考古學是一門通過對古代人類在各種活動遺留下來的實物，研究人類古代社會歷史的學科。在澳門，考古工作自1972年開展至今，開展了規模大小不一的多次考古發掘工作，其中，聖保祿總院遺址在2010年至2012年開展的考古發掘中出土了大量克拉克瓷，印證了澳門歷史上瓷器貿易的繁盛，也引發人們思考這些考古發現和聖保祿總院的耶穌會士之間存在的聯繫。

很多地方都流傳著秘道的都市傳說，例如香港禮賓府的秘道、台北圓山飯店的密道等。當然，澳門也少不了自己的秘道傳說，當中最廣為流傳的秘道在澳門的地標——大三巴牌坊。

大三巴牌坊，即聖保祿教堂燬後所遺留之門闕，其造型為意大利教堂格式，迺歐洲中世紀盛行之建築樣式，與西班牙型接近，是文藝復興時期之建築，和東方藝術混合構成者。故其絕不類似葡萄牙之建築物，而多仿巴西及葡屬各殖民地之建築形式。聖保祿教堂之建築設計者，迺士扁奴刺神甫。來自意大利，曾認識羅馬之耶穌會教堂“謝薩”(The Church Gesu)。其或以謝薩堂之圖則為藍本，配合當年逃難來澳之日本教徒中建築家、藝術家等意見，參雜多少日本色彩，遂建成此一座東方之天主教代表建築物。該牌坊之門面，是一幅具有雕刻裝飾，可分為五層圖案建築面。完全為花岡巖砌成，有四種不同式之石柱，用幾何式長方形石礎互相支撐，並嵌以各聖神之銅像。各銅像及頂層之銅鴿，皆為當時澳門有名之波加勞鑄炮廠所造，門前有石級一幅，亦可分為六層，每層有十一級，連上下合共有六十八級。兩傍有石欄干，其最上層和最下層皆作平台，用長石鋪砌。門前有中國式之石圍杆夾一對，現已失其一矣。整個牌坊分作五層，茲逐層分述於下。牌坊之底層，為入門處。有門一道。間以較粗大之伊安匿式(愛奧尼亞式)(Ionic)石柱，分作四排。正中門較闊大，門楣上刻有聖母(Mater Dei)二字，兩旁之門，其門楣亦刻有耶穌會簡寫之(I.H.S)三字母。[1] 牌坊之第二層，亦有石柱十枝，皆作羅馬建築藝術之可連特式的(科林斯柱式)(Corinthian)，與底層之石柱相連系，但較為幼小耳。互相間隔，有窗戶三，居中者較大，但各窗框，已燬滅無存矣。另有石龕四個，各立耶穌會之聖人銅像一尊。但根據羅馬教堂慣例，其教會之首創人像，應立於入門之上方處，故該堂初建原意，本欲鑄聖保祿(St. Paul)及聖彼得(St. Peter)二人之銅像，置於第三層之突出處者。後因當時欠缺經費，致未能照辦。牌坊第三層之正中石龕內，置有聖母銅像一尊。兩傍有石柱六枝，皆屬聯合式(Composite)雕逐工精。其餘竪立堂頂者，皆為多力式(多拉克)(Doric)之簡單石柱也。牌坊之第四層，亦有聯合式石柱四枝，柱身較為粗壯，蓋所以支撐頂層也。正中石龕內，立耶穌基督銅像。兩傍另有聖保祿及聖彼得二人石刻浮雕，此二像本該用銅鑄成，置於第二層之重要地位者，但為節省金錢計，故改用石刻浮雕而置於第四層。其二人拉丁文名聖保祿(St. Pavlo)及聖彼得(St. Pedro)兩字，則分刻於兩傍最開之柱躉上，此顯然出於勉強。牌坊之頂層，為一二等邊三角形面。邊沿作歌匿士式(Cornice)之線條。正中鑲銅鴿，頂端堅一十字架，兩傍各立飭柱兩枝，狀頗巍峨。牌坊由第三層至第四層之內壁，有一暗道相通，可達頂端者，作為清潔各層時之通路。其暗道在聖母像和耶穌像之後側，不易被人發現。牌坊之地底，築有隧道兩條。一條上達大炮台，另一條下通至關前街之李家圍內。現今該隧道之出口，仍然存在。但已被封閉，不得進內耳。蓋當時澳門治安不足靠，搶劫者有之，仇教者有之，故耶穌會士，築此隧道以防不虞，收藏財寶，及遇有意外時，預作逃避後路也。查該隧道，早在小型教堂時期已設備。當一五九五年第一次火災後，澳門代權官傳列打士所著之《澳門憶述》中，曾紀錄其事。不過當年之隧道，只屬略具規模，後再擴大，竟通至李家圍耳。惟後世一般謠傳，更誇大其說，或言該隧道可通至東望洋燈塔；或謂其可通至青洲教堂；更有說其可達對海氹仔路環者，此皆不足信也。又傳其中藏寶甚夥，都屬憶說，蓋無人能進內探其究竟，至今尚屬一個謎。據葡人蒙特托朱沙士之“澳門史”所載：“當一七六二年耶穌會士被逮解離澳門時，皆是孤身無物。想其財寶早已安排處置妥當者。假使果真埋藏隧道內，亦當被其後來遷徙耳。蓋事後之耶穌會士有化裝潛逃返澳者，且其中一人竟於一七七五年被選為議事局員，雖然後卒敗露被斥。”大三巴牌坊，無論其傳說如何神秘，建築如何危岸，而香港大學工程科之師生和職員，曾於一九五二年六月同到澳門，對此大三巴牌坊，作過一番精密之測繪研究，當時搭棚探討，攝影製圖，對其建築，已有詳明之理解。

