圓門是正覺禪林靠外的門，由磚石所砌成。正立面縱分為五部分，中間高兩邊低。琉璃瓦頂，船狀屋脊上裝有瓷製寶珠。飛簷畫壁，簷下是三層象徵斗拱的泥塑花飾，斗拱上有寶塔。門牆飾有陶瓷浮雕，色彩亮麗。兩側裝上石雕通花窗，屬閩南風格。因中央開有圓洞，故稱“圓門”。圓門是繼山門之後，媽閣廟的又一門面。最早亦最受矚目的一幅“圓門”存世畫作，當屬博爾傑的《澳門媽閣廟街景》（1840年），畫中所繪的是博爾傑站在今天海事博物館側門處望過去的媽閣廟全景，線條勾勒細膩，頗有質感。其中呈現出圓門的華麗與氣勢，猶勝目前。1844年，埃迪爾在澳門進行攝影，當中有兩幅媽閣廟作品，除上述已提到的山門外，就是圓門了。

除建築本身外，圓門門匾的“萬派朝宗”，以及門聯：“春風靜，秋水明，貢士波臣，知中國有聖人，伊母也力；海日紅，江天碧，樓船鳧艘，涉大川如平地，唯德之休。”同樣予人氣勢之感，且聯語風格尤其獨特。聯語不僅字數較多，還有一種敘事角度，一種疑似“他者”的眼光與口吻。“伊母也力”語，“伊”表示第三人稱，相當於“其”或“彼”；“力”是名詞，既指能力、力量，亦可作“治功”解（《周禮》云：“事功曰勞，治功曰力。”）。“也”通常為語末詞，置於句中一般為語氣助詞，用作停頓，或用以分隔主語和謂語，無實際的含義。如《論語．先進》：“柴也愚，參也魯，師也辟，由也喭。”這是孔子對高柴、曾參、子張、子路四位門生的評點，“柴也愚”即“柴愚”。同樣地，“伊母也力”即“伊母力”。聯文之所以作“伊母也力”，蓋為與下聯“唯德之休”對仗。“休”有美善、美好之意，“之”同樣是虛詞。至此，“伊母”是誰，呼之欲出，就是中國的“聖母”媽祖。

至於媽祖之“力”（治功），則是“春風靜，秋水明，貢士波臣，知中國有聖人”。前兩句不難明白，後兩句猶可斟酌。首先，“中國有聖人”指的是哪一位？中國歷代封聖者甚多，聖人不過是泛指賢德之士，因此所謂“知中國有聖人”，相當於說須知中國為禮儀之邦。然既謂“知中國有聖人”，則“知”的主語，蓋為外邦者。但主語卻是“貢士波臣”，古稱水族為“波臣”，仙凡有別，故以水族為外邦，尚且可通；但“貢士”卻是指科舉會試及第者，似與外邦無關。暫且不言“貢士”、“知中國有聖人”語意之怪，這又與媽祖有何關係？不過可以肯定的是，此聯意在頌揚媽祖功德。但是如何能夠連接二者呢？容或先讀下聯。下聯語意相對明確，所述盡是海事，但如何對應上聯，矛盾所在還是“貢士”。其實，以“貢士”作“貢使”解，為朝貢使者，則“貢士波臣”涵蓋了人間他界來中國的朝聖者，聯語意理即可通暢，亦甚切題。此聯別出心裁，以旁觀者的視角，將媽祖的功德以及國人的感念，描繪得歷歷在目，寫景中有敘事抒情，取材恰當中旨，具詩意的意涵，且對仗工整，實為佳對，亦為圓門增色不少。

正覺禪林是媽閣廟的大殿（又稱正殿）與禪房，又稱正覺禪院。目前所知，博爾傑應是最早繪畫正覺禪林的西洋畫家。除上文提到的《澳門媽閣廟街景》外，還有《媽閣廟正殿前》（1842年）。畫作勾勒了廟宇內外人群熙來攘往的生活場景，予人一種真實的現場感；而描畫的正覺禪林，則是座具有相當規模，且裝潢講究的神殿。博爾傑於19世紀30年代末來華，曾在港澳和廣東一帶作畫。雖是過客，但他卻甚為鍾情中國的風土人情，歸國以後自選了三十二幅繪於中國的畫作，製成石版畫，編成了名為《中國和中國人》（La Chine et les Chinois）的大型畫冊，並於1842年在巴黎出版。同批作品又被製成油畫，曾由法國國王路易斯．菲利普一世收藏，現藏於法國布爾日市貝里博物館。而《澳門記略．娘媽角圖》則提供了正覺禪林的前期形態，從中可以看到，其時正覺禪林的形制較為簡單。除院落式四架樑的建築結構與今相同外，卷棚式屋頂的側廊、鑊耳山牆以及圓門等，這些相對講究且突顯建築重要性的部件，似皆未見。據此，或可想像當時的正覺禪林，不過是一組普通禪房，並不太具特色。

據廟內碑刻所述，從19世紀40年代起，澳門閩南社群表現出較強的經濟實力，並且大力捐助媽閣廟擴充規模，其中以漳興堂、泉敬堂尤為突出。道光、同治年間，兩堂常以巨款或房產捐資媽閣廟。後來兩堂更利用餘款，在正覺禪林內合資開辦一所免費學堂“漳泉義學”，援助失學的澳門華童。民國時期的澳門導遊書《澳門遊覽指南》對此亦有所記載：

遞至今天，正覺禪林毫無疑問是最有氣派的媽閣廟建築物。其正門應為靠內的、面向石殿的那道門，而非圓門。該門在氣勢上雖稍遜圓門，但自有特色。如牆壁築有象徵防火的“鑊耳”，匾聯俱備。匾額為名牌“正覺禪林”，下刻對聯“靈威昭於日月，震旦闢此乾坤”。其中的“震旦”是指東方日出之處，可以借代中國。大殿之內，大殿正中供奉媽祖，左右為韋馱菩薩和地藏菩薩，均為金身。殿門兩側左鼓右鐘，皆為禮器。還懸有五副木刻聯：①“天道本無私，諸君到此恭求，善事須行一二件；后德甚靈顯，小子曾來禱告，神簽明示兩三番。”②“惟后以巾幗綏猷，赤手挽瀾，能令海若效靈，恩週寰宇；愧我藉火輪利涉，丹心盟皎日，深感慈雲擁護，穩渡重溟。”③“普濟仰蓮臺，萬千變化；英靈傳海國，遐邇帡幪。”④“南海香兮，澤播蓮莖開澳表；東洋蹟著，恩流濠鏡自閩中。”⑤“聖德齊天，恩流鏡海﹔母儀稱后，澤沛蓮峰。”另有木製牌匾逾十方，譬如“福地重光”、“猶眾人母”、“光耀大千”、“神恩永護”等。聯匾所撰，旨在褒陳神明聖德隆恩。最後值得一提的是，過往因大殿主體為木結構建築，故屢遭祝融之災。但大多無損神像，使媽閣廟更顯神靈，信眾更廣。