隆慶五年(1571年1月26日─1572年1月14日)6月24日，菲利浦二世下令將馬尼拉升格為城市，並選出市長和各級行政官員。當西班牙人選定馬尼拉作為他們在菲律賓的活動中心時，澳門葡人由於有《托德西利亞斯條約》和《薩拉戈薩條約》的約束以及摩鹿加問題的前車之鑒，他們對馬尼拉並未感到興奮。當得知西班牙人迅速跟華人，尤其是福建人建立了貿易關係，澳門葡人更是不能確定其影響。中國人從福建出口到馬尼拉的絲綢越來越多，以致當它們被轉運到美洲之後已經給當地的紡織品製造者造成壓力。除此之外，福建人也帶去了糖和鐵，以及各種製造品，尤其是瓷器。這些商品有的被運往菲律賓群島內，還有些被帶去美洲。福建人不僅經營中國產品，還提供胡椒、珍貴木料，甚至從印度東部獲取香料。總之，西班牙人在菲律賓的出現帶來了新的需求，福建人對此作出迅速反應，從而在廣州、澳門的競爭中鞏固了自身的地位，也使西班牙人悄悄萌生直接進入中國市場的願望。Boletim da Filmoteca Ultramarina Portuguesa, n. 032, p. 18(以下所引Boletim da Filmoteca Ultrarnarina Portuguesa一書資料，均轉自加爾西亞一文，不另注)，轉自加爾西亞：《澳門與菲律賓之歷史關係》，載《澳門史新編》第2冊，第534頁。“馬尼拉”一名，原是從打家鹿文的“美”和“尼勒”字合成，意思是那裡有“尼勒”花的地方。“尼勒”據說是一種攀藤而開白花的小植物，現在打家鹿文叫做Ixora Manila(劉芝田：《中菲關係史》第6章，第369頁)。普塔克：《明代澳門與東南亞的貿易》，載《澳門史新編》第2冊，第383頁。

嘉靖四十一年(1562年2月4日─1563年1月23日)12月26日，吉爾萬尼•蒙特介紹澳門時稱：當時澳門已有5000人，葡萄牙已婚者在這裡達到800人。Manuel Teixeira, Macau no Séc. XVI, p. 43; Manuel Teixeira, Macau e a Sua Diocese, Vol. 3, pp. 135—136.

萬曆四年（1576年1月31日─1577年1月18日）迪奧哥•梅內澤斯(Diogo de Menezes)出任葡印總督。http://en. wikipedia. org/wiki/List of colonial heads of portuguese India.

隆慶五年(1571年1月26日─1572年1月14日)6月18日，葡萄牙國王唐•塞巴斯蒂昂頒佈法律規定，對擁有禁書的人處以沒收1/4乃至一半財產的處罰，情節嚴重者，還要被流放巴西或非洲，最高處罰導致死刑。李長森：《近代澳門外報史稿》第1章，第15頁。

嘉靖三十四年(1555年1月23日─1556年2月10日)彿朗西斯科•巴雷托(Francisco Barreto)出任葡印總督。http://en. wikipedia. org/wiki/List of colonial heads of portuguese India.