大三巴牌坊屹立在空中，俯視着澳門的土地。它是一座教堂的前壁，青蒼斑駁，巍峨壯觀。歷史的風雲從它身上掠過，東西的文明流經這裡匯合。滄桑巨變，歲月流痕，然而，它身軀猶健，神采依然，以無可質疑的資格，向世人展示着這座東方小城四個世紀的傳奇、風貌和精神。

萬曆三十一年（1603年2月11日─1604年1月30日）12月24日，新聖保祿教堂正式落成。教堂有160掌長，84掌寬。正面3座大門朝南洞開。石砌牆壁約50掌。堂身依三路伸展構成3個祭堂，即一個主堂及兩個側堂。數個祭堂沿教堂兩側排列，後部左右兩翼各有一祭壇：聖靈壇與聖米格爾堂。聖堂供奉《聖母瑪利亞升天圖》。主堂長62掌，寬44掌，唱詩壇旁擺放兩台風琴。教堂旁還建有一座鐘樓，其大鐘是由後來法王路易十四（Louis ⅩⅣ）贈送。1637年到澳門的英國旅行家彼特•芒迪（Peter Mundy）參觀該教堂後稱：“教堂屋頂是我見過最漂亮的拱形建築。中國人巧奪天工，木制雕刻以新奇古怪的紅、藍等色彩勾畫得美輪美奐。整個穹窿為若干四面體，而每個四方形之間以巨大玫瑰花和綠葉重疊相連。”教堂工程由瓦倫廷•卡瓦略神父主持，設計師為卡羅斯•斯皮諾拉（Carlos Spinola），但斯皮諾拉卻未看到自己設計的成果，於1602年7月就已經赴日傳教，他在澳門停留僅1年10個月。Maria Regina Valente, Igrejas de Macau, pp.15—17.Domingos Maurício Comes dos Santos, Macau, Primeira Universidade Ocidental do Extremo-Oriente, pp.14—15.梅迪納：《澳門大三巴教堂建築師》，載《文化雜誌》第21期，1994年。

