鏡湖醫院慈善會創建於1871年，據《澳門鏡湖醫院慈善會會史》記載，彼時澳門的一般勞苦大眾，“其處境窮困，生計無依，瘴疾天災，淪落街頭，蹲足於破簷爛屋之中，拾破營爛以尋覓二餐餬口，時遇流疫或風災水患，滿目慘狀⋯⋯鑒此，在澳門之慈善人士及商行，發起組織慈善團體，專司醫療，賑災救濟貧苦。”

可見，鏡湖醫院的創建是適應當時澳門底層社會對醫療及救濟服務的迫切需求而生的。創建初時，以152人為倡建值事，募集資金，籌劃建院，並於1871年推沈旺、曹有、德豐、王六為代表向澳葡公物會辦理院址和立契手續。獲批三巴門外土地後，開始動工興建醫院，建成的醫院為中式平房建築。自此，鏡湖醫院開始向澳門社會提供醫療、施棺殮葬、助困濟貧、施教育才等慈善公益服務。

1874 年，醫院對外開診，提供中醫治療服務。至1892年，孫中山從香港西醫書院畢業，經引薦來澳受聘於鏡湖醫院擔任義務西醫，成為澳門第一位華人西醫。可是，孫中山在澳門行醫不久便因受葡籍西醫排擠而離開澳門，鏡湖再度回復中醫診症。1919年，鏡湖醫院創建留醫所。

隨著日本侵華戰爭的爆發，大量難民湧入澳門，鏡湖醫院承擔了繁重的醫療救濟工作。在向難民施濟的同時，鏡湖醫院引入西醫診療，聘請西醫顧問團，改進醫療技術。1944年，鏡湖醫院籌設手術室。經與澳葡政府交涉，華籍醫師獲發外科執照，1945年，鏡湖醫院正式開設手術室。

戰後，鏡湖醫院改為院長制。柯麟獲任為首任院長。在柯任院長期間，醫院得到較大發展，增設了消毒室、化驗室、藥房以及病床等。

澳門回歸後，鏡湖醫院進入新的發展階段。醫院陸續添置了核磁共振、微創外科手術器械、直線加速器等設備，還對門診大樓進行改造，新建住院大樓與霍英東博士專科醫療大樓，擴展醫療空間。2005年，新建氹仔醫療中心，為市民提供24小時急診及各科服務。現時的鏡湖醫院已發展成為集醫療、預防、教學與科研為一體的現代化綜合性醫院。醫院本部包括三個門診部及一個急診部。在收費方面，醫院始終保持慈善醫院特色，免費與低收費者佔很大比例。

以置地設塚、施棺殮葬為主的善終服務是鏡湖醫院早期重要的慈善活動。1871年鏡湖醫院建院時，選址與時為澳門郊外的一片墳場相鄰，意含利便埋葬死者。鏡湖醫院成立不久，即於1874年的“9．22”與次年的“5．31”風災中動員捐款、掩埋死難者屍體、處理善後事宜。1885年，倡立拯救風災保善堂，負責海難事件發生後的風災救援及善後工作。1888年，鏡湖醫院獲內地前山軍民府准請，撥地在關閘外高沙設義塚。1898年，盧焯之、何穗田購買灣仔火墰村荒埔稅地一丘，送鏡湖醫院灣仔分局作為義山。鏡湖醫院對留醫窮人死亡者、曝屍街頭者以及各種災難中的喪命者，予以施棺殮葬。據該院1929年徵信錄記載，在1871年至1929年間，該院義地共埋葬死者22306人，至於由該院施棺木、石碑自行埋葬的死者則難計其數。1906年，鏡湖醫院在醫院東面建設送殯的“長亭”。1951年，在連勝街興建早期殯儀場所——鏡湖殮房。1964年，殮房遷往提督馬路的義莊並重建，1966年啟用命名為鏡湖殯儀館。1977年，在殯儀館附近建立“思親園”，設有供拜祭的骨殖堂。2015年，殯儀館再次擴建。長期以來，殯儀館對於貧困居民減免殮葬費。

歷史上，鏡湖醫院曾以“平糶”方式救濟窮人。“平糶”，是指鏡湖醫院籌款到外埠購買大批糧食運回澳門，以低廉的價格轉售予澳門窮苦百姓。據鏡湖醫院議案錄記載，1907年，鏡湖醫院借款從外地購米回澳，向貧民“平糶”。初在沙梨頭、糶，後遷回院內搭棚平糶。抗戰爆發後的1938年11月，面對湧入澳門的內地難民，鏡湖醫院兩周內收容達2000餘人。1941年3月5日，日軍派飛機轟炸中山，大批難民避入澳門，3天之內鏡湖醫院收容難民達1371名。鏡湖醫院在戰時收養了400餘名難童，並設難童療養所。該院還收留治療若干名英、美、葡籍難民。戰爭災難之外，對於因居所遭火災焚毀無家可歸的居民，鏡湖醫院搭葵棚予以安置。對於海難事故中漂流來澳者，警廳常送交鏡湖醫院收留或由鏡湖醫院遣送。此外，鏡湖醫院慈善會還參與了1950年與1955年青洲火災，1954年、1957年與1960年馬場風災，1960年提督馬路火災及1961年青洲石仔堆火災的災民救濟與建屋安置工作。

鏡湖醫院參與了澳門最早的一批義學興辦。1892年，鏡湖醫院在澳門各區辦起五處義學，招收貧苦家庭失學兒童。1906年，合併五處義學，改設一所小學，以鏡湖醫院內的部份房屋為校舍，是為鏡湖小學。之後，陸續增添設施，改進校務，至1920年代，鏡湖小學成為澳門聲譽日隆的華校。1948年，鏡湖小學與平民學校合併成立鏡湖平民聯合小學。由於招生規模有限，難以滿足社會需要，1990年，鏡湖醫院慈善會籌資擴建。1992年，新校舍啟用，學校更名為鏡平學校。1994年，籌辦鏡平學校中學部。1997年，中學部落成啟用。現時的鏡平學校已成為提供學前教育、小學教育預備班、小學教育以及中學教育的綜合性教育機構。

值得一提的是，鏡湖醫院慈善會於1923年創辦鏡湖護士助產學校。該校成立時取名鏡湖高級護士學校，依據中華護士學會制定的規章設置課程、分科教授。1945年，柯麟任校長，更校名為澳門私立鏡湖高級護士職業學校。1951年，縮短修業期限，校名再次更名為澳門私立鏡湖護士助產學校。1989年，鏡湖護士助產學校獲澳門政府正式批准註冊。1999年，更名為澳門鏡湖護理學院。現時，學院開授護理學學士與碩士課程，為澳門各醫療機構輸送了大批護理專門人才。

此外，關於鏡湖醫院慈善會領導體制及領導人演變方面，初時鏡湖醫院慈善會實行值理制，1942年訂立慈善會立案章程，1943年設總辦事處，1946年改值理制為董事制，現時實行理監事制度。在其發展歷程中，貢獻卓著者有盧九、盧廉若、劉敘堂、林炳炎、何賢、馬萬祺、柯麟等人。