鴉片戰爭後，隨着中國五大口岸的對外開放，東南沿海的貿易日益活躍，而沿海各省的中國水師在鴉片戰爭中損失殆盡，失去打擊海盜的能力。海盜活動十分猖獗，對中外商船造成嚴重威脅。這種形勢給澳門的葡萄牙人創造了一種新的職業——護航，他們在澳門大量建造護航快艇，開始為中外商船護航。澳門葡人建造的雙桅快艇，船體堅固、船速很快、載重量大多為50至100噸，最大為150噸，每條船上一般配備5名葡萄牙人，10名廣東水手，安裝西式火炮4至6門，最多達20門。海盜非常畏懼這種西式船炮，所以葡萄牙人的護航很受中外商民的歡迎。有時中國官員還僱請他們剿滅海盜。短短幾年中，澳門護航業發展很快。1851年（清咸豐元年），澳門護航艇為60艘，到1855年達到了200艘。後來他們採取向出海船一概發保護證、收護航費的辦法，向中國船隻勒收巨額保護費。有巨利可獲的護航事業，在一段時期內成了澳葡的重要行業。

特大颱風災害，1874年（清同治十三年）9月22日夜，一次罕見的特大颱風橫掃了澳門地區。港灣內大小船隻紛紛沉沒，岸上的房屋成片倒塌，花王堂受電擊起火，火光衝天，燒毁大量的房屋。據事後統計，在這場重大劫難中，澳門約有5000人死亡，2000艘漁船、貨船沉沒，還有包括花王堂在內的大批建築被摧毁，損失共達200萬元。因這一年是甲戌年，史稱“甲戌風災”。後來，澳葡當局為紀念這一重大自然災難的死難者，定9月22日為“天災節”。

見查封阿巴羅修道院。

1866年（清同治五年）3月，苦力船“拿破崙•卡尼伐羅”號從澳門出洋，船上的華工因不堪虐待，奮起奪船，遭到武裝鎮壓，大批華工被槍殺。船方又縱火燒船，到烈火無法撲滅時，該船船長、船員堅持不打開囚禁華工的鐵柵，自己急忙棄船逃走，而船上數百名華工則全部被活活燒死。

1926年11月7日由澳門港口工程主任罅些喇倡辦，澳門政府主辦。目的是借此推動澳門工商業的發展。展覽會為期3個月，設陳列所60多個，展出澳門各種貨物596種。展覽會還備有各種娛樂設施，入場觀眾達29萬人次，成為澳門工商發展史上一大盛會。

一位英國人被澳葡當局囚禁的事件。1829年（清道光九年）8月，英國船長貝克（Baker）毆打多次對他妻子非禮的澳葡官員洛雷羅（Loureiro）。事發後，澳葡當局未加審判，便將貝克囚禁於大炮台。英國東印度公司特別委員會主席布樓東（Plowden）屢次與澳葡當局交涉都不能使貝克獲釋。澳葡當局還公開否認布樓東有任何官方或代表官方的資格與他們交涉。在囚禁55天後，貝克被迫交出一筆保證金才重獲自由。

1935年11月30日，泛美航空公司開闢港澳航線。航機為四引擎“馬丁103”型水陸兩用機，命名為“菲律賓飛剪”號，後易名為“中國飛剪”號。該航線每星期僅開航一次，設有導航用的無線電台，航機時速130英里，由香港到澳門約需25分鐘。1941年太平洋戰爭爆發，該航線中斷。

18世紀60年代， 葡萄牙本土在著名政治家龐巴爾（Marques Pombal）侯爵領導下進行了一場改革，其中一項很重要的措施就是取締耶穌會。1762年（清乾隆二十七年），澳葡當局根據葡萄牙的命令，也鎮壓澳門的耶穌會。耶穌會擁有的一切財產，包括聖保祿教堂，都被沒收，聖保祿神學院和聖約瑟修院也被封閉，學員均被驅散，聖保祿神學院圖書館在近兩個世紀內大量收藏的珍貴圖書，全部被賤賣。24名耶穌會士被押送里斯本，關在聖朱利安堡壘。

又稱為查封唐人廟事件。阿巴羅修道院（Seminário do Santo Amparo）由耶穌會士通過中國信徒募捐而建成，為一個包括一教堂、一華人望教之家及兩所神學院的綜合體。始建於1679年（清康熙十八年），重建、擴建於1719年，專用於向中國居民傳教和培養中國籍的神職人員， 故又稱為“唐人廟”或“進教寺”。由於此時清政府在內地對天主教進行查禁，傳教士大多被逐往澳門。因此，在澳門中國人人教的人數甚多，還有一部份內地居民專門趕到澳門入教或做禮拜。對於這種違禁活動，廣東官府分別採取了一些措施，禁止中國人來澳入教。香山縣令張汝霖在廣東督撫的允准下，於1747年（清乾隆十二年）3月委派香山司巡檢顧麟會同香山縣丞顧嵩前去查封這座唐人廟。3月20日，張汝霖親自來澳門查封了阿巴羅修道院。澳門主教伊拉利奧（Hilario de Santa Rosa）和耶穌會士試圖煽動澳門議事局進行抗拒，還聲稱如中國政府要封閉教堂，便是“滅教”，他們寧可回國。張汝霖回答是：你們願意遵守中國法令，則呈請封寺；不願遵守中國法令，則可呈請回國。最後，葡萄牙人只好讓步。