鴉片戰爭後，隨着中國五大口岸的對外開放，東南沿海的貿易日益活躍，而沿海各省的中國水師在鴉片戰爭中損失殆盡，失去打擊海盜的能力。海盜活動十分猖獗，對中外商船造成嚴重威脅。這種形勢給澳門的葡萄牙人創造了一種新的職業——護航，他們在澳門大量建造護航快艇，開始為中外商船護航。澳門葡人建造的雙桅快艇，船體堅固、船速很快、載重量大多為50至100噸，最大為150噸，每條船上一般配備5名葡萄牙人，10名廣東水手，安裝西式火炮4至6門，最多達20門。海盜非常畏懼這種西式船炮，所以葡萄牙人的護航很受中外商民的歡迎。有時中國官員還僱請他們剿滅海盜。短短幾年中，澳門護航業發展很快。1851年（清咸豐元年），澳門護航艇為60艘，到1855年達到了200艘。後來他們採取向出海船一概發保護證、收護航費的辦法，向中國船隻勒收巨額保護費。有巨利可獲的護航事業，在一段時期內成了澳葡的重要行業。

特大颱風災害，1874年（清同治十三年）9月22日夜，一次罕見的特大颱風橫掃了澳門地區。港灣內大小船隻紛紛沉沒，岸上的房屋成片倒塌，花王堂受電擊起火，火光衝天，燒毁大量的房屋。據事後統計，在這場重大劫難中，澳門約有5000人死亡，2000艘漁船、貨船沉沒，還有包括花王堂在內的大批建築被摧毁，損失共達200萬元。因這一年是甲戌年，史稱“甲戌風災”。後來，澳葡當局為紀念這一重大自然災難的死難者，定9月22日為“天災節”。

兩個華人被葡萄牙士兵殺害一案。1748年（清乾隆十三年）6月某日晚，華人李廷富、簡亞二在澳門街上遊逛，被巡夜的葡萄牙士兵亞嗎嚧、安哆呢當作嫌疑犯加以拘捕。在押解途中，李、簡二人企圖逃跑，亞嗎嚧等竟將他們毒打致死。第二天，香山縣丞獲悉此事，便與澳葡當局交涉。而清楚該案詳情的澳督梅內澤斯（António José Teles de Meneses）卻將兩位死者的屍體扔入大海，並否認見過這兩個中國人，但有位知情的土生葡人佛朗哥（Franco）向中國官府告發了罪犯，海防同知張汝霖等便再次要求澳葡當局交出被害人屍體與兇犯。梅內澤斯不僅拒絕交屍、交犯，甚至拒絕中國官員審訊兇犯。於是，廣東大吏下令封閉關閘，停止對澳門的糧食供應，並命令中國居民離開澳門。在這種形勢下，梅內澤斯仍增兵修城，準備頑抗。梅內澤斯以應付突然事變為藉口，立即將兩名兇犯流放帝汶島。兇犯離澳後，澳葡官員只好以重賄來求平息這一事件。張汝霖因罪犯已經離澳，又收受賄賂，便向廣東巡撫岳浚謊報李廷富、簡亞二夜入亞嗎嚧、安哆呢之家而被殺死、棄屍，據葡萄牙法律，可判流放。這一案件就這樣草草了結，關閉20餘天的關閘又重新開放。

1611年（明萬曆三十九年），由9艘戰船組成的葡萄牙護航艦隊抵達澳門，中國官府要這支船隊照章交納船税。指揮這支艦隊的梅內澤斯（Dom Diogo de Vasconcelos de Menezes）卻以這些船隻為王家兵船為由，拒絕納税，並威脅中國官吏，必要時將以武力對抗。廣東官府下令封澳，斷絕對澳門的糧食供應，引起了當地葡萄牙人對梅內澤斯的不滿，他們抓住幾個船長，強迫船長向中國官府交税。梅內澤斯等繼續抗拒，市民集結到議事亭，要議事局出面解決。最後，由議事局為艦隊代交了4870兩銀子的船税才使風波平息。

清嘉慶年間葡人欲以加租驅趕華人遭制止事件。蕉園圍，與荷蘭園毗連，位於澳門城以北，原不屬澳葡居地。後來，一些有錢的葡萄牙人逐漸購入澳門界牆以北的土地，租借給陸續來澳的中國居民。1799年（清嘉慶四年），葡人業主萬威向租居蕉園圍的中國居民大量加租，欲以這種辦法將華人居民趕走，遭拒絕後，萬威在澳葡當局的支持下，率領黑奴用暴力拆毀蕉園圍閘門，香山縣令李德興根據澳門華民的控狀，要求澳葡當局予以禁止，但無效。後許乃來繼任香山縣令，通知澳葡當局，如不對蕉園圍華人停止迫遷，重修閘門，中國官府將採取封閉關閘，停止糧食供應等。在這種壓力下，蕉園圍加租迫遷事件才停止下來。

澳門早年航空史上的一次空難。1948年7月16日下午6時，卡特林娜式港澳民航機“澳門小姐”號於香港啟德機場起飛後約8分鐘，4名劫匪持械脅迫機師，要將飛機開往中山縣一地降落。機師反抗，匪徒開槍，飛機失去控制，遂在香港西面九針島海面墮海沉沒。全機28人，僅一人獲救，其餘全部罹難。

1935年11月30日，泛美航空公司開闢港澳航線。航機為四引擎“馬丁103”型水陸兩用機，命名為“菲律賓飛剪”號，後易名為“中國飛剪”號。該航線每星期僅開航一次，設有導航用的無線電台，航機時速130英里，由香港到澳門約需25分鐘。1941年太平洋戰爭爆發，該航線中斷。

18世紀60年代， 葡萄牙本土在著名政治家龐巴爾（Marques Pombal）侯爵領導下進行了一場改革，其中一項很重要的措施就是取締耶穌會。1762年（清乾隆二十七年），澳葡當局根據葡萄牙的命令，也鎮壓澳門的耶穌會。耶穌會擁有的一切財產，包括聖保祿教堂，都被沒收，聖保祿神學院和聖約瑟修院也被封閉，學員均被驅散，聖保祿神學院圖書館在近兩個世紀內大量收藏的珍貴圖書，全部被賤賣。24名耶穌會士被押送里斯本，關在聖朱利安堡壘。

見查封阿巴羅修道院。