澳葡官員對清政府駐澳機構進行挑釁事件。1747年（清乾隆十二年），粵海關澳門關部行台修建了新的海關柵欄。新上任的澳葡總督梅內澤斯（Antonio José Teles de Meneses，《澳門記略》等中國史籍譯為“若些”）是一個蠻不講理的殖民主義者，他派出一批黑奴，將中國海關官員為關部行台修建一新的柵欄全部推倒。清駐澳官員十分憤怒，要求澳葡當局予以重建。梅內澤斯不顧澳葡議事公局的勸諫，不但不同意重建，還揚言與中國軍隊進行較量。駐澳官員準備稟報兩廣總督，以便採取制裁措施。澳葡議事公局深知後果嚴重，不顧梅內澤斯阻撓，多次向駐澳中國官員道歉，還贈送貴重禮物，並以堅固材料為關部行台重建柵欄。至此，這一事件得以基本平息。

1849年（清道光二十九年）6月7日，來澳門度假的香港中學教師、新教徒薩默（James Summer）在觀看基督聖體節盛大的宗教遊行時拒絕脱帽致敬，亞馬留將其逮捕。第二天英國海軍高級軍官亨利‧凱帕爾（Henry Keppel）及斯坦夫利（Staveley）等求見亞馬留，要求釋放薩默，亞馬留拒絕。凱帕爾決定趁亞馬留離澳時，發動突然襲擊。他命令“摩安特”號軍艦的海軍陸戰隊分乘幾艘小艇在南灣登陸。分兵兩路，一路進攻市政廳的警衛室，解除衛兵的武裝；另一路直撲監獄，搶救薩默。整個劫獄行動，打死打傷葡兵共3人。這次事件一度導致英、葡關係緊張，後經葡萄牙方面一再抗議，英國政府同意向葡萄牙道歉，撫恤死者家屬，並對凱帕爾進行申斥。

葡軍攻佔中國陣地的一次戰役。1849年8月22日亞馬留被刺事件後，兩廣總督徐廣縉飛令香山縣加強澳門四周的軍事防衛，“以防西洋為變”。面對此軍事部署，葡萄牙人決定以武力還擊。8月25日上午10時，一支由25名士兵構成的小分隊，攜帶1門野戰砲，佔領關閘。11時，位於北山嶺村對面的拉塔石炮台轟擊關閘。當時，葡萄牙在關閘一帶集結的部隊共120人，3門火砲。因此，政務委員會下令派遣50名士兵，攜帶一門炮前去增援。雙方砲戰僵持至下午4點30分。此時，美士基打（Vicente Nicolau de Mesquita）自告奮勇，率領36名士兵，攜1門迫擊砲，決定佔領中國陣地，於是發生拉塔石炮台之戰。此役中，雙方裝備懸殊。據説，清兵守軍多達400人。但在葡軍的猛烈攻擊下，華軍陣亡百餘人，傷者不計。葡人退回關閘門時僅1人掛彩。澳門官員及各國公使在大砲台目睹了攻佔拉塔石炮台的全過程。

19世紀中葉澳葡當局武力鎮壓澳門居民的事件。1846年（清道光二十六年）4月，亞馬留出任澳門總督後，大力推行將澳門變為“絕對自治的殖民地”計劃，首先是解決在澳門的中國居民的管轄權問題。他將各中國店舖編立字號，向它們勒收房税、地税，向中國工人勒收人頭税，並準備徵收所得税。凡拒絕交納者，則處以刑罰，特別是他對停泊內港的中國民船強徵1元的税款，激起了中國船民的武裝抗爭。1846年10月8日早晨，一些中國帆船因未納税而被澳葡當局扣留。於是，有40艘帆船上的1500多名中國船民去攻擊澳葡市政廳，亞馬留下令衛戍部隊出動鎮壓，雙方相持激戰了一段時間，中國船民敗退。船民們退上船後，葡兵繼續向他們開槍射擊，大炮台和葡方兵船也開炮射擊，致使20艘帆船起火、沉沒，大批船民慘遭殺害。中國商民聞訊後，相繼罷市，停止供應葡人食物。亞馬留宣稱，各店舖如在24小時內不恢復營業，將命令大炮台用炮火夷平整個市場區。事後，雖有中國官員入澳調查這一慘案，但最終卻因清政府對澳葡當局節節讓步而不了了之。

1743年（清乾隆八年）12月3日，澳門華商陳輝千酒醉後在路上與葡人晏些嚧發生爭吵、鬥毆，後被晏用快刀戳傷致死。兇犯審訊招供後，澳葡當局自行收管。香山縣令王之正根據過去案例，即洋人犯罪如與華人有關，即由駐澳中國官員處理的規定，要求澳葡當局交出兇犯。澳葡當局一再拒絕，並聲稱近百年來犯罪的葡人俱在澳門懲治，如將兇犯交給中國政府，則違反了葡萄牙政府下達的禁令，又懇請中國官府允准他們仍在澳門處置這一案件。兩廣總督策楞經過會商後，決定同意葡萄牙人的要求，在司法上給予一些特殊照顧。通知澳葡當局，應當按照《大清律例》將兇犯絞死，並派廣州知府、香山縣令等會同澳葡當局在澳門執行。這一案件的處理改變了歷代在澳門“化外人有犯，並依律問斷”的法令，而變為“澳夷”殺害中國居民，“罪應斬絞者”，由中國地方官員在澳門會同澳葡官員將兇犯依法處決。後又在1774年乾隆敕令中得到明文規定，列入清朝律例。

