錄，或外國使節訪澳的外交報告檔案，如意大利耶穌會傳教士利瑪竇（Matteo Ricci, 1552－1610年）的《利瑪竇中國箚記》和費爾南．門德斯．平托（Fernão Mendes Pinto, 1509－1583年）的《遠遊記》等。《利瑪竇中國箚記》的主體是利瑪竇於1582至1610年來華傳教時的日記，其中對於媽閣廟的記錄，一般被認為是現存最早的“媽閣史料”。至於圖像方面則有中西畫作和各種地圖，以西洋畫作佔多，形式包括素描、地誌畫、版畫、水彩畫及油畫等。其中以英國畫家喬治．錢納利（George Chinnery, 1774－1852年）、法國畫家奧古士丁．博爾傑（Auguste Borget, 1808－1877年）、英國醫生托馬斯．屈臣（Thomas Watson, 1815－1860年），以及澳門畫家畢士達（Marciano António Baptista, 1826－1896年）的作品較具代表性。

從今所見，最早以媽閣廟為題材作畫者，應是中國的吳漁山（1632－1718年）。漁山本名吳歷，清初中國天主教傳教士，亦是當時的文化名士，能詩擅畫。現香港藝術館虛白齋所藏的《湖山秋曉》，是漁山繪於清康熙四十一年（1702年）的水墨長卷，其中一段名為“雄寺媽閣”，或許所憑的就是他在康熙十九年（1680年）學道澳門時留下的“媽閣印象”。《湖山秋曉》較西洋畫家約翰．韋伯（John Webber, 1750－1793年）繪於1788年的鉛筆素描《媽閣廟》（View in Macao）早近百年〔據載，韋伯曾將《媽閣廟》刻成銅版畫，並收入其《南海風貌》（Webber’s Views in the South Seas）一書中，而《媽閣廟》原作現藏於香港藝術館〕。“雄寺媽閣”所呈現的並非只是媽閣廟，而是“山—廟—前地”同構而成的一個整體景觀，古代稱之為“娘媽角”。《澳門記略》卷上〈形勢篇〉記載：“相傳明萬曆時，閩賈巨舶被颶殆甚，俄見神女立於山側，一舟遂安，立廟祠天妃，名其地曰娘媽角。娘媽者，閩語天妃也。”這與“雄寺媽閣”所繪的倚山而建，面臨大海，瓦頂重簷的景象十分切合。

在早期藝術作品中的媽閣廟，即便其重點描繪對象是廟宇，亦多旁及建築物周邊的山體、林木、空地甚至水體，可以反映出媽閣廟作為一個藝術題材，所指並非單一的廟宇建築，而是一個場景或景觀——媽閣景觀。這是媽閣廟作為園林式廟宇的建築特色所在，即其建築既為廟宇，亦為園林。前者主體為山門、牌坊、石殿、弘仁殿、圓門、正覺禪林、觀音閣，後者則是山體與摩崖石刻，兩者在觀感上構成一個整體。

媽閣廟的建築，大體可劃分為三組。第一組：山門、牌坊、石殿、弘仁殿等，第二組：圓門、正覺禪林及其周邊建築，最後是位處地勢較高的觀音閣。

所謂山門，即正門。中國寺廟的正門或外門，又稱作山門。無論遠觀近看，一座廟宇最先讓人注目的多是山門，故此，山門一般被視為廟宇的門面與標誌，媽閣廟亦然。以媽閣廟為題材的藝術作品，除了少量局部素描速寫外，大多具備山門這一元素。其中仔細勾勒山門的作品，最早應是《澳門記略》的〈娘媽角圖〉。它對山門的輪廓，廟宇牌樓狀的外觀、船形屋脊、門洞，皆有明白刻劃。但門上所標為“天妃廟”而非“媽祖閣”，這是當時對廟宇的稱呼。除“天妃廟”以外，古時“海覺寺”、“娘媽廟”、“天妃宮”都是指媽閣廟。而線條簡約的經典作品，當數19世紀英國畫家錢納利所繪的《媽閣廟》。該畫以山門為主要構圖，而且描畫得十分細緻。門前成對的石獅子、琉璃瓦頂、飛簷屋脊、脊上的寶珠和鰲魚的瓷製裝飾，就連門上的題刻也都一一呈現出來。畫作中的題刻，僅以符號表之，實是一匾一聯，匾所刻的是廟宇正稱“媽祖閣”，聯語則為“德周化宇，澤潤生民”，皆為楷書金字。這短短的十一字，說明了廟宇的主祀神以及保佑功德，勝似媽閣廟的名片，簡潔而清晰。