崇禎十年（1637年1月26日─1638年2月13日）聖保祿教堂正面石壁（俗稱大三巴牌坊）建成。該石壁全部以花崗石建造，並以耶穌式的畫面展現出時代風格，其裝飾手法相當古樸且具有一種協調有序的想像力和象徵力，包含有西方巴洛克（Baroque）風格與東方形象技巧相結合的種種成分，從而在外來與原有的結合之中，使葡萄牙、中國及日本的各種風格相互交融。該石壁無塔樓，由三排立柱將整個牆壁以縱列分為三塊。中間部分最高，且分為四層，另外兩部分分列兩旁。四層石柱呈疊式排列，底層為愛奧尼亞（Ionic）式結構，其他為混合式。上部正中哥林多（Corinthian）式柱漸縮成一三角形塔狀牆。有一銅柱鴿形物象徵聖靈。周圍四星環繞。右邊為太陽，左邊為月亮。石柱完整而與牆壁脫離，僅起裝飾作用。下部幾幅浮雕和壁龕擺放著塔瓦列斯•布拉嘉（Tavares Braga）設計的銅像，構成石壁裝飾的組成部分。整個建築整體頂部有一方尖物，中間石砌托座上豎有拉丁十字架。聖保祿教堂正面牆壁由三大部分決定了它的整體構成。第三層為聖母瑪利亞雕像。她站立在壁龕內，四周被玫瑰和百合花環繞，象徵純潔，六個天使分列兩旁對聖母表示無限崇敬。再向兩邊，左面是生命之樹，一條七頭龍被踩在聖母腳下，一幅骷髏及一柄劍，象徵死亡；右面三個天使身後是生命之泉，一艘迎風破浪的船在海上幸運之神的保護下航行。一個被征服的魔鬼頭顱及一個女人身體。正門上方是關於聖母的石刻題字“MATERDEI”，其周圍有花環繞。正門第二層及第四層還展示了其他一些雕塑品。如就置於中部壁龕的基督像，周圍環以百合花和菊花及其喜愛的器具。第四層是耶穌會的一組聖像。右邊是耶穌會的締造者聖依納爵（S. Inácio）和聖德波雅（S. Deborjal）；左邊是聖沙勿略和聖劉易斯•貢沙加（S. Luís Gonzaga）。嘉爾定（António Francisco Cartim）神父於1644年寫的著作中還提到另外兩座塑像，即聖彼得和聖保祿（S. Paulo）。這兩座雕像可能列入該石壁的最初修建計劃，但始終沒有付諸實現，僅僅是把他們的姓名刻於第二層兩側方尖形石壁銜接處，這表明當時確有將該聖像納入石壁裝飾的設想。教堂門外是一意大利石砌台階，寬8. 1米，共68級，以精心雕琢的石條整齊有致地鋪設於教堂前地。Maria Regina Valente, Igrejas de Macau, pp. 12—19. 很多學者認為石壁前的石階為1640年建，然1637年在澳門的芒迪稱：“教堂有一個新的美麗的前壁，通過許多台階可以登上它寬大的斜坡。”（Peter Mundy, The Travels of Peter Mundy in Europe and Asia: 1608—1667, Vol. 3, pp. 162—163）.

萬曆八年（1580年1月16日─1581年2月3日）由於耶穌會天主之母教堂是用稻草搭蓋的屋頂，而當時常有華人放火燒房子，故耶穌會副省會長佩德羅•戈麥斯（Pedro Gomes）神父下令給教堂加蓋瓦片，並給教堂的地面鑲上木板。城市派來了許多奴隸，熱火朝天地幹起來，工程很快便結束了。Monumenta Historica Japoniae por SCHÜTTE, Josef Franz, S. J. , ed. lit. ; RUIZ-DE-MENDINA, Juan, S. J. in Japoniae Informationes 1549—1654/proposuit Josef Fraz Schütte S. J. , 1975, p. 386. 及Domingos Maurício Gomes dos Santos, Macau, Primeira Universidade Ocidental do Extremo-Oriente, p. 7.

萬曆三十年（1602年1月23日─1603年2月10日）聖保祿教堂重建奠基，由佩德羅•卡瓦略神父主持。這次重建的奠基石碑至今猶存：Virgini Magnae Marti Civitas Macaensis Libens posuit An. 1602. 意思是：1602年澳門市民為童貞天主聖母所建。聖保祿教堂1602年奠基碑文，轉自郭永亮：《澳門香港之早期關係》，第55頁。