鴉片戰爭後，葡萄牙政府和澳葡當局加緊對澳門地區的殖民擴張。亞馬留於1846年（清道光二十六年）4月21日抵澳門任總督，更加肆意踐踏中國政府在澳門的主權，拒交商税和地租，關閉中國在澳門的官署和驅趕中國在澳門的官員，強行拆屋挖墳，引起了中國人民的無比憤慨。香山望廈龍田村民沈志亮等人因先人骨殖被毁，於1849年8月22日與郭金堂、李寶、張根、郭洪、周玉和陳發等人經過周密的計劃，趁亞馬留於傍晚到望廈龍田村騎馬打鳥取樂之機，埋伏在距離關閘300米處，對其實施突襲，致其當場斃命。亞馬留的隨行副官也被砍傷，倉惶逃回澳門。沈志亮等人的英雄行動震撼了葡萄牙當局，他們立即對望廈等地居民採取報復，同時照會廣東政府嚴懲兇手。英、美、西等國領事館發表聲明支持澳葡當局。在帝國主義列強的壓力下，清政府屈膝妥協，將沈志亮殺害於前山，郭金堂發配充軍，並把亞馬留的殘肢交還葡方。香山和澳門人民厚葬沈志亮於前山寨城西門山坡（今前山鎮西門大街，山坡已毁），立碑“義士沈志亮之墓”，以誌欽敬追懷。

19世紀初，海盜紅旗幫在張保仔的糾合下，隊伍不斷擴大，已擁有600多艘帆船，8萬餘人。廣東官兵屢次出戰，常被打得大敗。兩廣總督百齡與澳葡當局都有合作消滅海盜的意願。1809年（清嘉慶十四年）11月23日，百齡派3名官員前往澳門，與澳葡地方長官亞利鴉架（Miguel Arriaga）會商。雙方訂立臨時協議，決定由澳葡當局派出6艘100噸以上的武裝船，在澳門至虎門一帶配合中國水師圍剿海盜，為期6個月；中國政府提供8萬兩銀子作為裝備澳葡艦隊的經費。協議訂立後，澳葡當局很快即組建一支由6艘武裝船組成的澳門艦隊。艦隊司令阿爾科弗雷多上校乘坐的旗艦排水量達400噸，載有26門火炮，160名船員。其餘5艘武裝船共有150多門火炮，近600名船員。英國東印度公司澳門公司還免費為該艦隊提供了大量武器和彈藥。這支澳葡艦隊遂成為一支戰鬥力相當強的海上力量。

1910年（清宣統二年）葡軍殺害路環島村民的事件。路環是澳門半島南面的一個小島，原名九澳島，在十字門的入口處。早在1864年（清同治三年）葡萄牙人就佔據路環島上的荔村灣，在那裡建築炮台、駐軍防守。島上這時僅有居民1900多人，全以捕魚為生。1910年7月初，廣東新寧、開平發生教案，10餘名天主教徒子女被困在路環島上。教民先稟告兩廣總督袁樹勛，袁因“澳界尚未勘定，不便派兵往緝”而遲疑。教民又向澳門主教求救，澳葡當局即以此為藉口，以“剿匪”名義派軍隊進攻路環，島上居民武裝自衛，擊退葡軍3次進攻，打死葡方官兵數人，並奪回炮台。澳葡當局立即又調軍艦炮轟路環，一連幾天，島上居民得不到支援，最後失敗。8月4日，葡軍登陸，縱火焚燒九澳全鄉，村民數百家家毀人亡。有一艘逃難的村民船，被葡軍追逐擊沉，船上38人全部喪生。路環慘案發生後，全國人民無比憤慨，紛紛要求政府廢除條約，收回澳門。清政府鑒於群眾強烈要求，遂派駐法大使劉式訓赴里斯本，再次提出劃界談判問題，但此事最後不了了之。

1801年（清嘉慶六年），廣東雷州、瓊崖一帶受海盜滋擾，清政府派出軍隊清剿。澳門葡萄牙人主動向清朝提出，願意派兩條艦船，協助清剿海盜，同時附帶9項附加條件，其中主要有：①自關閘至澳門外圍島嶼由他們“專揖奸匪”，驅逐外國夷船灣泊；②驅逐在澳門的華人閒游匪徒出境，而在澳貿易營生華人，富有者才准留居澳門；③對華夷債務，由他們拍賣負債者的貨物清償；④澳門華人一般案件由他們處理；⑤華人殺夷人，罪犯要在澳門明正刑典。香山縣知縣許乃來認為，澳葡當局的要求完全是借機訛詐，遂予以嚴詞拒絕，並對他們的要求嚴加駁斥。