值得一提的是，媽祖的香火遍及華人的居住地，全世界有數不清的天后宮、媽祖廟，但稱“媽祖閣”者，卻僅澳門一處。此一“閣”的獨特稱謂，歷來備受讚賞。“閣”既是古代一種類似樓的建築物，常建於園林中，視野高闊，又可指女子的閨閣。此字用於命名媽閣廟，可謂相當到位。

此外，有幅照片也屬於媽閣廟題材的經典之作。它是有史以來的第一批中國照片中的一幅，由法國海關官員于勒．埃迪爾（Jules Itier）在1844年隨同法國公使抵澳談判中法《黃埔條約》期間，以當時新發明的“達蓋爾銀版攝影法”拍攝所得。除了媽閣廟，埃迪爾亦曾在南灣一帶取景。

詹頊亭坊是在山門後面的一座三間四柱、沖天式的花崗石牌坊，簡稱石牌坊。據廟內碑刻所記，石牌坊曾遭清同治十三年（1874年）的“甲戌風災”摧毀，光緒二年（1876年）重修復建。現今立於媽閣廟的石牌坊，應為1876年以後所建。而在一些西洋畫作中，仍可見其舊貌。較清晰的有托馬斯．屈臣的《澳門媽祖閣內》（1850 年）和威廉．海因（William Heine, 1827－1885 年）的《媽閣廟》（1856年），輪廓大抵接近今貌。

除了外觀，石牌坊上的題刻也十分精彩。石牌坊的正、背面皆有題刻，共六處。正面的是：“寶氣”（左）、“南國波恬”（中）、“珠光”（右），背面的是“燕賀”（左）、“詹頊亭”（中）、“鳧趨”（右），其中四處為二言格。置於廟宇的匾額，以四言為常格，詞多頌揚功德、感銘神恩。三言者，一般是建築物的名稱。二言則較具開放性，能予人不只一個鑑賞的角度。

石牌坊背面中間的“詹頊亭”，是牌坊的名稱。關於“詹頊”二字，今有幾種釋義：或以為“仰望旭日”，或以為“觀賞星宿”，或以為上古五帝之一、主司水神的顓頊。而兩側的“燕賀”、“鳧趨”，意思相近。燕雀相賀，鳧趨雀躍，形容歡愉的場景。至於正面中間的“南國波恬”，是媽祖信仰所慣用的頌詞；“寶氣”、“珠光”，則直解可矣。石牌坊的題刻，大體可從兩種不同的角度解讀鑑賞：一是賦予它宗教的色彩，以“詹頊”借代媽祖，以“寶氣”、“珠光”形容媽祖的尊貴，“燕賀”、“鳧趨”、“南國波恬”則皆是媽祖安瀾護航的側寫。二是作即景書寫觀，昔日的媽閣廟依山臨海，風和日麗的天氣、明媚的陽光、平靜的海面、往還的飛鳥，都是可見的自然景象。至於“寶氣”和“珠光”，山門、圓門、神殿等廟宇建築的屋頂都有寶珠裝飾。因此，如說石牌坊的題刻是這座天然的、人工的廟宇景觀的精華撮要，似無不可。

石殿是石牌坊所對的神殿建築，與石牌坊、山門同處一軸線上。因有橫額“神山第一”，故又名“神山第一殿”。托馬斯．屈臣所繪《澳門媽祖閣內》以傾斜角度描繪媽閣廟全境，所勾勒石殿的輪廓和規模，與今所見相差不大。雖未有呈現出歇山式、硬山式及重簷廡殿式的屋頂，但清楚可見琉璃花磚方窗的牆體。這是石殿演變過程中的一個重要標誌。有學者指出，媽閣廟的石殿是澳門現存有實物可考的最古老廟宇建築。其初始形態為石龕，繼而在石龕前加建一座涼亭（或即詹頊亭），並在亭與龕之間形成廊道，後來以磚牆封閉廊的兩側而成今貌，即所謂的“石龕—涼亭—神殿”三部曲。畫家約翰．韋伯所繪的《媽閣廟》，是以媽閣廟為題材的早期西洋畫作，作品依次勾勒了山門、亭子、石牌坊與一座矮小的建築物。亭子與建築物之間以廊道相連，蓋是石殿的第二階段“石龕—涼亭”的形態。《利瑪竇中國箚記》中稱，利氏來華時，最初見到“那裡有一尊叫阿媽（Ama）的偶像。今天還可以看見它，而這個地方就叫做澳門，在阿媽灣內。與其說它是個半島，還不如說它是塊突出的岩石”，或許此為現今僅有關於石殿由石龕而來的文字記錄。至於中文史料方面，對於石殿前期的形態未見有任何圖文記載；而早在《澳門記略．娘媽角圖》中，石殿已經是座封閉的建築物。

