媽閣廟的建築，大體可劃分為三組。第一組：山門、牌坊、石殿、弘仁殿等，第二組：圓門、正覺禪林及其周邊建築，最後是位處地勢較高的觀音閣。

媽閣共有二十四首石刻詩，作者分別是：林國垣、康健生、張道源、許敦元、西密揚阿、趙同義、趙元儒（四首）、張玉堂（兩首）、黃恩彤、潘仕成、暢瀾（兩首）、釋碧漪、陳詞博、遂昭、朱壽年、列贊雄、梁進輝、布衣，以及佚名作者一首。他們的身份包括：蒞澳的清朝官員、旅澳的騷人墨客和寓澳的僧道，也有澳門本地的名人才子。這些詩作的寫刻時間，始於清乾隆三年，終於民國年間。

在中國古代遺存下來的刻辭中，碑刻佔有重要的地位。碑刻常見於山川名勝、陵墓、宮殿、寺廟、園林等古建築，是中國古代建築的重要組成部分。其中，又以宗教寺廟碑刻，在碑刻中佔有極其重要的地位。從建築藝術的角度而言，碑刻也是一種建築要素，與建築物互相依存。從歷史文化的角度而言，碑刻與建築物互不分離，是記載建築歷史、保存和傳播建築文化內涵的特殊載體，具有重要的文化價值。

媽閣是遊人必到之處，其所嚮往者，蓋非廟宇建築，而是景觀：殿觀疊架的佈局、錯落有致的山林廟宇景致。與此同時，國人亦偏愛留墨於媽閣，最直接的證明，莫過於媽閣的山石題刻：摩崖、石刻題詞與石刻詩。

神舟奇蹟：媽祖閣內，天后殿前，素來供設一艘小帆船，舵長數尺，桅几三枝，錨舵齊全，蓬艙畢具，張帆繫纜，形狀精緻，梢翁篙手，眉目玲瓏，直類一龜大眼雞船模型，為中國之古式海舶。當年天后附航來澳，即乘此種帆船也。而洋船石上所刻之圖樣，故亦作如是式矣。蓋媽閣天后殿前該艘小神舟，在舊日也曾有過一番奇異事蹟。溯每當年年三月二十三日天后神誕，於誕前三天之早晨，則媽閣廟諸值事，例必焚香燃燭，親臨江邊，將此小神舟，送放落海中，任其飄流泛去。該小船雖是無人駕駛，但隨波逐浪，漸漸就不知浮到何處耳。經過兩日，事果神奇，該小船竟在天后誕前一天，必定安然飄流回媽閣岸邊，屆時諸值事又在海傍陳設香案，恭迎小神舟回廟內，如舊供奉。據說此舉，乃天后駕船往接大舅(她的哥哥)，同來共慶誕辰云。而媽閣廟值事對於此舉，從來皆如是進行，該小船未嘗有傾覆或失蹤者。惟至距今約五十年前，曾有一次該小船在海上飄浮時，被一洋船水手看見，愛其靈活精緻，背人將其撈去，至是該小船迺告遺失。而媽閣廟值事嗣後亦以外賊難防，遂罷此舉，只得依樣再做回一艘小神舟，仍供設天后殿中，聊資紀念耳。該小神舟之已往奇蹟，據現在之老於澳門者，尚有不少人曾親見其事，津津樂道之。但其何以能自然往返，及從未失蹤，今試從科學辨證之：大概自小船被放落海中後，浮泛在水面，即人或見之，但以崇信天后，故決不敢干擾及之，不慮有遺失矣。小船跟隨潮水退去，自然會隨看潮漲回來，在迷信時代之人看來，就以為神奇也。

天后誕辰：閩粵人士，以農曆三月二十三日為天后寶誕。澳門媽祖閣亦例於每年是日前後數天，盡量點綴，張燈結線，搭棚演戲，笙歌酒讌，備極熱鬧。而居澳之漳州、泉州、潮州等人士，則例必於事前拈鬮，分訂於三月二十二日、二十四日、二十五日三天，各自設筵備牲，蒞廟賀誕。唯二十三日則為闔澳及上述三州人士共同慶祝。是日本澳之林族西河堂，定備亭色頂馬，金豬鼓樂，巡街而至，蓋以天后為林氏女也。更有一些天后神會會友，亦皆如是，往往有十餘隻金豬隨行者。查舊日到廟賀誕之燒豬，每逾三四百隻之多云。而海上漁民，以天后為海神，故對天后誕，更為高興。當澳門漁業興盛時期，媽閣海面，帆檣千百，密泊如織。蓋漁船出海捕魚，雖至遠亦必歸來賀誕，燈籠串炮，囑目喧鬧。每當誕日午時，所有洋船汽艇，經過媽閣海面廟前，定必鳴笛致敬者，在卅年前，廟前空地，搭一大棚演戲，男女左右分座，舞台則架於海中，台前正中廣場，為羣衆免費觀劇處。所演皆為第一名班，當誕辰之清早，各大佬信必須粉墨袍笏，入廟賀誕。在殿前演“八仙賀壽”，及“加官”“送子”等劇。至廿四日，又為戲班中田寶二師寶誕，是晨例演“香花山大賀壽”，大撒金錢，觀衆爭拾，熱鬧非常。天后誕前後，常有暴風雨者，謂為接大舅。曾有一次，在光緒三十二年(一九零六)，於演畢大賀壽後，颶風猝至，海水暴漲，雖戲棚傾塌，但觀衆只濕衣裳，無一受傷者，衆皆認為天后靈聖所致，誠倖事也。後來自從葡當局在廟前建築一號碼頭後，搭大棚演戲之舉乃輟。近年只有在廟內空階，稍蓋葵篷，點演小劇團，聊申慶祝耳，神誕之熱鬧，已大異當年也。

媽閣廟建築群的最後一座，是位於山頂的觀音閣。其始建年代未知，唯清嘉慶年間（1796－1820年），香山詩人吳啟苞遊覽媽閣廟後，撰有《遊阿媽閣觀音亭》詩。由此推測，應該不晚於嘉慶一朝，媽閣廟已有名為“觀音亭”的建築。

在早期藝術作品中的媽閣廟，即便其重點描繪對象是廟宇，亦多旁及建築物周邊的山體、林木、空地甚至水體，可以反映出媽閣廟作為一個藝術題材，所指並非單一的廟宇建築，而是一個場景或景觀——媽閣景觀。這是媽閣廟作為園林式廟宇的建築特色所在，即其建築既為廟宇，亦為園林。前者主體為山門、牌坊、石殿、弘仁殿、圓門、正覺禪林、觀音閣，後者則是山體與摩崖石刻，兩者在觀感上構成一個整體。