萬曆十一年（1583年1月24日─1584年2月11日）艾雷斯•米蘭達複任澳門地方兵頭。弗蘭西斯科•卡布拉爾（João Francisco Cabral）神父出任澳門聖保祿初級學校校長。 施白蒂：《澳門編年史：16—18世紀》，第209頁。李向玉：《漢學家的搖籃：澳門聖保祿學院研究》，第95頁。

嘉靖二十年(1541年1月27日─1542年1月15日)4月7日，受葡萄牙國王若奧三世的委託，耶穌會總會長羅耀拉決定派遣耶穌會創始人之一彿蘭西斯科•沙勿略率領第一支遠征隊乘“聖地牙哥(Santiago)”號船從里斯本出發前往印度和遠東，開始了耶穌會長達200年在東方和其他地區的傳教歷史。與他同行的有新任葡印總督卡斯帕爾•索薩(Gaspar de Sousa)及米切爾•保祿(Micer Paulo)、彿郎西斯科•曼西略斯(Franciso Mansilhas)、狄奧戈•羅德里格斯(Diogo Rodrigues)等3位會士。施白蒂：《澳門編年史：16─18世紀》，第8頁。

萬曆十八年（1590年2月5日─1591年1月24日）7月21日，范禮安率領的日本天正遣歐使團回到長崎，並將澳門印刷所中的印刷機帶去日本。這台在澳門停留了兩年的印刷機原本就是范禮安為日本耶穌會準備的。1578年12月1日范禮安在果阿寫信給埃武拉大主教特托尼奧•布拉干薩（D. Tetónio de Bragança）稱：“我已命令運來印刷機，我自己會帶去日本，以便在那里印刷適宜日本使用的書籍。”在運往日本之前，范禮安神父命令孟三德神父將他在航途中用西班牙文編纂《天正遣歐使節記》一書書稿譯為教會內部通用的標準拉丁文，並在澳門印刷出版。馬愛德：《范禮安——耶穌會赴華工作的決策人》，載《文化雜誌》第21期，1994年。Manuel Teixeira, Macau e a Sua Diocese, Vol.3, p.310.泉井久之助：《天正遣歐使節記：解說》，第713—715頁，轉自戚印平的《澳門聖保祿學院新探》（澳門文化局2006年獎學金項目，未刊稿），第7頁。《天正遣歐使節記：解說》認為《天正遣歐使節記》是澳門印刷的第一種書，其實在1588年還重印過《公教兒童教育》一書。

崇禎十五年（1642年1月30日─1643年2月18日）7月，在葡萄牙恢復獨立若奧四世登基的慶典中，澳門的華人基督徒街區和日本基督徒街區的慶祝活動尤為引人注目。來自廣場教區（十字大街）的華人基督徒一個團，在軍官和下級士官的指揮下舉行了閱兵式，還用自己的武器進行操練，精湛的射擊表演彈無虛發。日本街區（聖保祿街）的基督徒則於7日晚到8日晨間舉行了火把遊行活動。他們身著日本民族服裝，彈起弓弦和其他樂器，手持扇子，肋下掛著戰刀，踏著優美的舞步遊行。在慶祝活動中，華人基督徒的情緒最為高漲。博克塞：《16—17世紀澳門的宗教和貿易中轉港之作用》，載《中外關係史譯叢》第5輯，第91頁。

萬曆四十四年（1616年2月17日─1617年2月5日）聖保祿學院住校總人數為96人，其中神父44人，修士52人。李向玉：《漢學家的搖籃：澳門聖保祿學院研究》，第94頁。

順治三年（隆武二年/1646年2月16日─1647年2月4日）5月2日，澳門議事會接受本市47名有聲望的市民請求，決定將聖卡塔琳娜（S. Catarina da Sena）定為澳門城市的庇護神。 Manuel Teixeira, Macau no Séc. XVII, p.82.

萬曆四十五年（1617年2月6日─1618年1月25日）10月，澳門學院住校人數為92人，其中神父51人，修士41人。李向玉：《漢學家的搖籃：澳門聖保祿學院研究》，第94頁；高瀬泓一郎：《キリシ夕ソ時代の文化と諸相》，第357頁稱學院有耶穌會士42人，學生10人。

天啟四年（1624年2月19日─1625年2月6日）12月，葡萄牙耶穌會士小駱入祿神父因院長去了印度而代理聖保祿學院院長。高瀬泓一郎：《キリシタン時代の文化と諸相》，第328頁。