談到石殿，不得不提它的題刻。石殿中有頌揚媽祖功德的兩聯一匾，分別是石聯：“顯蹟湄洲山，三十六天齊勝概；流芳東粵甸，百千萬載壯威光。”以及“聖德齊天，恩流鏡海；母儀稱后，澤沛蓮峰”。石匾：“英靈顯應”。此外，石殿內還留有數處能反映建築歷史，以及其歷史意義的題刻。

“國朝祀典”刻在今神壇所對的石樑正面。據《昭應錄》所載，清康熙五十九年（1720年），媽祖因“庇佑敕封琉球”而列入朝廷祀典。因此有學者以為，媽閣廟有“祀典”字樣的匾額題刻，或反映廟宇曾為官方所建、所修和所用。

貼近“國朝祀典”的底部，懸有一石刻樑，上款“萬曆甲辰年季春月”，下款“信官王權、梁宗翰眾信士等吉旦立”，這是媽閣廟現存紀年最早的石刻題記。遺憾的是，它今為殘件，其題詞已不可睹，只留下題款。而憑這個題款，僅可以判斷是一個樑柱題刻，由“信官王權、梁宗翰眾信士等”於明代“萬曆甲辰年季春（即1604年1月31日至1605年2月17日）”的吉旦（初一日）所立。至於題刻的內容，今已無從稽考。

“欽差總督廣東珠池市舶稅務兼管鹽法太監李鳳建”的題刻，位於石殿後樑上。據《明實錄》所載，李鳳是萬曆年間的一個宦官，受明神宗派遣出任廣東珠池、市舶、稅務兼管鹽法。此題刻的內容和價值一直備受爭議，既有學者以為，此一題刻說明媽閣廟是李鳳於萬曆三十三年（1605年）前後所建；亦有學者以為，李鳳所“建”的只是石殿的某個部分，而非創建整座廟宇。孰是孰非，目前難以判斷，有待進一步的探討。

“四街重脩”刻在“國朝祀典”的背面較高處，上款“萬曆乙巳歲（1605年）”、下款“仲夏吉旦立”。清初來澳的天主教士吳漁山《三巴集．嶴中雜詠（四）》云：“捧蠟高燒迎聖來，旗幢風滿炮成雷。四街鋪草青如錦，未許遊人踏作埃。”詩末小字附註：“沙勿略聖人出會，滿街鋪花與草為敬，街名畏威懷德。”〔康熙〕《香山縣誌．澳彝》載：“萬曆中，督撫奏請就其聚廬中大街，中貫四維，各樹高柵，榜以‘畏威懷德’，分左右定其門籍，以《旅獒》‘明王慎德，四譯（按：《尚書》作“四夷”）咸賓，無有遠邇，畢獻方物，服食器用’三（按：當作“二”）十字，分東西各十號，使互相維繫譏察，毋得容奸。”古時候在澳門“大街”（即今營地大街）處，有四條交錯的街道。在明朝萬曆年間，官府以“畏威懷德”為四條街道定名，分別名為“畏字街”、“威字街”、“懷字街”、“德字街”，合稱為“四街”，並以《尚書．旅獒》篇中的二十字來編排四街的門籍。《澳門記略》亦有載此“四街”，可見“四街”於乾隆年間猶存。

若站在石殿的門口抬頭向上望，石殿門橫樑下面有三組題刻文字隱約可辨：

題刻文字只是署款，不一樣的是它記述了“建”與兩次“重修”的年份。據學者所考，這三組文字的字體、風格與刻工是一致的，所以說明題刻是在清道光八年（1828年）重修石殿時才刻上去的。其中以“萬曆乙巳年德字街眾商建”最為關鍵，上面提到的“四街重脩”，亦署款“萬曆乙巳歲”。兩者在時間上存在互相矛盾之處，具體情況如何，仍待進一步考察。

石殿後壁現存兩行居中的題刻文字：

“海岳鍾英”，海岳代指中國，鍾英即優才。“如在”為儒家對於祭祀的觀念，所謂“祭如在，祭神如神在”（《論語．八佾》）。在兩行題刻的下方，有一座刻有“天后宮”之名的小石龕，是在形態上接近神龕的建築物。