嘉靖四十三年(1564年1月14日─1565年1月31日)4月22日，廣東東莞水兵徐永泰等400人守潮州柘林澳，五個月無糧餉，遂發動兵變，後入外洋，又與東莞鹽販、海南柵之盜賊合兵，勢力益強，樓船鼓行，揚帆直抵省城。叛軍配備有大量的火炮，軍備亦很足。“湯總兵克寬與戰，連敗衄”。但廣州城牆高大堅固，叛軍未能攻入，他們襲擊了廣州郊區。並於6月中旬來到澳門，準備洗劫澳門。當時澳門只有不到300名葡人，加上奴僕和當地基督徒，約1500人。當盜匪來到澳門港口時，兵頭迪奧戈•佩雷拉指揮山上的石彈炮向盜船發射。停泊在港外的兩艘葡艦也向盜船開炮射擊。後來又有從帝汶返回的葡船支援，盜匪撤退。但盜匪返回再次進攻廣州。廣東副總兵湯克寬閉城死守，並向戈伊斯特使和兵頭迪奧戈•佩雷拉求援。9月27日，澳門方面召開會議，決定出兵支持。以迪奧戈•佩雷拉為首的澳門商入團體決定出兵向廣東地方官員提供軍事援助，並借出兵支援廣東而達到以下三個主要目的：一、對暴動分子可能對澳門與廣州之間實行的貿易封鎖先做好提防。二、對東莞暴動者襲擊澳門的企圖及其進攻從英蘇林迪亞各港口駛往澳門的葡萄牙商船的海盜活動給予還擊。三、以澳門軍隊平叛獲得勝利的情況下，從中國方面獲得政治利益，並加強澳門在廣東地方當局和朝廷的影響(其最重要的結果就是接受戈伊斯使團的外交使命)。於是，劉易斯•梅洛和迪奧戈•佩雷拉各率一隊人馬，兵分兩路，整裝出發。參戰的葡萄牙人共300名。而盜匪是9艘巨艦，2000名士卒。10月7日，葡人參戰時，廣東總兵俞大猷正從東莞南頭和惠陽調水師南頭沙船和白石船準備合擊叛軍，雙方激戰於東莞虎頭門之外之三門海。劉易斯•梅洛乘中國帆船突然向叛軍襲擊，叛軍看見船隊迎面而來，以為他們是中國水師，就迎刃而上。因為參戰的澳門葡船有俞大猷的“舊熟”澳門華人“林弘仲(Ni Lao，林老)數船”，等他們認出是異國基督徒時，遂魂飛魄散，紛紛跳入水中，這樣，半小時之內，斬獲叛軍500人。劉易斯•梅洛率領的船隊與明軍合作取得了戰爭的勝利，史稱“三門之役”。迪奧戈•佩雷拉的船隊由於遭到逆風和海潮，沒能及時趕到作戰現場。役後葡萄牙人將俘獲的叛軍船隻交給廣東總兵。此役生擒叛軍612人，斬首不計。葡萄牙人殲滅叛軍的勝利對葡萄牙使團進京和耶穌會士進入中國內地傳教之事產生了積極效果，總兵答應將此事上奏皇上，並免一年抽分。然此承諾“非出巡撫意。已夷平賊，湯剿為己功，海道抽分如故。夷遂不服，擁貨不肯輸稅。省城官謀困之，遂阻道不許運米麵下澳。夷饑甚，乃聽抽分”。湯克寬這一次失信於澳門葡人事件，後龐尚鵬見到澳門葡人“詭形異服，彌滿山海，劍芒耀日，火炮震天，喜則人而怒則獸，其性素然也，奸人且導之，凌轢居民蔑視澳官，漸不可長”。正是湯失信於葡人之後，葡人不服的表現。澳門葡人因對廣東副總兵湯克寬免一年抽分的失信不服，還拒絕納稅。廣東總兵俞大猷乃上書兩廣總督吳桂芳稱：“用官兵以制夷商、用夷商以制叛兵，在主將之巧能使之耳。”並提出要以水陸軍各數千進攻澳門，將“恃功恣橫”的澳門葡人趁機剿滅，“以造廣人之福”。吳桂芳未採納他的意見。葉權：《賢博篇》附《遊嶺南記》。阿爾維斯：《澳門開埠後葡中外交關係的最初十年》，載《文化雜誌》第19期，1994年。埃斯科巴爾稱Ni Lao是中國人，15年來一直與葡萄牙人打交道，自己擁有兩三艘船，他是自願同葡萄牙人一起參加出征者。見羅理路(R. M. Loureiro)：《澳門尋根》附錄文獻之九若奧•德•埃斯科巴爾《評述》，第116頁。林老(Ni Lao)疑為林弘仲。俞大猷：《正氣堂集》卷15《集兵船以攻叛兵》。羅理路：《澳門尋根》附錄文獻之九若奧•德•埃斯科巴爾《評述》(澳門，1565年)，第110—125頁及《明嘉靖實錄》卷532嘉靖四十三年三月甲寅條，郭棐：《粵大記》卷3《海道澄波》。葉權：《賢博編》附《遊嶺南記》；陳吾德：《謝山存稿》卷1《條陳東粵疏》。龐尚鵬：《百可亭摘稿》卷1《撫處濠鏡澳夷疏》。俞大猷：《正氣堂集》卷15《論商夷不得恃功恣橫》。

嘉靖四十三年(1564年1月14日─1565年1月31日)安東尼奧•羅郎也(António de Noronha)出任葡印總督。 http://en. Wikipedia. org/wiki/List of colonial heads of portuguese India.

嘉靖三十七年(1558年1月20日─1559年2月6日)康斯坦丁諾•布拉干薩(Constantino de Bragança)出任葡印總督。http://en. wikipedia. org/wiki/List of colonial heads of portuguese India.

隆慶六年(1572年1月15日─1573年2月1日)4月19日，設廣州府南頭、廣海海防同知一員，駐紮於雍陌。為建關閘後主要盤查官員。後因稅監以市舶相臨，海防同知辭回省城，至萬曆末議定，海防同知仍駐雍陌。海防同知的設立主要是加強明政府對澳門的管理，其職責是“會同欽總官訓練軍兵”，對從水陸兩路出入澳門的“番舶”和“番人”“嚴加譏察”，還要協助管理澳門的稅務工作。《明穆宗實錄》卷68，隆慶二年三月癸巳及田生金：《按粵疏稿》卷3《陳海防疏》；參見湯開建：《明朝在澳門設立的有關職官考證》，載《澳門開埠初期史研究》，第185頁。