查善主教過身後，葡國本土醞釀仇教。1834年，政府下令驅逐所有會士離開澳門，沒收會產，主教職空缺十三年之久。1841年，教庭委任栢主教接掌澳門教務。栢主教是遣使會士，早於1802年來澳傳教，曾任聖若瑟修院院長。1845年卒於任內，任澳門主教僅四年。

施利華主教於1789年被委為澳門主教。1791年來澳。任內曾修葺主教公署、修院及多座聖堂，並開設收容所安置孤兒院及寡婦。因決意去除陋習，而觸怒本地權貴，其志未遂，憤然於1803年辭職，回葡退隱，逝於1830年。

查主教為方濟各小兄弟會士。1804年被委為主教，翌年到澳就職。任內設立濟貧基金，創辦天主牧羊修女會（至廿世紀初才關閉）。1824年，嘉辣會院毀於大火，查主教另覓會址安置修女。於1823年及1827年曾先後兩次被委為澳門政府政務委員會主席。1828年逝於任內，葬於大堂。

羅主教為方濟各小兄弟會士，於1739年被委為澳門主教，1742年來澳門履新。任內修葺主教座堂，設立紅衣會（教區參議會）基金，諭禁教友買賣奴婢。1750年回葡退隱，後於1764年逝於葡京。羅主教一生清廉，安貧樂道，死時身無長物。

明德祿早於1872年來澳工作，曾任修院院長及副主教，專責統管帝汶島教務，後於1884年被委為澳門教區主教。1885年創辦育嬰院。1886年起草葡萄牙與教廷之協定。1889年嘉諾撒修女接手管理聖羅撒學校。1890年，獲政府批准，重新聘請耶穌會士來澳，掌理聖若瑟修院。1897年，在帝汶島巡視教務時逝世。

1873年，蘇主教被委為澳門教區首牧，僅於1877年，到任視事。任內曾任修院院長，委任明德祿神父為副主教，管理帝汶島教務，並妥善安頓於1873年應邀來澳開辦社會服務之嘉諾撒會修女。1883年轉任葡國布拉干薩主教，逝於1887年。

羅主教為耶穌會士。1924年來澳。兩年後，往肇慶傳教，並曾任副主教。1942年太平洋戰爭時期，被委為澳門教區主教。任內特別照顧來自鄰近地區的難民，同時收容逃難來澳的司鐸及修女，亦分別創建會院、多所社會服務機構、重建修院新舍、購置南灣街屋宇為聖若瑟中學校舍。1954年辭職回葡退隱，1958年逝世，享年六十八歲。

黎鴻昇主教在澳門出生。於2001年3月20獲教宗若望保祿二世委任為澳門教區助理主教。同年6月2日（聖神降臨節前夕），在澳門主教座堂領受主教祝聖禮。2003年6月30林家駿主教獲准退休，按教會法典規定，由助理主教黎鴻昇接掌教區教務，成為澳門教區首牧。上任後，黎主教首先關注善用資源、培育信眾、神職人員與教友的緊密合作，繼續為人服務，並宣揚天國福音。

從1633年起，葡西兩國因離合戰亂，關係惡劣，影響任命澳門主教，其職位空懸幾達八十年。1690年嘉主教才被委填補該職。1692年來澳履新。那時因各地已紛紛成立教區，而澳門教區實際上只負責澳門及其鄰近地區教務。嘉主教蒞任後，於1698年設立紅衣會，擔任“教區參議會”之職務。1735卒於澳門，在位四十五年，葬於主教座堂。