石殿現存的六處題刻，除了門樑上的題刻外，其餘五者皆集中在石殿後方，即石龕之內，所記的年份亦相對較早，蓋可佐證石龕為石殿現存的最早建成部分。

此外，石殿門前立有由兩對石柱題刻所組成的一副五言套聯。套聯是指兩副或以上的對聯，以某種特殊的形式“套”在一起，其讀法為從內而外。石殿門前的套聯，內聯為：“瑞石靈基古，新宮聖祀崇。”外聯為：“德光天廣幬，恩湛海重淵。”兩聯皆為形名對，即同性質詞語互相對仗。如“瑞石”對“新宮”，“靈基”對“聖祀”，而“古”與“崇”則為寬對。其中“瑞石靈基”或運用了典故，至於是甚麼典故？有一種可能是襲用了媽祖信仰中的“聖墩”故事。據宋人廖鵬飛《聖墩祖廟重建順濟廟記》所載，媽祖生於北宋太祖建隆元年（960年）農曆三月廿三日，生時為人，是莆田縣湄洲嶼林氏女。她本是一名平凡的漁家女，但卻生而神靈，且懂巫術，能觀氣象，知吉凶，鄉人以其能通天，視之為神女。雍熙四年（987年）九月初九，林女於湄洲飛升，當夕即以異像“枯槎”（即枯枝）對鄉民顯靈報夢曰：“我湄洲神女，其枯槎實所憑，宜館我於墩上。”鄉人於是將她當作神明，闢地供奉，稱作“聖墩”，這是供奉媽祖之始。“墩”含有“礅”的意思，即整塊的石頭，似乎很合“瑞石靈基古”之意。

弘仁殿築在半山腰，與山門、石牌坊、石殿處於同一軸線上。據《昭應錄》所載，媽祖因“屢有護助功”，明永樂七年（1409年）獲朝廷加封為“護國庇民妙靈昭應弘仁普濟天妃”，即其“弘仁”封號之始。弘仁殿門匾上題刻“道光八年歲次戊子仲夏重修”，可知今殿是在清道光八年（1828年）重修而成的。托馬斯．屈臣《澳門媽閣廟內》的構圖，就是以弘仁殿為中心；而奧古士丁．博爾傑《澳門媽閣廟內景》（1842年）描繪弘仁殿，則較為細膩。兩幅畫作皆繪於重修之後，所呈現出的弘仁殿外觀亦大致相同：同樣是一小石室，飛簷屋脊，牆上有浮雕圖案。以山巖作為後牆，空間狹小，不足以容納一人內進，形同神龕，只供善信在外參拜。如此形制規模，與今貌大體相同，亦與《澳門記略．娘媽角圖》中的弘仁殿無太大差別。

弘仁殿有石刻聯“聖德流光莆田福曜，神山挺秀鏡海恩波”。這是一副嵌聯，嵌入了媽祖信仰的發源地福建“莆田”、澳門的別稱“鏡海”；至於“神山”，指的應是媽閣。聯語刻在弘仁殿上，而描摹的是媽閣廟的風光。弘仁殿是媽閣廟建築群中較具代表性的一座神殿，學界一直亦有“弘仁殿為廟內現存最古建築”之說。不過，近代汪兆鏞的一首詩，卻惹來一些爭議。其《澳門雜詩．媽閣》曰：“媽閣多奇石，古木蟠其巔。標題弘仁字，當在朱明前。磐陀廣盈畝，雕刻猶帆船。陳迹足俛仰，時會有變遷。小憩贊公房，遺墨懷高禪。”詩末附註：“媽閣廟楹額刻‘弘仁閣’三字，上款‘弘光元年’。辛亥冬，余初到尚見，今已毀。”詩人本意或為讀者提供更多有關弘仁殿的資料，但後人以為汪兆鏞誤將“弘治”看成“弘光”。主要理由有二：一是“弘光”是南明福王朱由崧的年號，他在位僅五個月就被俘了。年祚短促，所知者不多。二是弘光元年為1645年，與以往所流傳的媽閣廟五百年歷史的說法有所出入，足足延後了百年。當然，這種說法需要滿足兩個前提，一是“弘光元年”是弘仁閣的始建年；二是弘仁閣的始建時間，等同於媽閣廟的始建廟時間。事實是否如此，則又是媽閣廟史的另一樁公案了。