澳門所在的嶺南地區自古就是傳染病的高發地，被歷朝歷代稱為“瘴癘之地”。1820年全球第一次霍亂大流行波及澳門，澳門開始有相關瘟疫的文獻，期後的兩百年間，澳門經歷了眾多的傳染病肆虐，霍亂、鼠疫、天花、麻瘋、愛滋病、肺結核等不同的瘟疫，奪去不少人的性命。

從2020年1月21日應變協調中心成立開始，記載着澳門三年間抗疫的每個關鍵時刻。

同治元年（1862年1月30日─1863年2月17日）衛生局長盧西奧‧施利華醫生關於本年霍亂流行的報告稱，此次霍亂在澳門造成了很多人死亡。當時有28名華人接受葡萄牙醫生的治療，其中12人死亡，占43%。然而有328名華人接受郎中治療，死亡人數只有73人，百分比為22. 2%。阿馬羅：《澳門醫學：名醫、藥房、流行病及醫務治療》，載《澳門史新編》第3冊，第1005頁。

萬曆四十五年（1617年2月6日─1618年1月25日）澳門仁慈堂修訂管理章程。龍思泰：《早期澳門史》第4章，第52頁。

康熙十三年（1674年2月6日－1675年1月25日）3月27日，方濟各會中國教區會長文度辣神父在澳門寫信給在馬尼拉的塞巴斯蒂昂·羅德里格斯（Sebastião Rodrigues）神父稱：“艾腦爵神父和方濟各會傳教士、聖家辣修道院的修女一起，堅守貧困，堅持醫療工作。我要不是有病在身，也想和他們一起參加救助工作；因為這裡的醫生醫療方法極不科學。”。Manuel Teixeira, Macau e n Sua Diocese, Vol. 3, p. 495.

光緒十一年（1885年2月15日─1886年2月3日）澳門中學教師高斯華（José Gomes da Silva）完成了《澳門衛生報告》，該報告非常詳細地報導了當時澳門的衛生情況，特別是對沙崗和新橋區的衛生情況進行了深入的報導。該報告首次附錄了澳門植物的目錄，並收集了300多種植物標本。在當年的霍亂爆發時，他毫無種族歧視和科學家的傲慢，邀請了一位本地郎中來幫助他一同抵禦霍亂，而且，這位郎中起了十分重要的作用。當時，正值“印度（Índia）”號輪船駛抵澳門，船上有霍亂患者，這位醫生隨即下令在二龍喉、劏狗環、東望洋炮台及青洲錨地設立隔離棚，隔離霍亂患者，避免此疫在澳蔓延。他還在其供職的學校內成立了一小型自然歷史博物館，展出礦石和動物標本，並搜集當地植物製作標本。這些標本現存於科英布拉大學植物學院。阿馬羅：《澳門醫學：名醫、藥房、流行病及醫務治療》，載《澳門史新編》第3冊，第996頁。

嘉靖二十五年(1546年2月1日─1547年1月21日)耶穌會士保祿•卡梅爾特(Paulo Camerte)在聖信學院附近建起了一座貧民醫院(Hospital dos Pobres)，以治療貧窮的印度教徒，也有專門的地方收留痲瘋病人。 Leopoldo da Rocha, As Confrarias Goa, Séculos XVI—XX, pp. 80—81，轉自董少新的《形神之間——早期西洋醫學入華史稿》，第41頁。